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[新手求助] 求助包含Ni和Fe的金属配合物泛函选择

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在使用PBE0-GD3BJ/def2-SVP计算Ni/Fe双金属配合物中,发现5、7、9、11重态能量很相近(1 kcal以内),Ni-Fe键长在3埃左右。这是否说明此体系多参考态性质显著,选择TPSS或MN15-L等纯泛函更为合适?谢谢!

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发表于 Post on 2021-7-20 16:36:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-7-20 16:39 编辑
seenbefore 发表于 2021-7-20 16:26
谢谢几位老师。对比在def2-SVP和def2-SVP结合SDD的优化结果,发现自旋密度的分布、金属的价态等发生了显著 ...

赝势和全电子基组算出来波函数信息差异大很正常,这个本来也没什么标准答案,不是实验可测的。而且def2SVP基组也有点小了,好歹算个def2TZVP级别的单点。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-20 16:26:06 | 只看该作者 Only view this author
谢谢几位老师。对比在def2-SVP和def2-SVP结合SDD的优化结果,发现自旋密度的分布、金属的价态等发生了显著的变化,结构也有可观的改变,这种情况下应该采信什么?

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发表于 Post on 2021-7-13 14:06:58 | 只看该作者 Only view this author
seenbefore 发表于 2021-7-12 14:37
谢谢sob老师,由于def2系列对第四周期也是全电子,我在计算def2-TZVP单点的时候是否也要结合SDD赝势?会 ...

当然不需要
放心直接用def2-TZVP就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-7-12 14:50:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-7-12 14:52 编辑
seenbefore 发表于 2021-7-12 14:37
谢谢sob老师,由于def2系列对第四周期也是全电子,我在计算def2-TZVP单点的时候是否也要结合SDD赝势?会 ...

以下两种计算都是合理的:
(1)全用def2TZVP;
(2)3d金属用SDD,非金属用def2TZVP。
双核过渡金属在一个自旋多重度下一般有多个SCF解,甚至有多个SCF稳定解,直接盲目比较两种计算结果是危险的,至少要找到一个自旋多重度下所有可能的SCF稳定解之后 再行比较。解不稳定、解不同都会影响结构优化(当然,SCF解不稳定就开始结构优化 是十分不推荐的)。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-12 14:37:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-8 12:36
建议过渡金属优化时候用SDD或lanl2TZ(f)
TPSS-D3(BJ)优化没什么问题,用TPSSh-D3(BJ)大概率更好
单点能 ...

谢谢sob老师,由于def2系列对第四周期也是全电子,我在计算def2-TZVP单点的时候是否也要结合SDD赝势?会不会显得很奇怪?
目前发现单用def2-TZVP的结果,与给Fe和Ni上SDD,其他原子是def2-ZTVP的结果,有不小的差别,应该采信哪一个?

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发表于 Post on 2021-7-8 12:36:23 | 只看该作者 Only view this author
seenbefore 发表于 2021-7-7 10:47
sob老师,结构示意图在10楼,您对该体系优化和单点使用的泛函有什么建议?可以用TPSS-GD3BJ/def2-SV(P)优 ...

建议过渡金属优化时候用SDD或lanl2TZ(f)
TPSS-D3(BJ)优化没什么问题,用TPSSh-D3(BJ)大概率更好
单点能用什么级别看实际体系总大小。依然用TPSSh-D3(BJ)也可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-7 15:09:44 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-7 14:51
两个金属的形式价态分别是多少?

因为是一系列氧化过程,所以价态有变化,Ni在+2到+3,Fe在+3到+5

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发表于 Post on 2021-7-7 14:51:31 | 只看该作者 Only view this author
seenbefore 发表于 2021-7-5 02:28
谢谢各位,核心结构是这样的,两个金属分别为五配位和六配位,体系原子数大约为90,在氧化中确实会发生酚氧 ...

两个金属的形式价态分别是多少?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-7 10:47:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-4 14:14
尽量把结构贴出来,要不然没法确切回答

sob老师,结构示意图在10楼,您对该体系优化和单点使用的泛函有什么建议?可以用TPSS-GD3BJ/def2-SV(P)优化,TPSS-GD3BJ/def2-TZVP算单点吗?或者用双杂化算单点?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-5 09:28:39 | 只看该作者 Only view this author
谢谢各位,核心结构是这样的,两个金属分别为五配位和六配位,体系原子数大约为90,在氧化中确实会发生酚氧的氧化。在这些信息的基础上,各位还有什么建议?

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发表于 Post on 2021-7-4 20:58:15 | 只看该作者 Only view this author
renzhogn424 发表于 2021-7-4 13:10
学习一下,这个太高端了。
就是说这里DFT已经不能很好地描述了?只能优化一下结构,CASPT2才能可靠描述 ...

对,大概率是这样的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-7-4 20:10:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-4 18:39
这个分子大吗?如果比较小的话,可以用CASPT2优化结构。如果CASPT2优化结构跑不动,那可以用DFT优化,再 ...

学习一下,这个太高端了。
就是说这里DFT已经不能很好地描述了?只能优化一下结构,CASPT2才能可靠描述?

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发表于 Post on 2021-7-4 18:39:29 | 只看该作者 Only view this author
renzhogn424 发表于 2021-7-4 10:19
这种情况应该怎么办?

这个分子大吗?如果比较小的话,可以用CASPT2优化结构。如果CASPT2优化结构跑不动,那可以用DFT优化,再用CASPT2或NEVPT2算单点(建议用NEVPT2,比较稳定),不过建议用这个NEVPT2结果作为benchmark,验证一下你选的泛函是不是合理。如果有自由基离域到配体上了,那么纯泛函未必更合适,因为还要考虑到self-interaction error的影响。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-7-4 17:19:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-4 14:53
你这个是几价的Ni和Fe?11重态应该不是所有自旋都在金属上吧,不然意味着Ni是d5,也就是五价Ni,可能太高了 ...

这种情况应该怎么办?

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