在centos 7.6下编译amber18 & AmberTools18 openmpi 1.8.8并行版全纪录

独舞的印迹

刚折腾好amber18，搜了一下，好像没帖子说amber1的8安装步骤，于是发上来分享一下。不是很懂linux，有不对的地方请轻喷。
0.本记录基于卢老师的教程安装的系统，建议使用新系统安装。参考安装amber18。
1.安装时尽量使用非root用户的进行安装，可以安装在/home/username/下，如果要装在/usr/local之类的系统文件夹，需要用超级用户改这个文件夹的权限(sudo chmod 777 /usr/local)，另外不要直接把软件装在local里，一定要在local里创建文件夹(local里有bin和lib文件夹，可能会出现覆盖的情况。)
2.安装全程不要加sudo，特殊情况除外。解压时一不小心加了的话就删了重新解压，其他时候加了看情况要不要删了重新来。
ps：1、2这两点是个巨坑，折腾了我两天，千万要注意。
3.openmpi和mpich的命令都是mpirun，所以如果同时装的有这两个软件需要自行修改当前用户的~/.bashrc，用哪个mpi就把哪个mpi放前面。（echo $PATH可以看当前路径的优先级，哪个mpi文件夹靠前，系统就用那个mpi）
4.编译时使用amber18自带的microconda，不要用自己的python。这点也是个大坑，折腾了很久很久。
5.涉及到的文件。失效请通知我。链接：https://pan.baidu.com/s/1Sv9qkgr8kMoXatOJXrNEcg 提取码：xcf3
6.中间退出或者断线了就重新source amber.sh一下。提示找不到什么东西也source一下。sudo命令安装的source一下还提示找不到命令就憋抱希望了，直接rm -rf 这个文件夹吧。

#安装依赖库(可能要root权限)
yum -y install tcsh make gcc gcc-gfortran gcc-c++ which flex bison patch bc libXt-devel libXext-devel perl perl-ExtUtils-MakeMaker util-linux wget bzip2 bzip2-devel zlib-devel tar
#确保这三个的版本完全一样。
gcc -v
g++ -v
gfortran -v

#解压到当前用户的Desktop文件夹下。
cd  /home/username/Desktop/
tar jxvf AmberTools18.tar.bz2
tar jxvf Amber18.tar.bz2

#在bashrc中添加环境变量。这样就可以避免之后多次source了。
test -f /home/username/Desktop/amber18/amber.sh && source /home/liuyaoze/Desktop/amber18/amber.sh
#保存退出后source一下
source ~/.bashrc

#先用configure脚本编译串行版本
#会提示更新，更不更新都可以（加--no-updates跳过更新），但是一定要装python
#有warning不要紧张，下同。
./configure gnu

#在当前目录下执行
make install

#在amber18目录下source
source amber.sh

#大多数都通过就没问题了。
make test

#安装openmpi
cd $AMBERHOME/AmberTools/src

#先上传openmpi-1.8.8.tar.bz2到$AMBERHOME/AmberTools/src
#解压
tar jxvf openmpi-1.8.8.tar.bz2

#不要手滑自行编译！
#在src这个文件夹执行configure_openmpi脚本编译openmpi。
./configure_openmpi gnu
vi ~/.bashrc

#安装完成后在bashrc文件中刚才添加的test -f这一行的后边添加以下内容。
export MPI_HOME=$AMBERHOME/AmberTools
export PATH=$PATH:$MPI_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

source ~/.bashrc

#amber18文件夹里编译并行版本
./configure --no-updates -mpi gnu
make install
export DO_PARALLEL="mpirun -np 8"

#大多数通过就没问题。
make test

boinboinxu

请问有大神知道在安装并行版时，./configure_openmpi gnu之后，$AMBERHOME/AmberTools/src中为什么没有产生amber.sh呢？

boinboinxu

求助各位大神在make install完成后有没有遇到这个问题？

独舞的印迹

Nancylee0416 发表于 2023-1-4 18:08
感谢楼主！！！ 在amber18文件夹中已解压覆盖，使用原openmpi跳过安装时报错，还是需要新安装openmpi-1.8 ...

但是你这个出错的实在太多了，我建议你重新按照我的流程安装一遍。

独舞的印迹

Nancylee0416 发表于 2023-1-4 18:08
感谢楼主！！！ 在amber18文件夹中已解压覆盖，使用原openmpi跳过安装时报错，还是需要新安装openmpi-1.8 ...

你想要的功能可以正常使用的话就不用管。

Nancylee0416

独舞的印迹 发表于 2023-1-4 15:23
1.没记错的话这两个压缩包里的文件夹本来就是同名的，直接解压即可，不用担心覆盖的问题。
2.amber的可 ...

感谢楼主！！！ 在amber18文件夹中已解压覆盖，使用原openmpi跳过安装时报错，还是需要新安装openmpi-1.8.8.tar.bz2在src中。



make test过后虽然提示有很多failed和error，但是尝试pdb4amber语句正常运行。
是否可以认为是安装成功了呢？谢谢楼主！

独舞的印迹

Nancylee0416 发表于 2023-1-4 11:36
求助大佬 根据sob老师的方法，前期已经在centos7.6虚拟机中成功安装ambertools18，openmpi4.1.1，gcc9.3.1( ...

1.没记错的话这两个压缩包里的文件夹本来就是同名的，直接解压即可，不用担心覆盖的问题。
2.amber的可执行程序在./amber18/bin下面。amber.sh里面是运行amber的时候需要的环境变量（其中就包括了可执行程序得位置），把这个文件写进.bashrc的作用你可以理解为你使用amber相关的指令的时候告诉系统去哪里找对应的可执行程序。

Nancylee0416

求助大佬 根据sob老师的方法，前期已经在centos7.6虚拟机中成功安装ambertools18，openmpi4.1.1，gcc9.3.1(4.8.5)，python 2.7.5。现在想安装amber18。
1.是否可以直接在sob/amber18文件夹中解压amber18.tar.bz? 发现已有的ambertools18的文件夹中和amber18压缩包里中都含有test和src文件夹，是否可以合并，会不会有影响？
2.ambertools文件夹如图已命名为sob/amber18,文件夹中已有amber.sh,有些混淆是否这个就是amber18？附上环境变量和文件夹内容

Reisende

感谢

yee

独舞的印迹 发表于 2022-1-12 08:50
你可以按照我的安装步骤来，可以避免你说的问题。

我是按照你的的来，安装包也是下载你的网盘里的，它就显示root下不于计算。。我才找别的办法

独舞的印迹

yee 发表于 2022-1-11 09:47
请问在最后一部make test时大部分不通过怎么解决？
他显示问题在 当前处于root用户下，不予计算。可是要是 ...

你可以按照我的安装步骤来，可以避免你说的问题。

yee

请问在最后一部make test时大部分不通过怎么解决？
他显示问题在 当前处于root用户下，不予计算。可是要是我切换到普通用户时，很多文件没有权限打开，还是大部分不通过。然后我又尝试了在普通用户下安装，也是不行。
然后又看了这个帖子http://sobereva.com/409，不知道是openmpi版本太低还是什么，找不到帖子里面需要修改的文件，我又尝试下载新版本的openmpi，结果不能在amber18这个文件中被识别安装。
要是直接加--allow-run-as-root来进行make test要怎么加，我尝试了一下好像不行。。

Kamala

独舞的印迹 发表于 2021-11-14 21:10
上限应该是逻辑核心数。假如你双路24c48t的服务器，这里最多可填48*2=96（但应不意味着填96是最理想的情 ...

好的 明白

c00jsw00

只要放在/home下 usr 目錄下一般安裝都很順利...你只要使用gcc 都沒問題

独舞的印迹

Kamala 发表于 2021-11-14 14:11
楼主，mpirun - np [n]，这个n的数量取决于什么，到底是何物理cpu个数有关，还是逻辑cpu个数，我是双cpu双 ...

上限应该是逻辑核心数。假如你双路24c48t的服务器，这里最多可填48*2=96（但应不意味着填96是最理想的情况，需要自己测试。）