计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10675|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 关环反应中,关环之后构型发生翻转,怎么找过渡态

[复制链接 Copy URL]

164

帖子

0

威望

728

eV
积分
892

Level 4 (黑子)

求助:关环反应中,关环之后构型发生翻转,怎么找过渡态,或者说应该怎么扫描才能确定从开环到关环有一个翻转?开环和关环结构的gjf文件添加到了附件

close.gjf

2.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

open.gjf

2.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

close.tif

913.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

划红线的两个甲基的位置不一样,在开环到关环之后发生了翻转

open.tif

938.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2021-4-12 08:37:28 | 只看该作者 Only view this author
yangjunfang 发表于 2021-4-10 18:29
老师,我已经做了柔性扫描但是出现了L502错误
而且我不太明白在扫描过程中可以看到构型的翻转吗,目前没 ...

光从你在3L贴的柔性扫描的图上看不到有过渡态的样子
没有你的out文件没法做出更多判断,别人也没法猜你用的步长多大、扫成了什么结构
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

602

帖子

1

威望

4787

eV
积分
5409

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2021-4-10 18:52:15 | 只看该作者 Only view this author
yangjunfang 发表于 2021-4-10 18:27
这个是我的结构图,以及扫描结果

http://bbs.keinsci.com/thread-25-1-1.html
在里面搜索“贴图”了解正确的贴图方法
你搞个你自己本地的路径我们显然不可能看得到

————

哦好像bug了,没事了
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

164

帖子

0

威望

728

eV
积分
892

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-10 18:29:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-10 06:36
直接贴图,不要上传tif文件
用尺寸合适的jpg格式,两三百KB足够了,何必上传尺寸过大的tif格式的图,又浪 ...

老师,我已经做了柔性扫描但是出现了L502错误
而且我不太明白在扫描过程中可以看到构型的翻转吗,目前没有这样的趋势

L502.jpg (137.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

这个是L502错误

这个是L502错误

164

帖子

0

威望

728

eV
积分
892

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-10 18:27:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yangjunfang 于 2021-4-10 18:33 编辑

这个是我的结构图,以及扫描结果

结构图.jpg (43.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

结构图.jpg

扫描结果.jpg (62.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

扫描结果.jpg

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-4-10 06:36:45 | 只看该作者 Only view this author
直接贴图,不要上传tif文件
用尺寸合适的jpg格式,两三百KB足够了,何必上传尺寸过大的tif格式的图,又浪费服务器空间,别人还得先下载才能看

拿关环的结构,做C-C键拉长的柔性扫描帮助确定合适的过渡态初猜
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 15:57 , Processed in 0.156638 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list