Amber跑MD、做计算的电脑配置请指教

Kamala · 发表于 Post on 2021-8-6 22:23:24

本帖最后由 Kamala 于 2021-8-7 12:44 编辑

参考的SOB老师的意见，总结出以下配置，请问大家速度如何，预算三万够了吗
[经多方咨询 AMBER18的配置修改如下]
CPU：2* XEON E5-2678 v3（12核2.5G，散，无集显）
GPU：2*RTX2080
散热器：酷冷至尊T400i*2
主板：超微 X10DAL-i
硬盘：希捷ST4000NM000A银河企业级4TB SATA
内存：三星DDR4-2400 ECC 8*8GB
电源：振华1000W LEADEX G 1000
机箱：先马黑洞玻璃版

Kamala · 发表于 Post on 2021-8-7 10:01:37

abin 发表于 2021-8-7 09:33
简单说,
就是,
RTX3XXX cards require AMBER 20 and CUDA 11.0 as a minimum unfortunately. 这是官 ...

好的十分感谢！

abin · 发表于 Post on 2021-8-7 09:33:25

Kamala 发表于 2021-8-7 09:17
或者显卡低点 3070都适配了吧谢谢老师回复~

简单说,
就是,
RTX3XXX cards require AMBER 20 and CUDA 11.0 as a minimum unfortunately. 这是官方说明.

推论, Amber18无法使用RTX 3XXX显卡.

官方说明是:
In November, 2020, the following cards are supported by AMBER 20:

Hardware Version 8.0 (Ampere)
RTX-3060
RTX-3070
RTX-3080
RTX-3090
RTX-A6000
RTX-A5000
A100
Hardware Version 7.5 (Turing)
RTX-2080Ti
RTX-2080
RTX-2070
Quadro RTX6000/5000/4000

如果没有Amber20, 可以考虑使用RTX 2080Ti+Amber18来处理.
仅供参考.

Kamala · 发表于 Post on 2021-8-7 09:17:42

abin 发表于 2021-8-7 07:41
或许amber20.

老版本amber不支持新版cud’s。

或者显卡低点 3070都适配了吧谢谢老师回复~

abin · 发表于 Post on 2021-8-7 07:41:16

本帖最后由 abin 于 2021-8-7 09:28 编辑

Kamala 发表于 2021-8-7 00:11
所以 CPU是要换成SKX？安装amber18 可以吗

或许amber20.

老版本amber不支持新版cuda。
3080系列需要新版cuda。

如果这个信息不对，记得补充更新一下。
更新了错别字.

Kamala · 发表于 Post on 2021-8-7 00:11:55

rpestana94 发表于 2021-8-6 23:24
you can try with acellera, as I know and test is faster than amber, and you can use your amber fil ...

我去了解了解

Kamala · 发表于 Post on 2021-8-7 00:11:11

abin 发表于 2021-8-6 23:20
上次安装3080, 捣鼓了好久, 性能欠佳.
后来看到资料说,
v3 v4处理器, “带宽不足”, 发挥不了3080之类 ...

所以 CPU是要换成SKX？安装amber18 可以吗

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-8-6 23:24:00

Kamala 发表于 2021-8-6 09:42
都是为了求速度，因为要跑的东西不少。一个500内的残基的氨基酸，跑200ns，用了四张显卡跑了7天，害

you can try with acellera, as I know and test is faster than amber, and you can use your amber files to run acellera

abin · 发表于 Post on 2021-8-6 23:20:51

上次安装3080, 捣鼓了好久, 性能欠佳.
后来看到资料说,
v3 v4处理器, “带宽不足”, 发挥不了3080之类显卡的性能.

后来更换了skx处理器, 8260, 才发挥出应有的性能.

老版本的Amber, 无法在3080之类的卡片上工作, Amber20应该没有问题.

Kamala · 发表于 Post on 2021-8-6 22:42:00

sobereva 发表于 2021-8-6 22:30
你若要经常同时跑两个任务这样可以，如果通常只跑一个，两块GPU没意义（有闲钱可以用更好的3080Ti）

都是为了求速度，因为要跑的东西不少。一个500内的残基的氨基酸，跑200ns，用了四张显卡跑了7天，害

Kamala · 发表于 Post on 2021-8-6 22:34:42

散热够了吗 3080功率很高的样子

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-6 22:30:54

你若要经常同时跑两个任务这样可以，如果通常只跑一个，两块GPU没意义（有闲钱可以用更好的3080Ti）

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