如何快速且准确获得任意一个小分子的pKa？

greatzdk · 发表于 Post on 2021-6-23 10:00:16

一个小分子的pKa值对于判断它的生物物理状态是很重要的。怎么样优雅的获得任意一个小分子的pKa值？
查表？
从头计算？
ML模型预测？

非常感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-23 16:47:33

快速和准确不能兼得
快速就只能靠经验预测，但普适性是有限的，被计算体系必须和训练集有足够相似性
用量化算质子解离的自由能变从而得到pKa可以算得很不错，但想算得准需要较高代价，并且考虑显式溶剂模型、构象权重平均等问题

WVzzz · 发表于 Post on 2021-6-23 10:15:40

http://bbs.keinsci.com/thread-15858-1-1.html
前面帖子有，有在线的，也有用量化软件算的

plus · 发表于 Post on 2021-6-23 10:06:49

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 如何快速且准确获得任意一个小分子的pKa？