求助，有关膜蛋白的胞外结构分子对接后的分子动力学模拟

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-21 23:51:20

本帖最后由 5撇到3撇于 2021-7-22 00:08 编辑

老师好，我们选择了一个蛋白，蛋白本身是一个跨膜蛋白，但是网上查询有关这个蛋白的跨膜域的结构信息比较少，更多的是蛋白的胞外结构。现将某一药物小分子与他的胞外区进行分子对接，然后打算再进行分子动力学模拟，查到说药物作用多在胞外。所以想请教一下，是否可以直接将对接结果按照常规进行动力学模拟（水溶液中的蛋白-配体），还是要再添加双层膜体系进行模拟呢？谢谢老师！

yefan1996 · 发表于 Post on 2021-10-10 15:13:19

我和你遇到差不多的问题，我们解了一个结构，小分子位置看见，看不清，我也是作了个对接然后做MD，纯结构实验室没人会，可以交流吗，我现在怎么把蛋白插到膜里都搞了好久搞不定

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-26 19:42:26

rpestana94 发表于 2021-7-26 07:05
There is a solution for this, you can search your protein in the alphafold database, maybe your pr ...

Thank you so much!! I will try it .

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-26 19:40:55

sobereva 发表于 2021-7-26 00:24
也可以考虑robetta里的RoseTTAFold，精度很接近Alphafold 2

好的老师，太谢谢啦！我这就看看。

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-7-26 07:05:51

5撇到3撇发表于 2021-7-25 10:22
谢谢，alphafold成本有点多，哈哈

There is a solution for this, you can search your protein in the alphafold database, maybe your protein has a structure genereated by alphafold, here is the link: https://alphafold.ebi.ac.uk/ or you can use some google colabs to run alphafold like this one: https://colab.research.google.co ... ld2_complexes.ipynb

RoseTTAFold requiere less resources or you can run it in robetta servers

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-26 00:24:40

5撇到3撇发表于 2021-7-25 23:22
谢谢，alphafold成本有点多，哈哈

也可以考虑robetta里的RoseTTAFold，精度很接近Alphafold 2

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-25 23:23:10

sobereva 发表于 2021-7-23 23:34
直接忽略掉跨膜区域

好的谢谢老师！

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-25 23:22:50

rpestana94 发表于 2021-7-23 22:30
You can use alphafold2 for the structure

谢谢，alphafold成本有点多，哈哈

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-23 23:34:06

5撇到3撇发表于 2021-7-23 10:03
抱歉老师我没有表达清楚，就是匹配不到合适模板的蛋白建模。

直接忽略掉跨膜区域

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-7-23 22:30:14

5撇到3撇发表于 2021-7-22 21:00
对哦，好主意

You can use alphafold2 for the structure

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-23 10:03:37

sobereva 发表于 2021-7-23 03:27
“从头合成建模”指代不明

抱歉老师我没有表达清楚，就是匹配不到合适模板的蛋白建模。

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-23 10:00:25

rpestana94 发表于 2021-7-22 21:43
why model just that region? why not model all the protein?

对哦，好主意

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-23 03:27:59

5撇到3撇发表于 2021-7-22 11:14
好的，谢谢老师，还想请教一下，如果需要加膜模拟的话，这个蛋白的跨膜区可以用从头合成建模然后再模拟嘛 ...

“从头合成建模”指代不明

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-7-22 21:43:47

5撇到3撇发表于 2021-7-21 22:14
好的，谢谢老师，还想请教一下，如果需要加膜模拟的话，这个蛋白的跨膜区可以用从头合成建模然后再模拟嘛 ...

why model just that region? why not model all the protein?

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-7-22 11:15:41

rpestana94 发表于 2021-7-22 03:42
I would rather do the simulation with the double membrane, to try to simulate more close to reality, ...

okay，thank you for your reply

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