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[VMD] 求助VMD轨迹align之后的坐标问题

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楼主
我看论坛中别的帖子上说对模型进行align之后 模型的坐标会改变  然后在保存坐标就是改变之后的。但是我使用RMSD 中的align对模型处理之后  坐标却没有任何改变只是显示改变了,应该怎么做才能align之后的模型坐标改变? 另外我想画volmap,用RMSD trj整个轨迹对第一帧进行了align  之后在画的volmap 和没有align的一样,是因为我align的方法错了么?

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发表于 Post on 2021-6-9 07:10:38 | 只看该作者 Only view this author
用VMD的RMSD Trajectory tool工具align之后不可能被align的帧的坐标没有改变,肯定是你理解错了或者操作错了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-6-9 07:09:36 | 只看该作者 Only view this author
icecream 发表于 2021-6-8 21:05
希望能得到大家的帮助。另外关于VMD TK指令部分有没有说明书?我在VMD 说明书中没有找到这一部分的详细说明 ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“VMD 轨迹align之后的坐标”改了,以后务必注意
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发表于 Post on 2021-6-8 21:14:15 | 只看该作者 Only view this author
这个我自己恰好写过https://gitlab.com/jxzou/rmsd,算出RMSD之后会生成一个新的文件,里面就是第二个结构被平移和旋转之后的坐标。
当然我这个是适用于少数几个结构的处理,多了就得自己写脚本循环处理。若你要处理轨迹(大量结构)的话,还是VMD更方便。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-8 21:05:13 | 只看该作者 Only view this author
希望能得到大家的帮助。另外关于VMD TK指令部分有没有说明书?我在VMD 说明书中没有找到这一部分的详细说明。如果可能 ,能不能告诉我在哪里能找到?谢谢大家

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