Forcefit相关问题

sun666 · 发表于 Post on 2021-7-2 23:06:03

社长发布的Forcefit(http://www.keinsci.com/research/forcefit/),感觉跟amber的MCPB.py类似，不如搞一个可以加一个生成全部参数的功能，如果需要计算整个分子的力场要一项一项输入。

车仔55 · 发表于 Post on 2021-12-3 15:47:58

ggdh 发表于 2021-12-3 14:22
forcefit 用seminario方法得到的二面角力常数巨大（大概是扫描法的100倍）。建议用扫描法

对的，发现了这个问题，已经着手用扫描法。

ggdh · 发表于 Post on 2021-12-3 14:22:08

车仔55 发表于 2021-12-2 21:52
老师好，我想请问如果用forcefit得到了二面角的力常数，怎么转化成opls力场中二面角的六个参数

forcefit 用seminario方法得到的二面角力常数巨大（大概是扫描法的100倍）。建议用扫描法

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-3 05:25:06

车仔55 发表于 2021-12-2 21:52
老师好，我想请问如果用forcefit得到了二面角的力常数，怎么转化成opls力场中二面角的六个参数

forcefit只是拟合成谐振势，拟合成周期势需要其它做法拟合，比如有现成程序：J. Chem. Inf. Model. 2020, 60, 5923−5927

车仔55 · 发表于 Post on 2021-12-2 21:52:50

老师好，我想请问如果用forcefit得到了二面角的力常数，怎么转化成opls力场中二面角的六个参数

sun666 · 发表于 Post on 2021-7-4 22:36:36

sobereva 发表于 2021-7-4 02:25
最近忙死了
其实两天内就能写出来，但是两天时间真是很难抽出来

论坛遇到这个问题的人还是挺多的，期待社长把这个安排上日程

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-4 02:25:47

sun666 发表于 2021-7-3 18:27
期待，好功能。感觉用处很大，解决了对没量化基础的人的难题。社长准备什么时候发布

最近忙死了
其实两天内就能写出来，但是两天时间真是很难抽出来

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-7-3 20:47:33

可以艾特一下卖萌君

sun666 · 发表于 Post on 2021-7-3 18:27:40

sobereva 发表于 2021-7-3 02:44
Forcefit代码不是我写的，我也不用Python

之前就有计划以后用Fortran写一个，到时候直接输出所有键长键 ...

期待，好功能。感觉用处很大，解决了对没量化基础的人的难题。社长准备什么时候发布

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-3 02:44:48

Forcefit代码不是我写的，我也不用Python

之前就有计划以后用Fortran写一个，到时候直接输出所有键长键角二面角的力常数，并且按照GROMACS的拓扑文件的格式给出

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[综合交流] Forcefit相关问题