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[GROMACS] 求助 x2top生成SiO2基底拓扑文件的问题

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1 请问 用x2top生成拓扑文件时  用不用 -nopbc 呢?  (下面有我的SiO2基底图)

2 请问生成的拓扑文件中 bond pairs等这些funct 的值可以自己修改吗(就是把1改成2 这样的)(后面的参数不改变的情况下)?
谢谢大家

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发表于 Post on 2022-2-1 00:32:53 | 只看该作者 Only view this author
shizhao 发表于 2022-1-23 20:24
请问你使用的是什么力场处理SiO2的,gromos力场可以生成top吗

SiO2这种常见体系搜相关的模拟文献,能找到很多,里面都会提到参数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2022-1-31 12:10:34 | 只看该作者 Only view this author
shizhao 发表于 2022-1-23 20:24
请问你使用的是什么力场处理SiO2的,gromos力场可以生成top吗

gromos力场不能用于模拟二氧化硅的,可以用INTERFACEFF,如果用MS的话可以选COMPASS
God's in his heaven,all is right with the world

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发表于 Post on 2022-1-23 20:24:42 | 只看该作者 Only view this author
请问你使用的是什么力场处理SiO2的,gromos力场可以生成top吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-3 14:06:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-3 03:01
有真空区的体系绝对不要用DispCorr

当前体系不要用Z方向控压,真空区都给你压没了

好的谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-3 14:05:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-3 03:00
1 你的体系是周期性的,当然不能写-nopbc

2 想改自己改就完了。但是不可能参数不变,你先看手册搞清楚fu ...

好的  谢谢老师

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发表于 Post on 2021-7-3 03:01:24 | 只看该作者 Only view this author
ONTHEWAY 发表于 2021-7-2 09:18
然后 跑模拟 体系就会崩溃 下面有我的mdp文件

有真空区的体系绝对不要用DispCorr

当前体系不要用Z方向控压,真空区都给你压没了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-7-3 03:00:06 | 只看该作者 Only view this author
1 你的体系是周期性的,当然不能写-nopbc

2 想改自己改就完了。但是不可能参数不变,你先看手册搞清楚funct=1和funct=2各对应于什么函数形式的成键项、单位是什么。这两种函数形式差很大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-2 09:18:33 | 只看该作者 Only view this author
然后 跑模拟 体系就会崩溃 下面有我的mdp文件

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