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[GROMACS] 关于跑MD步骤的问题

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我看gromacs教程的一般流程都是:能量最小化,NVT控温,NPT控压,最后进行一个比较长的恒温恒压的成品模拟,我就很疑惑,既然最后都进行比较长的成品模拟了,为啥么还要之前的步骤?或者这么问,既然已经有了之前的控温控压步骤了,那为什么还要成品模拟?不多余吗?

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发表于 Post on 2021-4-24 11:07:43 | 只看该作者 Only view this author
你提到的单独的“NVT控温”,“NPT控压”这两步通常都是多余的。能量极小化完了直接跑NPT的动力学就行。之前论坛里我回复过不止一次
一般平衡体系的动力学只需要三个过程:
能量极小化
预平衡,或者叫平衡相(equilibrium)。用NPT系综
产生相(production)。用NPT系综

预平衡和产生相放到一起作为一个动力学模拟也可以。但由于通常平衡相用berendsen压浴而产生相用PR压浴,所以通常分开做。

网上很多教程都是错误或不十分合理的,不要盲目效仿。

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uululu + 1 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-24 18:43:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-24 11:07
你提到的单独的“NVT控温”,“NPT控压”这两步通常都是多余的。能量极小化完了直接跑NPT的动力学就行。之 ...

好的,我了解了,谢谢大佬!

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发表于 Post on 2024-4-22 09:53:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-24 11:07
你提到的单独的“NVT控温”,“NPT控压”这两步通常都是多余的。能量极小化完了直接跑NPT的动力学就行。之 ...

我想请问一下sob老师,在产生相的模拟时是否需要关闭速度,还是直接和npt设置一样的即可

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发表于 Post on 2024-4-23 06:43:34 | 只看该作者 Only view this author
wanzongliang 发表于 2024-4-22 09:53
我想请问一下sob老师,在产生相的模拟时是否需要关闭速度,还是直接和npt设置一样的即可

“关闭速度”、“npt设置”  指代不明
产生相前面的是平衡相,产生相用的初速度应当是平衡相最后一帧的速度

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发表于 Post on 2024-4-23 08:44:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-23 06:43
“关闭速度”、“npt设置”  指代不明
产生相前面的是平衡相,产生相用的初速度应当是平衡相最后一帧的 ...

明白了,感谢sob老师

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发表于 Post on 2024-12-5 10:21:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-24 11:07
你提到的单独的“NVT控温”,“NPT控压”这两步通常都是多余的。能量极小化完了直接跑NPT的动力学就行。之 ...

您好,我这边在跑完结构优化后,跑分子动力学模拟,但是发现在弹性系数为1时,原子基本上没有动,但是当弹性系数调为0.95及以下后又可以正常运动,这是什么原因呢

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发表于 Post on 2024-12-5 20:00:31 | 只看该作者 Only view this author
chenym 发表于 2024-12-5 10:21
您好,我这边在跑完结构优化后,跑分子动力学模拟,但是发现在弹性系数为1时,原子基本上没有动,但是当 ...

我不知道你说的弹性系数是什么东西
用英文原词,避免歧义
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发表于 Post on 2024-12-6 09:54:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-24 11:07
你提到的单独的“NVT控温”,“NPT控压”这两步通常都是多余的。能量极小化完了直接跑NPT的动力学就行。之 ...

用NPT系综是什么意思?

SOB老师的意思是说,GMX动力学模拟的步骤可以简化为:能量最小化--NPT控压--MD 就可以了吗?

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发表于 Post on 2024-12-6 19:34:01 | 只看该作者 Only view this author
你们好               ,麻烦请问一下,我想建立一个密度是1的溶液盒子,建立好之后我进行了forcite的nvt分子动力学,再进行npt退火之后发现密度降低很多只有0.6多。老师我是什么步骤出问题了么。谢谢。

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发表于 Post on 2024-12-7 02:57:48 | 只看该作者 Only view this author
pkuchemistry 发表于 2024-12-6 09:54
用NPT系综是什么意思?

SOB老师的意思是说,GMX动力学模拟的步骤可以简化为:能量最小化--NPT控压--MD ...

NPT和MD根本不是并列的关系,NPT本身就是MD用的一种系综
如果连系综概念都不知道的话,说明过于欠缺动力学模拟常识,建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)系统学学


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发表于 Post on 2024-12-7 02:58:52 | 只看该作者 Only view this author
电视机 发表于 2024-12-6 19:34
你们好               ,麻烦请问一下,我想建立一个密度是1的溶液盒子,建立好之后我进行了forcite的nvt分 ...

光凭这些描述谁也没法说
说不定本来真实密度就只有0.6。如果和已知真实密度偏差太大,可能力场太烂,或者模拟设置不当
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发表于 Post on 2024-12-9 11:09:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-7 02:58
光凭这些描述谁也没法说
说不定本来真实密度就只有0.6。如果和已知真实密度偏差太大,可能力场太烂,或 ...

哦哦这样 好的谢谢 那我再多模拟设计几次

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发表于 Post on 2024-12-31 16:44:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-5 20:00
我不知道你说的弹性系数是什么东西
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Scaling factor缩放因子,抱歉老师,是我描述不清,不过这个已经解决了,就是删掉结构优化后的POSCAR中的速度预测之类的,就正常了,但是我看官网是不同系统才需要删除这些预测,同一个系统下跑结构优化和分子动力学也会有影响吗。

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发表于 Post on 2025-3-13 20:38:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-7 02:57
NPT和MD根本不是并列的关系,NPT本身就是MD用的一种系综
如果连系综概念都不知道的话,说明过于欠缺动力 ...

sob老师,您好!想请教一下NPT预平衡,温度的波动是比较稳定的,但是压力发生非常大波动,而且没有平衡是怎么回事。integrator = md
dt = 0.002
nsteps = 100000
nstlog = 1000
nstenergy = 1000
nstxout-compressed = 5000
compressed-x-grps=system
cutoff-scheme = Verlet
tcoupl = v-rescale
tc-grps = System
tau_t = 0.1
ref_t = 300
pbc=xyz
pcoupl = Parrinello-Rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
coulombtype = PME
rcoulomb = 1.0
vdwtype = Cut-off
rvdw = 1.0
DispCorr=EnerPres
gen_vel=no
gen_temp=300
gen_seed=-1
constraints = h-bonds
constraint-algorithm = lincs
lincs-iter = 4
energygrps = System这是我的mdp文件

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