表面模型过小，导致过渡态Reaction Preview的时候，一个原子跑到模型外

石头圭 · 发表于 Post on 2021-4-12 12:52:00

本帖最后由石头圭于 2021-4-13 12:04 编辑

进行过渡态搜索的时候本来是想H和Cl结合的，结果因为平面有点小，H2中的一个H就跑到平面外去了，有没有什么办法可以解决

石头圭 · 发表于 Post on 2021-4-25 18:46:26

永远都要学会发表于 2021-4-13 10:27
反应物和产物display style在original下原子都应该在晶胞内

in-cell是在晶胞内已解决

Penson · 发表于 Post on 2021-4-13 14:36:47

石头圭发表于 2021-4-13 12:01
您说的覆盖度指的是？

就是你的气体分子在xy平面的面积是金属切面的面积的占比数

石头圭 · 发表于 Post on 2021-4-13 12:02:58

永远都要学会发表于 2021-4-13 10:27
反应物和产物display style在original下原子都应该在晶胞内

是在晶胞内，但是因为是周期性结构，reaction preview的时候，他就会连最近的，所以就连到上个周期去了

石头圭 · 发表于 Post on 2021-4-13 12:01:42

Penson 发表于 2021-4-12 23:01
覆盖度？

您说的覆盖度指的是？

永远都要学会 · 发表于 Post on 2021-4-13 10:27:32

反应物和产物display style在original下原子都应该在晶胞内

Penson · 发表于 Post on 2021-4-12 23:01:53

覆盖度？

石头圭 · 发表于 Post on 2021-4-12 17:43:30

dfterok 发表于 2021-4-12 15:09
你认为模型有点小是基于什么理由，有没有尝试扩大？

之前建的表面模型有点小，优化都用的这个模型，重算比较麻烦，所以暂时不考虑扩大。就是看看有没有别的办法

dfterok · 发表于 Post on 2021-4-12 15:09:28

你认为模型有点小是基于什么理由，有没有尝试扩大？

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[CASTEP/Dmol3/MS] 表面模型过小，导致过渡态Reaction Preview的时候，一个原子跑到模型外