GROMACS中如何计算Alchemistry方法中对配体的限制自由能？

xiaos · 发表于 Post on 2021-4-7 10:09:57

sob老师您好，在Alchemistry方法计算蛋白质和配体的结合自由能时，有两个问题想跟您请教一下。1、溶液中非相互作用的配体的限制性自由能如何计算（图中红色框内的过程）？
2、在计算复合物时发现，随着λ的变化，配体和蛋白质会分离，请问此现象正常么？
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谢谢sob老师

xiaos · 发表于 Post on 2021-4-10 09:24:39

fhh2626 发表于 2021-4-9 18:04
对RMSD约束做一个alchemical transformation

好的，谢谢您的指点，我尝试一下这个方法

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-4-9 18:04:53

xiaos 发表于 2021-4-9 14:13
请问需要怎样才能实现此目的呢？

对RMSD约束做一个alchemical transformation

xiaos · 发表于 Post on 2021-4-9 14:13:58

fhh2626 发表于 2021-4-9 09:37
不是，是小分子自身的结构变化

请问需要怎样才能实现此目的呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-4-9 09:37:21

xiaos 发表于 2021-4-8 21:19
您所说的使用RMSD约束小分子的内部自由度是指添加位置限制么？

不是，是小分子自身的结构变化

xiaos · 发表于 Post on 2021-4-8 21:19:06

fhh2626 发表于 2021-4-8 11:46
解析解的话应该是6个相对自由度的，现在很多人都会再用RMSD约束一下小分子的内部自由度，如果LZ用的话还 ...

您所说的使用RMSD约束小分子的内部自由度是指添加位置限制么？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-4-8 11:46:02

wuzhiyi 发表于 2021-4-7 20:50
红框有解析解
Boresch, S., Tettinger, F., Leitgeb, M., and Karplus, M. (2003) Absolute binding free ...

解析解的话应该是6个相对自由度的，现在很多人都会再用RMSD约束一下小分子的内部自由度，如果LZ用的话还是需要额外计算的

xiaos · 发表于 Post on 2021-4-8 07:36:34

fhh2626 发表于 2021-4-7 14:38
建议用BFEE(https://github.com/fhh2626/BFEE2) + NAMD做，用gromcacs做的话alchemical route比较麻烦，可 ...

谢谢您的建议，我学习一下这个方法

xiaos · 发表于 Post on 2021-4-8 07:36:00

wuzhiyi 发表于 2021-4-7 20:50
红框有解析解
Boresch, S., Tettinger, F., Leitgeb, M., and Karplus, M. (2003) Absolute binding free ...

谢谢您，我学习一下这篇文献

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-4-7 20:50:09

红框有解析解
Boresch, S., Tettinger, F., Leitgeb, M., and Karplus, M. (2003) Absolute binding free energies: A quantitative approach for their calculation. J. Phys. Chem. A 107, 9535–9551
详细流程见
http://www.alchemistry.org/wiki/ ... ergy_-_Gromacs_2016

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-4-7 14:38:53

建议用BFEE(https://github.com/fhh2626/BFEE2) + NAMD做，用gromcacs做的话alchemical route比较麻烦，可以试试geometrical route

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