关于伞状采样计算PMF与平均力势积分算自由能的问题

sun666 · 发表于 Post on 2021-5-16 00:55:48

老师好，最近被几个词困扰，平均力势PMF,伞状采样，平均力势积分
请问这几个都是算自由能的方法吗，伞状采样是需要多个窗口最后叠加，计算自由能的原理是热力学微扰吗（我的理解是，A=-kbTlnQ，然后分成很多窗口就是分为很多步进行减小构象变化）

在一篇文献中看到伞状采样，利用平均力势积分的方法计算自由能图一，公式中的F（z）代表什么力呢,外力吗。

平均力势积分与自由能微扰的方法有什么关系与相同呢。

粉川桜雪 · 发表于 Post on 2025-12-15 20:18:06

fhh2626 发表于 2021-5-16 17:27
建议你从基础开始学起，一口吃不成胖子

平均力势是一维自由能曲线的同义词

您好，请问一下cp2k输出的shake 因子单位是什么呀，积分后得到的势能面如何转换成 kJ/mol 单位呢？

Cloudince · 发表于 Post on 2024-4-6 21:27:51

动力学发表于 2021-9-18 22:08
你好，那PMF曲线指的是自由能G的变化曲线，还是▲G的变化曲线呀。

您好，我想请教以下，您的这个问题解决了吗？

好多鱼 · 发表于 Post on 2023-6-5 09:38:12

sun666 发表于 2021-5-23 23:28
谢谢您我看了一下课本总结了一下在两张图上
伞状采样是计算PMF的一种方法，通过PMF可以得到在反应坐标上 ...

您好请问这是那本书上的内容啊，想学习一下

熊小熊 · 发表于 Post on 2022-12-28 19:41:40

动力学发表于 2022-12-28 18:05
指的是△G

好的，谢谢

动力学 · 发表于 Post on 2022-12-28 18:05:12

熊小熊发表于 2022-12-7 20:42
您好，我想请教以下，您的这个问题解决了吗？

指的是△G

熊小熊 · 发表于 Post on 2022-12-7 20:42:43

动力学发表于 2021-9-18 22:08
你好，那PMF曲线指的是自由能G的变化曲线，还是▲G的变化曲线呀。

您好，我想请教以下，您的这个问题解决了吗？

Kamala · 发表于 Post on 2022-1-4 21:45:37

好我现在只有16核的cpu。。

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-1-4 21:24:26

Kamala 发表于 2022-1-4 21:15
请问用伞形取样来计算pmf 计算机性能有要求吗，至少要达到什么要求

至少能跑得动MD

Kamala · 发表于 Post on 2022-1-4 21:15:47

fhh2626 发表于 2021-5-19 12:38
说了让你静下心来从头看书，不要去搜网上的中文资料

自由能曲线/面：

请问用伞形取样来计算pmf 计算机性能有要求吗，至少要达到什么要求

动力学 · 发表于 Post on 2021-9-18 22:08:19

fhh2626 发表于 2021-5-16 17:27
建议你从基础开始学起，一口吃不成胖子

平均力势是一维自由能曲线的同义词

你好，那PMF曲线指的是自由能G的变化曲线，还是▲G的变化曲线呀。

sun666 · 发表于 Post on 2021-5-23 23:28:46

本帖最后由 sun666 于 2021-5-23 23:36 编辑

fhh2626 发表于 2021-5-19 12:39
然而，二者有本质不同：自由能与∂U(λ)/∂λ存在积分关系，然而自由能对反应坐标没有任何的直 ...

谢谢您我看了一下课本总结了一下在两张图上
伞状采样是计算PMF的一种方法，通过PMF可以得到在反应坐标上的分布函数W（r），通过W（r）可以计算得到PMF，同时通过W（r）也可以计算出平均力F，通过平均力也可以计算出PFM。
SMD（拉动分子动力学）等都可以使用伞形采样进行采样进而计算PMF(GROMACS的伞状采样教程用的就是SMD吧)
不知道我理解的对不对。还是说SMD等跟伞形采样是并列关系是两种计算PMF的方法。另外您说的ABF我不知道是什么意思，教材中说SMD又叫AFM。

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-5-19 12:39:45

sun666 发表于 2021-5-18 21:45
谢谢您，我查找了一些资料。总结如下：
“PMF（Potential of mean force）：自由能势能面，即将反应坐标 ...

然而，二者有本质不同：自由能与∂U(λ)/∂λ存在积分关系，然而自由能对反应坐标没有任何的直接关系。这也正是两大类方法的分水岭”

自由能对反应坐标的导数就是ABF方法中的平均力

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-5-19 12:38:28

sun666 发表于 2021-5-18 21:45
谢谢您，我查找了一些资料。总结如下：
“PMF（Potential of mean force）：自由能势能面，即将反应坐标 ...

说了让你静下心来从头看书，不要去搜网上的中文资料

自由能曲线/面：
可以采用多个几何变量（比如距离）描述体系的状态，这些几何变量叫做反应坐标，体系自由能沿反应坐标的相对变化叫自由能曲线/面。PMF是一维自由能曲线的特例

伞状采样属于增强采样方法下的重要性采样分支，重要性采样算法增强沿给定反应坐标方向上的采样，属于重要性采样的方法还有ABF，metadynamics，TAMD等等，你说的对平均力积分是ABF方法的estimator

自由能微扰、热力学积分和hyperdynamics属于alchemistry类方法

k64_cc · 发表于 Post on 2021-5-18 22:44:34

sun666 发表于 2021-5-18 21:45
谢谢您，我查找了一些资料。总结如下：
“PMF（Potential of mean force）：自由能势能面，即将反应坐标 ...

哎……

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/wcms.66

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 关于伞状采样计算PMF与平均力势积分算自由能的问题

浏览过的版块