势能面上是否需要都是最低能量构象

baojiajing · 发表于 Post on 2021-5-22 16:29:18

请教:势能面上分子都应该用最低能量构象吗？分子可旋转的键特别多，需要每个都做构象搜索获得最低能量构象吗？感觉这是个很难完成的任务我要算的是OO与分子上H发生五元，六元环和七元环过渡态H转移
每个位点上的H都可以被OO取代，之后都可以与分子内H发生H转移

朽木可自雕 · 发表于 Post on 2021-5-23 10:30:08

sobereva 发表于 2021-5-23 03:20
恰当方式做构象搜索就是可以找到势能面上的全局最小点
诸如gentor+molclus这种系统性搜索方式就可以保证 ...

好的，社长，下次引用的时候加引号。

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-23 03:20:53

朽木可自雕发表于 2021-5-22 21:24
本文的构象搜索流程是否一定能找到能量最低的构象很大程度上取决于体系特征、xtb做动力学跑的时间长短和 ...

恰当方式做构象搜索就是可以找到势能面上的全局最小点
诸如gentor+molclus这种系统性搜索方式就可以保证
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

以后发帖时候引用其它帖子里的原话的时候要么带上双引号要么点击编辑器上的双引号按钮，免得别人理解起来有歧义

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-5-22 22:04:19

本帖最后由 hdhxx123 于 2021-5-22 22:08 编辑

朽木可自雕发表于 2021-5-22 21:24
本文的构象搜索流程是否一定能找到能量最低的构象很大程度上取决于体系特征、xtb做动力学跑的时间长短和 ...

你要清楚,自己想要的所谓"global minimum"是需要什么程度下最小值的,程度跟你的体系大小有关.如果较小的体系可以用多参考去调活性空间找最小,如果大一些可以改变初猜来寻找scf多解体系中最小值,总而言之,FULL CI下可以找到最小值，但是限于种种因素，没法达到，也没法完全遍历势能面，那就要自己把握需要什么程度下的最小值

baojiajing · 发表于 Post on 2021-5-22 21:49:56

朽木可自雕发表于 2021-5-22 20:56
我认为我们没法确保找到的极小点是最小点吧，比如：假设你有A,B,C,D,E,F,G这几个稳定构象，难道其中G能量最 ...

比其他的稳定

baojiajing · 发表于 Post on 2021-5-22 21:48:26

朽木可自雕发表于 2021-5-22 21:24
本文的构象搜索流程是否一定能找到能量最低的构象很大程度上取决于体系特征、xtb做动力学跑的时间长短和 ...

分子大点基本只能找到近似的最小值

baojiajing · 发表于 Post on 2021-5-22 21:47:35

hdhxx123 发表于 2021-5-22 21:04
看这篇文章http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html了解一下构象搜索的基本原理,搞清楚自己想找的" ...

我计算用的初始构象就是用这个做的，后面的我没有做了，比如说H被俩个氧取代，就直接换成氧来优化了

朽木可自雕 · 发表于 Post on 2021-5-22 21:24:18

hdhxx123 发表于 2021-5-22 21:04
看这篇文章http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html了解一下构象搜索的基本原理,搞清楚自己想找的" ...

本文的构象搜索流程是否一定能找到能量最低的构象很大程度上取决于体系特征、xtb做动力学跑的时间长短和温度，以及GFN2-xTB优化后保留最低的多少个构象用于之后的DFT计算。
。。还是不懂，我认为的最小点就是global minimum，但是我无法百分百确证我得到的是global minimum，除非我的原子很少。可能贫穷限制了我的想象力

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-5-22 21:04:55

朽木可自雕发表于 2021-5-22 20:56
我认为我们没法确保找到的极小点是最小点吧，比如：假设你有A,B,C,D,E,F,G这几个稳定构象，难道其中G能量最 ...

看这篇文章http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html了解一下构象搜索的基本原理,搞清楚自己想找的"最小点"在量化里是什么

朽木可自雕 · 发表于 Post on 2021-5-22 20:56:03

我认为我们没法确保找到的极小点是最小点吧，比如：假设你有A,B,C,D,E,F,G这几个稳定构象，难道其中G能量最低你就可以认为它是最小点？

baojiajing · 发表于 Post on 2021-5-22 18:27:27

量化小菜鸡发表于 2021-5-22 17:56
严格上肯定不够，因为中间体有时候过渡态啊你也要找最低构象。你可以最重要的步骤（比如决速步）再找下构 ...

最好中间体也都用最低能量构象吗

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2021-5-22 17:56:26

baojiajing 发表于 2021-5-22 17:50
我只对初始构象做了搜索，后面就没管了这样可以吗

严格上肯定不够，因为中间体有时候过渡态啊你也要找最低构象。你可以最重要的步骤（比如决速步）再找下构象，不重要的你不找就不找了，看审稿的咋说。

baojiajing · 发表于 Post on 2021-5-22 17:50:12

量化小菜鸡发表于 2021-5-22 17:24
理论上肯定是要找最低构象的，但现实中很多人也都没做。这个分子不大，可以做一做构象搜索。

我只对初始构象做了搜索，后面就没管了这样可以吗

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2021-5-22 17:24:56

理论上肯定是要找最低构象的，但现实中很多人也都没做。这个分子不大，可以做一做构象搜索。

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