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[综合交流] 求助:噻吩环中的C-S共轭键键能计算

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本帖最后由 Ansir 于 2021-6-17 21:14 编辑

    最近希望通过Guassian16计算噻吩,苯并噻吩,二苯并噻吩,苯硫醚,二苯二硫醚,己硫醇这些含硫化合物的C-S键键能,方法如下:
    DFT/M062X/6-31g(d,p),对其进行opt优化后找到其HF能量1,然后分类说明:
    1.己硫醇直接断开C-S键,计算两个片段自由基的HF能量2和3,键能为1-(2+3)的绝对值。
    2.苯硫醚和二苯二硫醚感觉S和苯环相连存在共轭,是直接断C-S键计算两个片段和硫醇计算方式相同,还是再设计一个共轭体系考虑共轭体系破坏的情况呢?(个人的感觉是可能不太需要,因为苯环整体的共轭没有被破坏?)
    3.噻吩,苯并噻吩和二苯并噻吩的C-S键明显处于共轭杂环中,可以通过旋转C-C键断开,但这就明显破坏了共轭,如果要补偿的话,应该设计什么样的体系来探究共轭破坏导致的能量变化呢?呋喃?环戊二烯?可我打断这些体系的C-O或C-C键,不也是相当于计算未知的C-O或C-C键键能么,怎么得到共轭破坏导致的那部分能量变化呢?
    论坛搜索中查到了  http://bbs.keinsci.com/thread-3085-1-1.html  此贴,但我的体系中没有多个C-S键,是否可以用普通体系如己硫醇中的C-S键键能和Laplacian键级进行计算?
    本人只是刚刚接触量化计算时间很短的菜鸟,还请各位高手指教!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-18 09:14:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-18 01:44
诸如噻吩那种情况,S-C和其它部分耦合太强,原理上就没法计算键能。必须给出个数的话,可以试图用能算C-S键 ...

好的,谢谢社长!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-18 09:13:57 | 只看该作者 Only view this author
fffff 发表于 2021-6-17 22:29
建议先看一下这几篇博文:
简谈量子化学中DFT泛函的选择http://sobereva.com/272
谈谈量子化学中基组的选 ...

好的,谢谢指教!

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发表于 Post on 2021-6-18 01:44:16 | 只看该作者 Only view this author
诸如噻吩那种情况,S-C和其它部分耦合太强,原理上就没法计算键能。必须给出个数的话,可以试图用能算C-S键能的情况和拉普拉斯键级的关系试图估计算不了的情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-6-17 22:29:48 | 只看该作者 Only view this author
建议先看一下这几篇博文:
简谈量子化学中DFT泛函的选择http://sobereva.com/272
谈谈量子化学中基组的选择http://sobereva.com/336
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组http://sobereva.com/387
对于普通有机体系一般可以B3LYP/6-31G*几何优化+频率分析,然后用M06-2X搭配3-zeta基组计算能量。即几何优化用小基组,能量计算用大基组。
ps:你图里画的BDE啥意思,如果是键解离焓的话,计算方法和键能不一样,见http://bbs.keinsci.com/thread-7362-1-1.html里李老师的回复
其他问题我不懂
还请大神指导

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-17 21:15:23 | 只看该作者 Only view this author
尴尬,己硫醇里少画了一个碳……

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