gfn-2-xtb使用gbsa计算Gsolv时输出文件里的Gsolv代表什么？

肉食长春藤 · 发表于 Post on 2021-7-28 01:10:56

各位大神，如题目所示，我在用Alpb/gfn-2-xtb计算一系列活性多肽的Gsolv确定哪个最容易溶解，然后发现输出文件里有这样几行：:: -> Gsolv -0.011759733450 Eh :::: -> Gborn -0.004337109820 Eh :::: -> Gsasa 0.000220003644 Eh :::: -> Ghb -0.009500070401 Eh :::: -> Gshift 0.001857443127 Eh ::但是我看文献里，导师教我的做法都是用alpb溶剂模型先算出来带溶剂模型的单点能G1，然后再不用溶剂模型，在相同计算条件算G2，最后Gsolv=G1-G2，很好奇这两者有什么不同呢？以及最关键的是我可以直接用xtb输出的Gsolv作为结果，而不用算两遍再相减吗？谢谢大家！

肉食长春藤 · 发表于 Post on 2021-7-29 02:52:21

谢谢老师指点！

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-7-28 11:05:21

肉食长春藤发表于 2021-7-28 03:09
谢谢两位老师，我明白了！PS：因为导师是Qchem开发人员所以不能用Gaussian，我用gfn-xtb是想先看看能不能跟 ...

GFN-xTB里的GBSA可差太远了，阿Q里面SMD，SM12啥的靠谱多了，不过和瓜丝的在极性部分计算上好像还是不一样但基本上当差不差

肉食长春藤 · 发表于 Post on 2021-7-28 03:09:12

谢谢两位老师，我明白了！PS：因为导师是Qchem开发人员所以不能用Gaussian，我用gfn-xtb是想先看看能不能跟试验结果一致，之后得用Qchem算的。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-28 01:29:24

本帖最后由 wzkchem5 于 2021-7-27 18:30 编辑

溶剂模型对波函数会有影响，如果只用Gsolv，虽然也可以理解为溶液相减气相，但是此处气相的能量是用溶剂里的波函数计算得到的，所以不是严格的气相能量。所以严格的做法还是要在气相里面再算一次。
不过正如sob老师所说，建议用SMD算。再者需要注意，计算的溶解自由能是气态分子的溶解自由能，如果你要比较的是固体的溶解度，这样算出来的溶解自由能是不能直接用的

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-28 01:18:02

GFN2-xTB结合ALPB或GBSA只适合很粗略计算，拿来说明实际问题的溶解自由能应当用Gaussian或ORCA在SMD下算，或者用uESE算
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）
比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用
http://sobereva.com/593（http://bbs.keinsci.com/thread-22879-1-1.html）

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[xtb] gfn-2-xtb使用gbsa计算Gsolv时输出文件里的Gsolv代表什么？