小分子这种孤立体系在cp2k里opt时候SCF不收敛 [已解决]

Aridea · 发表于 Post on 2021-6-5 03:14:44

本帖最后由 Aridea 于 2021-6-8 11:43 编辑

各位大佬好！我最近在做吸附计算，计算时候发现还有一些问题没弄明白，特来请教各位大佬，问题如下：1. 吸附底物是周期结构A，被吸附物为小分子B。opt得到AB复合构型，最后算结合能的时候是不是要把AB，A(AB-B), B(AB-A) 三个结构提取出来分别计算单点嘛；
2. 这个单点直接提高E-cutoff和k-points密度就可以了，其他参数要进一步提高嘛；
3. 其中被吸附分子B(AB-A)计算单点时候是不是还要放在这个周期盒子里,或者直接拿出来当孤立体系算呢；
4. 最重要的一个问题就是，后续可能需要算振动，所以每个部分都要优化一下。目前优化A和AB都能顺利收敛，唯独单独优化分子B时候死活不收敛。这个小分子用的和优化A及其AB是同样的参数，几乎是multiwfn默认的设置没动，两天了scf总是128圈跑完还不收敛（2021/6/5 收敛问题在群友提示下和官网摸索下已经解决，设置非周期性，定义分子再盒子中心。PSOLVER WAVELET把两个CUTOFF分别调节到800和80.）

Na2S6 (2).inp (2.18 MB, 下载次数 Times of downloads: 42)

Na2S6-2.inp (2.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 58)

相信永远的雪 · 发表于 Post on 2022-7-5 05:59:21

请问您上传的Na2S6-2.inp 文件是最后运行成功的输入文件吗？非周期性？POISSON_SOLVER ANALYTIC ?

Aridea · 发表于 Post on 2021-6-6 20:03:17

zjxitcc 发表于 2021-6-6 11:34
结合能是一个范围很大的词，吸附能可以看做是结合能的一种细分类，偏向于指一个小分子吸附到大分子上（材 ...

学到了，谢谢邹神！

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-6-6 11:34:57

nwafu-zc 发表于 2021-6-6 09:56
您好，能不能解释一下吸附能和结合能的区别？

结合能是一个范围很大的词，吸附能可以看做是结合能的一种细分类，偏向于指一个小分子吸附到大分子上（材料表面、MOF内等等），体积上有明显的大与小的差异。而两个差不多大小的分子的结合，描述结合的强弱一般用的是结合能，不能说吸附能。

nwafu-zc · 发表于 Post on 2021-6-6 09:56:36

xexlalalan 发表于 2021-6-5 16:33
按照自己的经验答一波，不一定正确，审慎采纳

1. 是的，而且提取后要保持坐标不变

您好，能不能解释一下吸附能和结合能的区别？

Aridea · 发表于 Post on 2021-6-5 16:45:37

xexlalalan 发表于 2021-6-5 16:33
按照自己的经验答一波，不一定正确，审慎采纳

1. 是的，而且提取后要保持坐标不变

嗯嗯，这个小分子是正常的结构，高斯 opt freq没问题文献也这么给的呢。多谢大佬的回复，有帮到我哎!

xexlalalan · 发表于 Post on 2021-6-5 16:33:54

按照自己的经验答一波，不一定正确，审慎采纳

1. 是的，而且提取后要保持坐标不变
2. 收敛精度？
3. 还是要放在周期性体系里，而且要保持坐标不变。要不然绝对能量没有比较的意义
4. 你要是算结合能的话，就别优化了，直接算单点。算吸附能需要再优化。结合能和吸附能意义不太一样。

你这个结构不收敛的原因有可能是没有放到周期性结构里。需要把CELL里的晶胞参数定义一下。
另外，你这里面&POISSON的周期性没有设置，在做周期性计算时应当设置成XY或者XYZ，否则结果可能完全离谱。（我就吃过这个亏，参考http://bbs.keinsci.com/thread-23271-1-1.html）
还有，你的inp文件里的结构是那个分子吗？看起来有点离谱……

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