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[GROMACS] GROMACS做MM/PBSA结合自由能计算最理想的工具:gmx_MMPBSA

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这个近期发展的gmx_MMPBSA工具令GROMACS用户可以直接利用免费的AmberTools的MMPBSA.py进行结合自由能计算
https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/

基于Python写的。比以往的同类工具都强大,而且更可靠,还有详细的文档和例子,还支持新版本GROMACS。g_mmpbsa等其它同类工具彻底没用了,会被彻底取代。此工具不仅令GROMACS用户可以像AMBER用户一样享受到MMPBSA.py,还做了额外扩展令分析更为方便。






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发表于 Post on 2025-1-4 15:32:00 | 只看该作者 Only view this author
社长,你好!麻烦问一下个方法可以用于计算蛋白质和MOF材料的结合自由能,残基能量贡献么?

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发表于 Post on 2024-10-23 12:11:18 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,gmx_MMPBSA是不是不支持过渡金属离子?即便我在立场包里补充了MN原子类型,仍然有这个报错:

我是补充到gmx_MMPBSA环境下的立场包里。(gromacs下top文件夹也也补充了,但这个应该不影响.)
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发表于 Post on 2024-10-22 20:22:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-22 15:28
如果95ns轨迹期间都没什么区别,蛋白质构象、和配体结合方式都一样,则MMPBSA的结果会随着取的帧数增加而 ...

好的,谢谢sob老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-22 15:28:20 | 只看该作者 Only view this author
lele123 发表于 2024-10-22 14:59
sob老师,请问如果我跑100ns的动力学模拟,从5ns体系比较平稳(RMSD稳定),有必要用后面95ns来计算gmx_M ...

如果95ns轨迹期间都没什么区别,蛋白质构象、和配体结合方式都一样,则MMPBSA的结果会随着取的帧数增加而很快收敛。拿不准就做个收敛性测试,比如5ns和10ns的轨迹对比。从统计精度的原理上来说取得越长越好但越耗时
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发表于 Post on 2024-10-22 14:59:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lele123 于 2024-10-22 15:01 编辑
sobereva 发表于 2022-7-21 11:18
对于配体受体结合能,最常用的是MMPBSA、MMGBSA和FEP/TI
速度MMGBSA>MMPBSA>FEP/TI
精度FEP/TI>MMPBSA> ...

sob老师,请问如果我跑100ns的动力学模拟,从5ns体系比较平稳(RMSD稳定),有必要用后面95ns来计算gmx_MMPBSA吗?还是截取一部分轨迹就可以了?

比较纠结的是,选取的时间跨度越长,计算结果应该更准确(我的理解),但是耗时也更长。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-21 11:18:37 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2022-7-20 10:40
老师您好,我想请教一下用gmx_MMPBSA.py计算结合自由能与用Umbrella Sampling计算结合自由能两者有什么区别 ...

对于配体受体结合能,最常用的是MMPBSA、MMGBSA和FEP/TI
速度MMGBSA>MMPBSA>FEP/TI
精度FEP/TI>MMPBSA>MMGBSA
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发表于 Post on 2022-7-20 23:50:31 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2022-7-20 10:40
老师您好,我想请教一下用gmx_MMPBSA.py计算结合自由能与用Umbrella Sampling计算结合自由能两者有什么区别 ...

可参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/365654509

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发表于 Post on 2022-7-20 10:40:46 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想请教一下用gmx_MMPBSA.py计算结合自由能与用Umbrella Sampling计算结合自由能两者有什么区别,用那种方法比较有优势?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-4 23:20:05 | 只看该作者 Only view this author
大村驴 发表于 2022-3-4 19:36
老师,我看说明里说,要用gmx_MMPBSA.py,首先需要安装Amber,那如果我们没有Amber收费组件,是不是就没有 ...

AmberTools和AMBER完全是两码事,前者是免费的
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发表于 Post on 2022-3-4 19:36:17 | 只看该作者 Only view this author
老师,我看说明里说,要用gmx_MMPBSA.py,首先需要安装Amber,那如果我们没有Amber收费组件,是不是就没有办法使用了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-20 07:22:40 | 只看该作者 Only view this author
曦曦弗斯 发表于 2021-11-19 19:47
请问gmx_MMPBSA是不是只能用于AMBER和CHARMM力场?OPLS力场做MMPBSA的计算有什么途径吗?

你看程序介绍里怎么说的

OPLS-AA力场跑生物分子体系相对于这俩来说没有什么优点,我没看出有什么使用的价值
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发表于 Post on 2021-11-19 19:47:58 | 只看该作者 Only view this author
请问gmx_MMPBSA是不是只能用于AMBER和CHARMM力场?OPLS力场做MMPBSA的计算有什么途径吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-5 16:13:24 | 只看该作者 Only view this author

用虚拟机就完了
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发表于 Post on 2021-11-5 00:37:34 | 只看该作者 Only view this author
可惜不支持win

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