求助，有机分子与三价铁离子配合物，激发态结构优化一直不成功。

圆原远 · 发表于 Post on 2021-5-22 21:07:56

有机分子与三价铁离子配合，共71个原子。用高斯16软件，方法是DFT。根据sob老师的帖子，确定了赝势基组的选择范围（SDD、lan12TZ、lan12TZ(f)），过渡金属泛函的选择范围（TPSS、TPSSh、BP86），其它原子基组的选取：def2TZVP、6-311G*、6-311G**，三价铁离子的自旋多重度的选取：2、4、6。根据上面的选择，进行组合计算，提交之后没多久,（很多组合就是连一步都没优化）就出现801错误的，出错之后，根据帖子，先加SCF=noincfock，不行就换为SCF=vshift=x。x一般为300~500，再不行两个都加上，还不行就换基组或泛函。目前def2TZVP-TPSSh-lan12TZ、lan12TZ(f)的组合在算，但已经一个月还没出结果。所以想问一下，目前我除了等待不出错的计算的结果，关于我的其它方面有没有不合适的，希望大家能给出一些建议，谢谢。下图是其它组合每次的报错信息，每次报错都是这个。如果有哪里说的不清楚的，请指出，我补充。谢谢。

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-5-24 22:15:56

圆原远发表于 2021-5-24 15:41
感谢回复，我把之前的都停了，然后选择泛函为TPssh、6-311G**、赝势基组为lan12TZ(f)这个组合分别对自旋 ...

这结构不太合理。但是硬要算也能算。Fe一般都有好几个配体，你总要有点实验上的结构信息吧，随便点击一个Fe原子（或离子）可能离真实情况过远。

圆原远 · 发表于 Post on 2021-5-24 20:55:14

tiandikuoyuan 发表于 2021-5-24 20:26
文献有实验数据证明同时发生了配位吗，两个N的p轨道方向说明它们不能和铁同时配位，单个配位有可能。如果 ...

文献中通过有无三价铁的样品颜色、电子光谱图以及红外光谱的对比和分析，分析出三价铁与之配位以及哪个部分是与三价铁较好配位的地方

tiandikuoyuan · 发表于 Post on 2021-5-24 20:26:22

圆原远发表于 2021-5-24 20:13
我是看文献，才想尝试这个体系的，下面那个图是文献上的，我们做输入文件的时候，只是把三价铁离子画在了 ...

文献有实验数据证明同时发生了配位吗，两个N的p轨道方向说明它们不能和铁同时配位，单个配位有可能。如果配位，两个配位键的键角太小了

圆原远 · 发表于 Post on 2021-5-24 20:13:27

tiandikuoyuan 发表于 2021-5-24 19:46
你这有机分子中的两个N原子能和铁离子同时配位吗？结构不合理吧

我是看文献，才想尝试这个体系的，下面那个图是文献上的，我们做输入文件的时候，只是把三价铁离子画在了旁边，至于成键情况，想着看优化的结果。抱着至于成几个键到时候只要能解释的通就行的想法。有什么建议吗。

tiandikuoyuan · 发表于 Post on 2021-5-24 19:46:34

你这有机分子中的两个N原子能和铁离子同时配位吗？结构不合理吧

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2021-5-24 16:45:25

圆原远发表于 2021-5-24 15:41
感谢回复，我把之前的都停了，然后选择泛函为TPssh、6-311G**、赝势基组为lan12TZ(f)这个组合分别对自旋 ...

不要用stable，一律用stable=opt, 如果不稳定会自动优化到稳定的波函数。

对于scf不收敛，你这个情况属于快要收敛了，加大收敛圈数应该就可以，也可以尝试level shift。

如果要换泛函基组，必须保证三种多重度的泛函基组是一样的，不然无法比较。非金属原子的基组可以小一点，比如6-31G**

圆原远 · 发表于 Post on 2021-5-24 15:41:34

zjxitcc 发表于 2021-5-23 20:04
你在一开始出错的时候就应该提问，或者算之前就应该问。白费了一个月时间。“刚开始优化的时候用了关键词 ...

感谢回复，我把之前的都停了，然后选择泛函为TPssh、6-311G**、赝势基组为lan12TZ(f)这个组合分别对自旋多重度2、4、6进行单点波函数测试，目前只有6是正常结束的，在6的log文件种通过查找发现“The wavefunction has an internal instability”，这说明波函数是不稳定的吧。那对于6现在是改基组或泛函再次算单点吗。2和4都出现了l801错误，那针对2和4，我是根据错误进行加关键词尝试解决，还是对2和4改变基组或泛函算单点呀。下面是自旋多重度为2的输入文件，和报错的log文件。

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-5-23 20:04:55

本帖最后由 zjxitcc 于 2021-5-23 20:06 编辑

圆原远发表于 2021-5-23 19:49
感谢回复。第一个问题，我主要是因为一直出错，出错之后看log文件，发现一步优化都没开始，所以现在可以 ...

你在一开始出错的时候就应该提问，或者算之前就应该问。白费了一个月时间。“刚开始优化的时候用了关键词tight，我直接算的激发态优化” 这体系正常的基态计算都算不出来，更别说这些了。

PS1：你在4L只给出了genecp，这样是看不出基组信息的。TPSSh泛函没有大问题。
PS2：复杂体系不是你这么算的，应该先算单点，确保波函数稳定性，然后读取波函数做结构优化，算完还应该再检验波函数稳定性，然后做freq任务确认无虚频。不是你这么一行opt freq td这么算的，不能一口气吃成胖子。
PS3：你也不用一条条回复。建议你手上计算全部停掉，按合理的步骤来，否则还要折腾很久。先算基态，优化出一个合理的基态结构，然后开始算激发态。你在算基态的时候必然还会碰到问题，再来问。

圆原远 · 发表于 Post on 2021-5-23 19:49:22

hebrewsnabla 发表于 2021-5-22 21:43
做这种计算不是说把几种条件一组合，全部提交上去就完了。基组和泛函只需要选一种组合，实在不行再换，而不 ...

感谢回复。第一个问题，我主要是因为一直出错，出错之后看log文件，发现一步优化都没开始，所以现在可以说是处于试的阶段，几乎已经尝试的很多组合都是这种情况。第二个问题，刚开始的时候忘记考虑自旋多重度的问题，一直用的是2，后来意识到优化不出来是不是可能跟多重度有关，也开始了4和6的尝试，但情况跟2差不多，几乎都是一直出错。第三个问题，刚开始优化的时候用了关键词tight，我直接算的激发态优化（因为之前没接触过金属，是一个新的尝试，感觉如果激发态都优化不出来，那也没啥做的意义了），后来了解到，加这个关键词会把标准提高，就把任务杀死，提取前一步的坐标，去掉了这个关键词，继续优化，这算是计算1，再后来把可以进行激发态优化的组合先进行基态优化（正常结束了，但全是4个no），用基态优化好的坐标做激发态优化，这个算是计算2.目前这两种计算都在进行，通过查看优化步数判断，这个两个计算优化的很慢（5天左右不到3步）。所以在想是不是哪里不合理，下面是某个正在进行计算的关键词
#p opt freq td TPSSh/genecp

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-23 03:23:50

一个字一个仔细阅读
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
不要把文章断章取义

完全没必要试一大堆方法和基组，直接用个对当前体系靠谱的就完了，盲目算其它的纯粹是白耽误时间

“一个月还没出结果”这种描述完全莫名其妙，别人都不知道你在用什么关键词算什么、发生了什么情况。

以后发帖子看清楚板块再发，当前是量化问题，不要发到分子模拟板块，给你移动了，以后注意。

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2021-5-22 21:43:33

做这种计算不是说把几种条件一组合，全部提交上去就完了。基组和泛函只需要选一种组合，实在不行再换，而不是搞一堆组合。

你需要先解决的问题是自旋多重度，先确定这个问题才能做别的，否则都是白算。只要做三次计算就能确定自旋多重度。

这个任务应该不至于算一个月的，你可以贴出关键词。

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