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[综合讨论] 离子晶体的从头算分子动力学算热分解性质,CP2K和ORCA都能做吗?哪个更好?

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楼主
首先,如果这次位置又错了,卢老师,我向您道歉,但是这个板块,我确实看了应该符合。错了的话,麻烦您了,谢谢您~

现在我想做离子晶体的从头算分子动力学算热分解性质,我想问一下各位老师,CP2K和ORCA都能做吗,如果能,两个软件哪个相对而言更好一些,谢谢大家的回帖,谢谢各位老师

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发表于 Post on 2023-2-26 13:02:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-26 12:14
看具体体系
洁净的表面不需要再补什么。有些表面的表面重构比较明显,需要考虑这一点(可通过几何优化或 ...

好的,我学习学习。感谢社长为我指明方向

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发表于 Post on 2023-2-26 12:14:03 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2023-2-26 11:53
嗯嗯,感谢社长解答。再请教社长一个问题,固相模型如果是用晶体结构构建,那被晶胞边缘截断的键是不是应 ...

看具体体系
洁净的表面不需要再补什么。有些表面的表面重构比较明显,需要考虑这一点(可通过几何优化或动力学体现)。比如下文里有个表面重构后的Si的IRI图
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html

多看点第一性原理研究表面体系的文章,自然就清楚怎么考虑了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-2-26 11:53:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-26 03:11
带真空区的NVT模拟
NPT的话真空区都可能没了

嗯嗯,感谢社长解答。再请教社长一个问题,固相模型如果是用晶体结构构建,那被晶胞边缘截断的键是不是应该手动补全?如果需要补全的话又面临一个问题:晶体结构不是0维的话有些键是无限连续的,不可能使模型里的所有原子都饱和化。想请教社长怎么考虑这个问题。

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发表于 Post on 2023-2-26 03:11:53 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2023-2-25 12:14
社长,我想模拟固体物质先在高温下一边分解一边气化,然后气相产物再发生燃烧的这么一个过程,合适做法是 ...

带真空区的NVT模拟
NPT的话真空区都可能没了
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发表于 Post on 2023-2-25 12:14:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-17 15:45
显然得考虑周期边界条件
是否考虑周期边界条件和体系实际是否是周期性的完全是两码事,稍微有点分子动力 ...

社长,我想模拟固体物质先在高温下一边分解一边气化,然后气相产物再发生燃烧的这么一个过程,合适做法是不是把固相模型放到一个比自身大很多的盒子里,在NPT系统下进行模拟?

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发表于 Post on 2022-6-17 15:45:09 | 只看该作者 Only view this author
zhidingding 发表于 2022-6-16 10:42
就比如甲烷的燃烧过程,反应物种类只有甲烷和氧气,但是反应物分子数目肯定是比较多的,反应体系也不是周 ...

显然得考虑周期边界条件
是否考虑周期边界条件和体系实际是否是周期性的完全是两码事,稍微有点分子动力学模拟知识自然明白
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发表于 Post on 2022-6-16 10:42:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-6-16 10:16
说具体是什么物质,反应物是一个还是多个分子

模拟大量气体分子的燃烧不可能不考虑周期边界条件,不然 ...

就比如甲烷的燃烧过程,反应物种类只有甲烷和氧气,但是反应物分子数目肯定是比较多的,反应体系也不是周期性结构,

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zhidingding 发表于 2022-6-15 15:10
非常感谢老师的回复,对于原子数比较多的气相燃烧反应,这种体系也不是周期性的体系,CP2K来模拟气相反应 ...

说具体是什么物质,反应物是一个还是多个分子

模拟大量气体分子的燃烧不可能不考虑周期边界条件,不然分子都跑飞了还模拟什么
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sobereva 发表于 2022-6-15 12:27
看具体什么反应、是否考虑周期边界条件

诸如你就研究一个氧气分子和一个反应物分子的碰撞,ORCA或Gaus ...

非常感谢老师的回复,对于原子数比较多的气相燃烧反应,这种体系也不是周期性的体系,CP2K来模拟气相反应会得到可靠的结果吗?气相体系密度肯定比固体小很多,是不是得把模拟体系密度设置的很大才行?

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发表于 Post on 2022-6-15 12:27:53 | 只看该作者 Only view this author
zhidingding 发表于 2022-6-14 15:33
卢老师,请问做燃烧反应的AiMD,用ORCA和CP2K哪个合适呢?谢谢!

看具体什么反应、是否考虑周期边界条件

诸如你就研究一个氧气分子和一个反应物分子的碰撞,ORCA或Gaussian都是很好选择,用CP2K则效率很低

如果你研究一大批反应物分子和氧气分子的碰撞,就得考虑周期边界条件,用CP2K来跑,否则很多分子都会跑到无穷远
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发表于 Post on 2022-6-14 15:33:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-29 22:01
CP2K做
ORCA跟这毫无关联

卢老师,请问做燃烧反应的AiMD,用ORCA和CP2K哪个合适呢?谢谢!

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发表于 Post on 2021-6-30 16:09:10 | 只看该作者 Only view this author
黑色桃花 发表于 2021-6-30 07:56
好的老师,那现在您就学生的问题给出的建议也是用CP2K吧

对,CP2K应该是比较适合的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-30 14:56:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-30 14:41
orca不是不可以做,用团簇模型,周围的离子用embedding potential、点电荷描述并冻结,只跑团簇部分的动力 ...

好的老师,那现在您就学生的问题给出的建议也是用CP2K吧

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发表于 Post on 2021-6-30 14:41:30 | 只看该作者 Only view this author
orca不是不可以做,用团簇模型,周围的离子用embedding potential、点电荷描述并冻结,只跑团簇部分的动力学,是可以做的。但是确实不方便也不准确。一般只有算一些其他很多软件不支持的光谱,比如EPR、XAS、Mossbauer谱,才会用orca算晶体
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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