计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 23302|回复 Reply: 18
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 关于跑MD步骤的问题

[复制链接 Copy URL]

75

帖子

0

威望

697

eV
积分
772

Level 4 (黑子)

我看gromacs教程的一般流程都是:能量最小化,NVT控温,NPT控压,最后进行一个比较长的恒温恒压的成品模拟,我就很疑惑,既然最后都进行比较长的成品模拟了,为啥么还要之前的步骤?或者这么问,既然已经有了之前的控温控压步骤了,那为什么还要成品模拟?不多余吗?

29

帖子

0

威望

157

eV
积分
186

Level 3 能力者

19#
发表于 Post on 2025-3-15 12:43:20 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢sob老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

18#
发表于 Post on 2025-3-15 00:17:45 | 只看该作者 Only view this author
science_6 发表于 2025-3-14 15:49
sob老师好,就是我想问一下您,当平衡相和产生相的gen-vel都设置为no时,gen-temp和gen-seed这两项是不是 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

29

帖子

0

威望

157

eV
积分
186

Level 3 能力者

17#
发表于 Post on 2025-3-14 15:49:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-23 06:43
“关闭速度”、“npt设置”  指代不明
产生相前面的是平衡相,产生相用的初速度应当是平衡相最后一帧的 ...

sob老师好,就是我想问一下您,当平衡相和产生相的gen-vel都设置为no时,gen-temp和gen-seed这两项是不是都可以不用设置了呀?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

16#
发表于 Post on 2025-3-14 03:42:34 | 只看该作者 Only view this author
milk_q 发表于 2025-3-13 20:38
sob老师,您好!想请教一下NPT预平衡,温度的波动是比较稳定的,但是压力发生非常大波动,而且没有平衡是 ...

预平衡不适合PR压浴,这是基本常识
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

78

帖子

0

威望

327

eV
积分
405

Level 3 能力者

15#
发表于 Post on 2025-3-13 20:38:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-7 02:57
NPT和MD根本不是并列的关系,NPT本身就是MD用的一种系综
如果连系综概念都不知道的话,说明过于欠缺动力 ...

sob老师,您好!想请教一下NPT预平衡,温度的波动是比较稳定的,但是压力发生非常大波动,而且没有平衡是怎么回事。integrator = md
dt = 0.002
nsteps = 100000
nstlog = 1000
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 5000
compressed-x-grps=system
cutoff-scheme = Verlet
tcoupl = v-rescale
tc-grps = System
tau_t = 0.1
ref_t = 300
pbc=xyz
pcoupl = Parrinello-Rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
coulombtype = PME
rcoulomb = 1.0
vdwtype = Cut-off
rvdw = 1.0
DispCorr=EnerPres
gen_vel=no
gen_temp=300
gen_seed=-1
constraints = h-bonds
constraint-algorithm = lincs
lincs-iter = 4
energygrps = System这是我的mdp文件

9

帖子

0

威望

47

eV
积分
56

Level 2 能力者

14#
发表于 Post on 2024-12-31 16:44:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-5 20:00
我不知道你说的弹性系数是什么东西
用英文原词,避免歧义

Scaling factor缩放因子,抱歉老师,是我描述不清,不过这个已经解决了,就是删掉结构优化后的POSCAR中的速度预测之类的,就正常了,但是我看官网是不同系统才需要删除这些预测,同一个系统下跑结构优化和分子动力学也会有影响吗。

6

帖子

0

威望

33

eV
积分
39

Level 2 能力者

13#
发表于 Post on 2024-12-9 11:09:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-7 02:58
光凭这些描述谁也没法说
说不定本来真实密度就只有0.6。如果和已知真实密度偏差太大,可能力场太烂,或 ...

哦哦这样 好的谢谢 那我再多模拟设计几次

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2024-12-7 02:58:52 | 只看该作者 Only view this author
电视机 发表于 2024-12-6 19:34
你们好               ,麻烦请问一下,我想建立一个密度是1的溶液盒子,建立好之后我进行了forcite的nvt分 ...

光凭这些描述谁也没法说
说不定本来真实密度就只有0.6。如果和已知真实密度偏差太大,可能力场太烂,或者模拟设置不当
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2024-12-7 02:57:48 | 只看该作者 Only view this author
pkuchemistry 发表于 2024-12-6 09:54
用NPT系综是什么意思?

SOB老师的意思是说,GMX动力学模拟的步骤可以简化为:能量最小化--NPT控压--MD ...

NPT和MD根本不是并列的关系,NPT本身就是MD用的一种系综
如果连系综概念都不知道的话,说明过于欠缺动力学模拟常识,建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)系统学学


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

33

eV
积分
39

Level 2 能力者

10#
发表于 Post on 2024-12-6 19:34:01 | 只看该作者 Only view this author
你们好               ,麻烦请问一下,我想建立一个密度是1的溶液盒子,建立好之后我进行了forcite的nvt分子动力学,再进行npt退火之后发现密度降低很多只有0.6多。老师我是什么步骤出问题了么。谢谢。

49

帖子

0

威望

93

eV
积分
142

Level 2 能力者

9#
发表于 Post on 2024-12-6 09:54:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-24 11:07
你提到的单独的“NVT控温”,“NPT控压”这两步通常都是多余的。能量极小化完了直接跑NPT的动力学就行。之 ...

用NPT系综是什么意思?

SOB老师的意思是说,GMX动力学模拟的步骤可以简化为:能量最小化--NPT控压--MD 就可以了吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120158

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2024-12-5 20:00:31 | 只看该作者 Only view this author
chenym 发表于 2024-12-5 10:21
您好,我这边在跑完结构优化后,跑分子动力学模拟,但是发现在弹性系数为1时,原子基本上没有动,但是当 ...

我不知道你说的弹性系数是什么东西
用英文原词,避免歧义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

9

帖子

0

威望

47

eV
积分
56

Level 2 能力者

7#
发表于 Post on 2024-12-5 10:21:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-24 11:07
你提到的单独的“NVT控温”,“NPT控压”这两步通常都是多余的。能量极小化完了直接跑NPT的动力学就行。之 ...

您好,我这边在跑完结构优化后,跑分子动力学模拟,但是发现在弹性系数为1时,原子基本上没有动,但是当弹性系数调为0.95及以下后又可以正常运动,这是什么原因呢

101

帖子

0

威望

459

eV
积分
560

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2024-4-23 08:44:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-23 06:43
“关闭速度”、“npt设置”  指代不明
产生相前面的是平衡相,产生相用的初速度应当是平衡相最后一帧的 ...

明白了,感谢sob老师

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 09:03 , Processed in 0.169807 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list