[BURAI]关于计算吸附能时的优化顺序的求助

一束光

本人计算化学菜鸟，有一些基础问题跪求大佬解答。1：我将原胞优化以后，再进行超胞和切面的操作之后，是不是就不需要再进行优化操作了，可以直接进行SCF计算？
2：如何不需要再进行优化，那么添加吸附上的小分子以后是不是也不需要再进行优化？
3：我自己尝试了一下，超胞以后再优化，发现原胞收敛的情况的下，超胞优化是SCF的值可以从负值波动到几倍大的正值，这种情况正常吗？

4：burai里面的optimize和geometry的区别是什么？

非常希望能有大佬帮忙解惑，非常感谢。

卡开发发

Snowkunkun 发表于 2024-10-24 22:42
老师，我在对In2O3切面+真空度进行收敛性性测试，计算失败，提醒我:
1、无法导入文档：“Error on Job C ...

看看计算失败后返回的.castep文件输出什么，现在判断不了。

Snowkunkun

卡开发发 发表于 2024-10-24 17:26
第2步切面后可以不扩胞先测试。

老师，我在对In2O3切面+真空度进行收敛性性测试，计算失败，提醒我:
1、无法导入文档：“Error on Job Complete. Failed to import document from D:\， Binary file with CASTEP results not present.”
2、“Files not removed from server due to previous errors.”
3、“As instructed, files have been left on remote server, these may need to be manually archived.”
请问这个应该怎么解决呢？谢谢老师

卡开发发

Snowkunkun 发表于 2024-10-24 16:18
非常感谢老师。
我计算吸附能的大概流程还想麻烦您帮我看一下：
1、晶胞结构优化，找出收敛的k-points ...

第2步切面后可以不扩胞先测试。

Snowkunkun

卡开发发 发表于 2024-10-24 13:55
1、余量指的是比如测试下来动能截断450eV收敛，你实际用的时候可以用到500甚至是550eV。最后算的时候你从 ...

非常感谢老师。
我计算吸附能的大概流程还想麻烦您帮我看一下：
1、晶胞结构优化，找出收敛的k-points和截断能。
2、晶胞切面，加真空层，扩胞，收敛性测试。（真空层10-15埃，切面厚度3-5层）
3、构建乙醇+氧化物吸附模型，固定底部原子层，进行收敛性测试。
4、计算各部分能量代入公式得到吸附能。
谢谢老师。

卡开发发

Snowkunkun 发表于 2024-10-24 13:39
非常感谢老师的答疑解惑。
1、请问 “晶胞计算时留一些余量” 是什么意思？晶胞结构优化计算时，我的k-p ...

1、余量指的是比如测试下来动能截断450eV收敛，你实际用的时候可以用到500甚至是550eV。最后算的时候你从450、500、550稍微检验一下就可以，而不需要完全重新测试。
2、这个具体我没办法说，但大致上可以通过一些结构化学和对称性方面的知识对构型初步做些判断。
3、两者不冲突，当c轴足够长kc其实只要1就行了，最核心的问题就是c轴足够长，kc严格说是不是1无所谓，因为当c轴足够长的时候kc怎样取和1都差不多。

Snowkunkun

卡开发发 发表于 2024-10-23 18:14
1、严格说要重新测试，但你可以一开始晶胞计算时测试完留一些余量，之后可以在此基础上稍做检查（这样不 ...

非常感谢老师的答疑解惑。
1、请问 “晶胞计算时留一些余量” 是什么意思？晶胞结构优化计算时，我的k-points和截断能已经测试了很多。（k-points选取了大概10种不同的abc组合测试，截断能300eV-850eV，50eV为增量都计算了。）
2、我计算的是金属氧化物SnO2、In2O3吸附乙醇气体分子，应该怎么选择吸附构型更合理呢？
3、计算二维材料k-points的选取是否需要设置为a x b x 1（c都取1）？我查阅文献，有的计算 a b c 选取相近的数值，有的设置 c=1计算。
谢谢卡开发发老师！！

卡开发发

Snowkunkun 发表于 2024-10-23 17:24
老师您好！我正在用castep进行吸附能计算。有两个问题想请教一下您。
1、请问切面后和吸附分子后，两种 ...

1、严格说要重新测试，但你可以一开始晶胞计算时测试完留一些余量，之后可以在此基础上稍做检查（这样不需要测试太多点）。
2、不一定，看具体研究问题。简单分子吸附构型比较少可以都算下；当可能的吸附构型特别多，（特定温度下）不同构型之间转化比较容易，这种情况计算优化少数结构不太靠得住。

Snowkunkun

卡开发发 发表于 2021-5-18 17:38
1、切面之后，暴露在外部的原子还会发生驰豫，因此切面后的结构优化依然是必要的，而晶胞的矢量不再需要优 ...

老师您好！我正在用castep进行吸附能计算。有两个问题想请教一下您。
1、请问切面后和吸附分子后，两种情况进行优化的时候，k-point和截断能的设置跟原胞优化时候一样设置吗？还是需要重新测试选择k-point和截断能？
2、建立吸附构型，气体分子摆放的方向和位置会有很多情况，就在几种摆放情况进行优化后，选择能量最低的模型进行分析就可以吗？
非常感谢老师

Snowkunkun

喵星大佬 发表于 2021-5-18 16:20
1.一般来说切面之后表面还要优化一下，不过区别是优化块体的时候是vc-relax，切完表面加真空层之后就不再优 ...

您好！请问切面后和吸附分子后，两种情况进行优化的时候，k-point和截断能的设置跟原胞优化时候一样设置吗？还是需要重新测试选择k-point和截断能？谢谢大佬

Snowkunkun

喵星大佬 发表于 2021-5-18 16:20
1.一般来说切面之后表面还要优化一下，不过区别是优化块体的时候是vc-relax，切完表面加真空层之后就不再优 ...

您好！请问切面后和吸附分子后，两种情况进行优化的时候，k-point和截断能的设置跟原胞优化时候一样设置吗？还是需要重新测试选择k-point和截断能？谢谢大佬

FDGDF

一束光 发表于 2021-5-18 21:56
非常感谢您

感谢您的回复

HAC

一条君 发表于 2021-8-5 12:21
您好，请问晶胞优化和结构优化有什么区别呢，晶胞优化同时不也改变结构了吗？
（初学者看到都是先进行晶 ...

晶胞优化是优化晶格常数，结构优化只优化原子位置

晨晨晨嘛

一条君 发表于 2023-3-24 17:49
我平时不做这方向，回想一下，我的理解是每一个晶胞参数会对应一个最优结构；当你改变晶胞参数，会对应另 ...

好的谢谢您~

一条君

晨晨晨嘛 发表于 2023-3-23 09:16
您好，请问您现在明白这两者的区别了么，我还是不太明白，请赐教

我平时不做这方向，回想一下，我的理解是每一个晶胞参数会对应一个最优结构；当你改变晶胞参数，会对应另一个最优结构，此时就是变胞优化了。（比如大尺寸晶胞和小尺寸的结构或者堆积方式应该会不同）