一个难收敛体系给大家收敛着玩儿

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-7-1 18:24:18

本帖最后由 hdhxx123 于 2021-7-1 18:26 编辑

Eu3+离子，电荷为+3，自选多重度设为5，在eps=77.1639 epsinf=2.821的溶剂环境下（1mol/L HNO3溶液环境）下，计算级别为pbe0+SDD。难点在于波函数稳定时（stable=opt）l508的收敛，如何收敛到稳定波函数供大家各显神通了。（注：可以实现收敛）

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-7-5 15:06:23

上面那个解决了，又来一个神奇不收敛。。。

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-7-4 09:53:44

hebrewsnabla 发表于 2021-7-1 21:28
哦我记错了，应该是这样的格式，写在gjf末尾

N是额外cavity数目，也就是配体原子数目。下面需要逐行 ...

老师，这个现在是正经问题了

加了这个溶剂腔之后收敛性明显下降了。。。现在真收敛不了了，gjf和out文件在附件中

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-7-1 22:04:47

hebrewsnabla 发表于 2021-7-1 21:28
哦我记错了，应该是这样的格式，写在gjf末尾

N是额外cavity数目，也就是配体原子数目。下面需要逐行 ...

补充一下：
1.ExtraSph=N与下面的X Y Z radius间空一行
2.radius采用uff半径

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2021-7-1 21:28:38

hdhxx123 发表于 2021-7-1 21:24
老师，具体的参数是只要修改一个cavity=……即可吗

哦我记错了，应该是这样的格式，写在gjf末尾

ExtraSph=N
X Y Z radius

复制代码

N是额外cavity数目，也就是配体原子数目。下面需要逐行写上所有额外cavity的坐标（X Y Z）和半径。
另外scrf里面需要增加一个read

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-7-1 21:24:07

本帖最后由 hdhxx123 于 2021-7-1 21:27 编辑

hebrewsnabla 发表于 2021-7-1 21:22
如果你的配合物是在隐式溶剂下算的，那这个离子应该在配合物的溶剂腔下面来算，具体地说需要使用高斯的sc ...

老师，具体的参数是只要修改一个addsphere=……即可吗？这个值如何得到呢？

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-7-1 21:23:20

上面那个是大题，再来一个小题，这个很简单哦

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2021-7-1 21:22:39

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2021-7-1 21:23 编辑

hdhxx123 发表于 2021-7-1 19:15
因为大的体系也是在相同溶剂条件下计算的，所以这里用的这个方法想得到电子密度影响之差。当然，确实是有 ...

如果你的配合物是在隐式溶剂下算的，那这个离子应该在配合物的溶剂腔下面来算，具体地说需要使用高斯的scrf(read) ，末尾写addsphere来修改cavity

你如果直接scrf，那就是在一个更小的溶剂腔里面算的，这样不合适

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-7-1 19:51:11

本帖最后由 hdhxx123 于 2021-7-1 19:52 编辑

wzkchem5 发表于 2021-7-1 19:46
我的意思是可能需要所有物种都在真空下算，包括原体系，然后作差

这样是最符合这个方法原理的，但是对手头这个需要显式+隐式考虑溶剂的体系来说这样处理其不够合适。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-1 19:46:59

hdhxx123 发表于 2021-7-1 12:19
另外，这里也有一个问题：是变形密度差的自由状态下的原子密度计算是不是跟原体系级别一致原理上更优的问 ...

我的意思是可能需要所有物种都在真空下算，包括原体系，然后作差

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-7-1 19:19:16

wzkchem5 发表于 2021-7-1 19:11
这种情况应该在气相里算吧，如果在溶剂里算，你算出来的是配体对电子密度的影响与溶剂对电子密度的影响之 ...

另外，这里也有一个问题：是变形密度差的自由状态下的原子密度计算是不是跟原体系级别一致原理上更优的问题。

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-7-1 19:15:47

本帖最后由 hdhxx123 于 2021-7-1 19:17 编辑

wzkchem5 发表于 2021-7-1 19:11
这种情况应该在气相里算吧，如果在溶剂里算，你算出来的是配体对电子密度的影响与溶剂对电子密度的影响之 ...

因为大的体系也是在相同溶剂条件下计算的，所以这里用的这个方法想得到电子密度影响之差。当然，确实是有老师您说的溶剂本身对电子密度弛豫等情况的影响，这样是尽量去减小电子密度作差体系的不同。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-1 19:11:57

hdhxx123 发表于 2021-7-1 12:07
是用作“使用 Multiwfn 作电子密度差图
http://sobereva.com/113”文中的变形密度差的自由状态下离子密 ...

这种情况应该在气相里算吧，如果在溶剂里算，你算出来的是配体对电子密度的影响与溶剂对电子密度的影响之差，而不是单纯的配体对电子密度的影响。
不过这方面还是得sob老师回答比较好

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-7-1 19:07:32

本帖最后由 hdhxx123 于 2021-7-1 19:09 编辑

wzkchem5 发表于 2021-7-1 19:05
这种体系Eu的第一配位层肯定要用显式溶剂的。隐式溶剂下即便收敛了，结果也没有用

是用作“使用 Multiwfn 作电子密度差图
http://sobereva.com/113”文中的变形密度差的自由状态下离子密度即atomwfn里Eu.wfn

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-1 19:05:23

这种体系Eu的第一配位层肯定要用显式溶剂的。隐式溶剂下即便收敛了，结果也没有用

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[综合交流] 一个难收敛体系给大家收敛着玩儿

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