求助：在能量最小化时提示错误信息One or more water molecules can not be settled

芮啦

各位老师，我定义了一个尺寸为4nm的立方体盒子，在盒子的中心放置适配体-铅离子，在CHARMM27力场下用Tip3p水解。进行到能量最小化这一步一直报错如下：
step 15: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

step 21: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

step 23: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

......
step 492: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

我只用金属离子进行分子动力学模拟，只用适配体进行分子动力学模拟，缩小盒子的尺寸等操作后依然出现同样的信息，提示One or more water molecules can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates。我检查了我的pdb文件和坐标文件没有问题，麻烦各位老师能够指明一下解决的方向。

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请问解决了吗

juqing

芮啦 发表于 2021-4-8 09:41
谢谢sob老师，我的初始结构和拓扑文件应该没有问题，在建模的过程中系统也没有警告和注释，这个问题困扰 ...

请问解决了吗，如果在linux下遇到一样的问题应该怎么做呢？

牧生

xiaohaha123 发表于 2023-12-18 22:26
请问能量最小化成功的标准是啥

一般情况下，如果在.top中，各个分子出现顺序正常，力场合适，正常结束em后，能跑起来MD，基本上就正确。

xiaohaha123

牧生 发表于 2023-7-20 21:31
我现在的意见，只要em以后，跑md报错，大大大大概率是分子拓扑不正确

请问能量最小化成功的标准是啥

牧生

chuxuedexiaobai 发表于 2023-7-20 21:07
您好，我现在的模拟也是能量最小化一直降不下来，但没有报错，然后反复跑em也不行只要跑NVT还没开始就崩 ...

我现在的意见，只要em以后，跑md报错，大大大大概率是分子拓扑不正确

chuxuedexiaobai

牧生 发表于 2021-6-19 14:45
是的。如果反复多次还不能最小化，就考虑用双精度，
如果还不行，就考虑是自己做的模型是否合理。

您好，我现在的模拟也是能量最小化一直降不下来，但没有报错，然后反复跑em也不行只要跑NVT还没开始就崩溃了，怎么检查我的模型有没有问题呢，我是双相体系，两相单独分开能量最小化就可以，但合起来就不行了
，可以讲讲您解决的步骤吗，非常感谢您。

木林森

chengb917 发表于 2022-6-1 16:00
请问问题解决了吗？我现在碰到同样的问题。

解决了，就是结构和mdp的问题，需要认真检查。

chengb917

木林森 发表于 2021-6-21 22:49
我现在就是在linux下，同样的问题一直报错

请问问题解决了吗？我现在碰到同样的问题。

诺瓦克

木林森 发表于 2021-10-13 09:30
我的是初始结构出了小问题

您好，我也出现了同样的问题，但是报Fmax的原子都是加进去的水，挺奇怪的

木林森

蔡亚磊 发表于 2021-9-28 19:23
补充一下，我是跑蛋白的时候遇到的这个问题，前面最小化，nvt.npt都没问题。大概跑了两百多万步就出现上 ...

我的是初始结构出了小问题

蔡亚磊

木林森 发表于 2021-9-9 10:39
回复的晚了。
我之后就是检查结构，检查mdp文件解决的。
多数情况可能是结构的问题，不麻烦的话重建也 ...

补充一下，我是跑蛋白的时候遇到的这个问题，前面最小化，nvt.npt都没问题。大概跑了两百多万步就出现上述问题（大概是整体时间的一半），而且我换了一个蛋白也一样。

蔡亚磊

木林森 发表于 2021-9-9 10:39
回复的晚了。
我之后就是检查结构，检查mdp文件解决的。
多数情况可能是结构的问题，不麻烦的话重建也 ...

你好，我也遇到同样的问题。请问一下你是那一步的结构出问题了。

sdf

木林森 发表于 2021-9-9 10:39
回复的晚了。
我之后就是检查结构，检查mdp文件解决的。
多数情况可能是结构的问题，不麻烦的话重建也 ...

好的，感谢感谢

木林森

sdf 发表于 2021-8-11 20:45
您好，请问您的这个问题解决了吗？我是在linux下跑，也是一直出错，想请教一下您。Steepest Descents con ...

回复的晚了。
我之后就是检查结构，检查mdp文件解决的。
多数情况可能是结构的问题，不麻烦的话重建也可以。