氢键计算相关问题求助

961106

有几个问题想请教老师：
1.vmd分析得到的hbonds-details. dat文件可以用图的形式展示各种氢键的占有率吗，我用了xmgrace没有打开成功
2.用gmx make_ndx 得到索引文件的时候，如何得到一个小分子只有重原子的组呢？
3.我感觉gromacs可以分析模拟中氢键的变化，但是它在模拟体系的时候会像考虑静电作用一样考虑氢键作用吗？我最近在做几个小分子的聚集，它们的聚集形式涉及到了氢键相互作用，不知道用gromacs能否考虑到。
谢谢老师

961106

sobereva 发表于 2021-3-25 17:33
要么把盒子改小，要么自己写VMD的tcl脚本分析氢键

谢谢老师

sobereva

961106 发表于 2021-3-25 11:29
谢谢老师的耐心回复，我还想问一个问题，因为我的体系比较特殊，盒子有999.9nm，用了pbc，cut-off是333.3 ...

要么把盒子改小，要么自己写VMD的tcl脚本分析氢键

961106

sobereva 发表于 2021-3-25 07:52
1 不能。用gmx hbonds可以直接实现。

2 用make_ndx不方便。建议用我写的VMD里的rangeindex命令，在VMD里 ...

谢谢老师的耐心回复，我还想问一个问题，因为我的体系比较特殊，盒子有999.9nm，用了pbc，cut-off是333.3nm，然后用了gmx hbond分析总会报错，Fatal error:Failed to allocate memory for 2380 x 2380 x 2380 grid points, which is larger than the maximum of 268435455. You are likely either using a box that is too
large (box dimensions are 999.90002441 nm x999.90002441 nm x999.90002441 nm) or a cutoff (0.34999999 nm) that is too small.
请问我在不改变模拟参数的情况下，怎样操作才能使用gmx hbonds分析氢键呢？谢谢老师

sobereva

1 不能。用gmx hbonds可以直接实现。

2 用make_ndx不方便。建议用我写的VMD里的rangeindex命令，在VMD里运行rangeindex noh就可以在range.txt里得到非氢原子对应的组，自行拷到索引文件里即可


3 一般强度的氢键作用主要本质就是静电作用，此文说了
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）
目前主流力场就是靠静电作用体现氢键作用的