求助CP2K做MD时遇到CPASSERT failed (colvar_utils.F:604) 问题

达斯维达尼亚

请教各位老师，最近在学习cp2k的metadynamic模块，仿照官网的exercise以自己的体系练习时遇到如下问题，网络上查了很久，实在找不到答案；不知道colvar_utils.F:604意味着什么。

DBCSR| CPU Multiplication driver                                           XSMMcolvar_utils.F:604
DBCSR| Multrec recursion limit                                              512
DBCSR| Multiplication stack size                                           1000
DBCSR| Maximum elements for images                                    UNLIMITED
DBCSR| Multiplicative factor virtual images                                   1
DBCSR| Use multiplication densification                                       T
DBCSR| Multiplication size stacks                                             3
DBCSR| Number of 3D layers                                               SINGLE
DBCSR| Use MPI memory allocation                                              T
DBCSR| Use RMA algorithm                                                      F
DBCSR| Use Communication thread                                               T
DBCSR| Communication thread load                                             87


  **** **** ******  **  PROGRAM STARTED AT               2021-06-16 16:13:48.502
***** ** ***  *** **   PROGRAM STARTED ON                        funmat-karplus
**    ****   ******    PROGRAM STARTED BY                             funmatlab
***** **    ** ** **   PROGRAM PROCESS ID                                 61118
  **** **  *******  **  PROGRAM STARTED IN /home/funmatlab/Documents/liulu/2-cp2
                                           k-tasks/test-mtdyn

CP2K| version string:                                          CP2K version 7.1
CP2K| source code revision number:                                  git:e635599
CP2K| cp2kflags: libint fftw3 libxc elpa parallel mpi3 scalapack xsmm max_contr
CP2K|            =4 plumed2 spglib mkl
CP2K| is freely available from                            https://www.cp2k.org/
CP2K| Program compiled at                           Thu Oct 8 13:37:54 CST 2020
CP2K| Program compiled on                                        funmat-karplus
CP2K| Program compiled for                                         CentOS-intel
CP2K| Data directory path           /opt/softwares/cp2k/71/popt/cp2k-7.1.0/data
CP2K| Input file name                                   TCPFe_mtd_2cv_h0_p1.inp

GLOBAL| Force Environment number                                              1
GLOBAL| Basis set file name            /home/funmatlab/Documents/liulu/2-cp2k-t
GLOBAL| Potential file name            /home/funmatlab/Documents/liulu/2-cp2k-t
GLOBAL| MM Potential file name                                     MM_POTENTIAL
GLOBAL| Coordinate file name           /home/funmatlab/Documents/liulu/2-cp2k-t
GLOBAL| Method name                                                        CP2K
GLOBAL| Project name                                        TCPFe_mtd_2cv_h0_p1
GLOBAL| Preferred FFT library                                             FFTW3
GLOBAL| Preferred diagonalization lib.                                     ELPA
GLOBAL| Run type                                                             MD
GLOBAL| All-to-all communication in single precision                          F
GLOBAL| FFTs using library dependent lengths                                  F
GLOBAL| Global print level                                                  LOW
GLOBAL| MPI I/O enabled                                                       T
GLOBAL| Total number of message passing processes                             2
GLOBAL| Number of threads for this process                                    1
GLOBAL| This output is from process                                           0
GLOBAL| CPU model name                Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2686 v4 @ 2.30GHz
GLOBAL| CPUID                                                              1002
GLOBAL| Compiled for CPUID                                                    0
HINT in environment.F:814 The compiler target flags (generic) used to build
   
this binary cannot exploit all extensions of this CPU model (x86_avx2).
   Cons
ider compiler target flags as part of FCFLAGS and CFLAGS (ARCH file).

MEMORY| system memory details [Kb]
MEMORY|                        rank 0           min           max       average
MEMORY| MemTotal            131732312     131732312     131732312     131732312
MEMORY| MemFree             102924968     102924968     102924968     102924968
MEMORY| Buffers                  5856          5856          5856          5856
MEMORY| Cached               13825740      13825740      13825740      13825740
MEMORY| Slab                   784256        784256        784256        784256
MEMORY| SReclaimable           505484        505484        505484        505484
MEMORY| MemLikelyFree       117262048     117262048     117262048     117262048

          ----------------------------------------------------------------------
COLVARS| COLVAR INPUT INDEX:        1
COLVARS| COORDINATION  >>> FROM KINDS                                        95
COLVARS| COORDINATION  >>>   TO KINDS                                        89
COLVARS| R0                                                             3.40151
COLVARS| NN                                                                   6
COLVARS| ND                                                                  12
          ----------------------------------------------------------------------
          ----------------------------------------------------------------------
COLVARS| COLVAR INPUT INDEX:        2
COLVARS| BOND          >>> ATOMS:                                    89      95
          ----------------------------------------------------------------------
          ----------------------------------------------------------------------
COLVARS| COLVAR INPUT INDEX:        3
COLVARS| BOND          >>> ATOMS:                                    93      95
          ----------------------------------------------------------------------

*******************************************************************************
*   ___                                                                       *
*  /   \                                                                      *
* [ABORT]                                                                     *
*  \___/                             CPASSERT failed                          *
*    |                                                                        *
*  O/|                                                                        *
* /| |                                                                        *
* / \                                                      colvar_utils.F:604 *
*******************************************************************************


===== Routine Calling Stack =====

            2 topology_control
            1 CP2K

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leeru 发表于 2022-2-23 15:38
报错是发生在第二步,2, topology control，我感觉你要检查下你的输入文件，特别是MM与QM区域的定义

谢谢回复，的确是输入文件的问题，我的问题出现在Colvar的设置上，KINDS_FROM 上写的是原子序号，所以出错。

leeru

报错是发生在第二步,2, topology control，我感觉你要检查下你的输入文件，特别是MM与QM区域的定义

达斯维达尼亚

elpa 发表于 2021-11-1 18:27
QMMM跑metadynamics，配位数是不是不能设KIND？

没看到   可以设KIND 不过我初学的时候直接改的别人的inp文件，没弄清楚KIND和ATOM。

elpa

达斯维达尼亚 发表于 2021-11-1 15:26
我的是colvar设置时原子序号有问题。

QMMM跑metadynamics，配位数是不是不能设KIND？

达斯维达尼亚

elpa 发表于 2021-9-10 13:49
你好我也遇到这个问题了，请问colvar设置的问题是什么？

我的是colvar设置时原子序号有问题。

elpa

你好我也遇到这个问题了，请问colvar设置的问题是什么？

达斯维达尼亚

ZHANGZY 发表于 2021-8-15 15:41
是内存不够吧？我也遇到同样的问题，内存太小所致。

不是，我的是colvar设置的问题

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高斯不过如此 发表于 2021-8-5 22:04
楼主解决了么？

解决啦 是colvar输入的问题。

ZHANGZY

是内存不够吧？我也遇到同样的问题，内存太小所致。

高斯不过如此

楼主解决了么？