gromacs粗粒化力场求助

yaochuang · 发表于 Post on 2015-11-28 09:37:06

大家好！
我最近正在学习利用gromacs粗粒化力场模拟一个高分子在有机溶剂（氯苯）中的行为。
我查看了gromacs中常用的是Martini力场，但是发现Martini力场主要是用来模拟生物体系的，并且在Martini的主页上没有找到氯苯和我这个高分子的力场参数，
所以我想问一下有没有办法可以生成Martini主页中没有的分子的Martini力场参数呢？或者说其他可以生成分子粗粒化力场参数的办法（就如全原子力场中的ATB，OBGMX等）。

谢谢大家！

aken5555 · 发表于 Post on 2020-2-7 18:48:28

楼主和sob各位老师好，请问您们有CH4粗粒化力场的算例或简单介绍吗？我最近在自学gromacs，遇到了这个问题：我建立了甲烷和水分子的PDB文件，但在用pdb2gmx文件生成gro和top时，提示残基CH4不识别。我查了好多天的资料，也没弄明白甲烷粗粒化模型的OPLS力场设置，请问您们是怎么修改或设置的力场文件啊，请不吝赐教，谢谢！

青青青 · 发表于 Post on 2018-11-11 21:23:53

sobereva 发表于 2015-11-28 16:57
你可以看看martini力场原文来获得参数的思路

自己弄不好搞。如果没有特殊必要还是用united-atom力场吧， ...

老师您好，请问martini力场中有苯分子的力场文件吗?

yaochuang · 发表于 Post on 2015-11-29 11:09:14

sobereva 发表于 2015-11-28 16:57
你可以看看martini力场原文来获得参数的思路

自己弄不好搞。如果没有特殊必要还是用united-atom力场吧， ...

好的，谢谢sob老师！

yaochuang · 发表于 Post on 2015-11-29 11:08:22

zyj19831206 发表于 2015-11-28 14:12
粗粒化力场不是还有个shnoda力场吗？你查找力场的原始文献，就可以了。

谢谢！我去看看~

kunkun · 发表于 Post on 2015-11-29 00:53:45

sobereva 发表于 2015-11-28 16:57
你可以看看martini力场原文来获得参数的思路

自己弄不好搞。如果没有特殊必要还是用united-atom力场吧， ...

sob老师我想问问粗粒化力场在生物体系方面有什么的应用前景？

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-28 16:57:52

你可以看看martini力场原文来获得参数的思路

自己弄不好搞。如果没有特殊必要还是用united-atom力场吧，粗粒化力场参数搞不好的话，省下来的时间都白费在折腾参数上了，本末倒置了。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2015-11-28 14:12:28

粗粒化力场不是还有个shnoda力场吗？你查找力场的原始文献，就可以了。

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