gromacs里怎么控制PH？

huidaoguoquo · 发表于 Post on 2015-12-17 15:23:49

请问在Gromacs里怎么控制PH？直接在体系里添加HCl和NaOH是正确的吗？之前请教其他老师说调节键长可以，不知道哪一个是正确的！

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-7 22:07:54

eifyrr 发表于 2022-1-7 14:44
请问大神，质子化一般都是在氨基上做文章对吗，我们做一个高分子材料，只有酯键，并没有氨基，质子化状态 ...

并非必须是氨基酸，关键是被计算的体系是否有不同的质子化状态。比如含氮、氧的小分子也往往得考虑质子化态。甚至pH可能直接影响结构，如酚酞

至于你说的高分子材料，对于pH条件不至于影响质子化态的情况，若是水中模拟，跑MD可以加一些H3O+（质子化的水）

eifyrr · 发表于 Post on 2022-1-7 14:44:36

sobereva 发表于 2021-4-4 04:38
constant PH模拟会这样

请问大神，质子化一般都是在氨基上做文章对吗，我们做一个高分子材料，只有酯键，并没有氨基，质子化状态应该在哪里体现呢

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-4 04:38:32

cuihongqiang 发表于 2021-4-4 01:02
请问在Amber模拟轨迹中体系的质子化和非质子化状态会切换吗

constant PH模拟会这样

cuihongqiang · 发表于 Post on 2021-4-4 01:02:15

sobereva 发表于 2015-12-17 23:57
constant PH模拟可以用amber来做，体系在模拟过程中质子化和非质子化两种状态会按照一定几率切换，两种状态 ...

请问在Amber模拟轨迹中体系的质子化和非质子化状态会切换吗

加速度123 · 发表于 Post on 2017-5-27 10:20:00

sobereva 发表于 2015-12-17 23:57
constant PH模拟可以用amber来做，体系在模拟过程中质子化和非质子化两种状态会按照一定几率切换，两种状态 ...

社长，请问下就是用amber 模拟constant PH，如果需要质子化的残基超过50个，那怎么在之前已经质子化的残基的基础上更改51-100个残基呢？因为我的蛋白在PH=4的时候要质子化一百多个，然后我按照教程上就显示at line 164 of file constantph.F90 (unit =23,file ='*.cpin )
cannot match namelist object name "residue"
然后我网上查的了解到amber每次质子化最多只能50个残基

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-17 23:57:43

constant PH模拟可以用amber来做，体系在模拟过程中质子化和非质子化两种状态会按照一定几率切换，两种状态的概率决定于你设的PH。gmx不支持这个。

gmx里PH的影响只能体现在初始模型的质子化状态的选择上，根据其pka和你模拟想用的PH值来确定是质子化还是非质子化状态。

键长和这个毫无关系。也不是通过HCl、NaOH来体现的。

fhh2626 · 发表于 Post on 2015-12-17 23:29:19

的确有constant PH method，但是恐怕比你想象的要复杂得多。

现阶段，建议你认为md方法无法反映PH的变化

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