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[辅助/分析程序] Connfab构象搜索0个

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新手小白,用Ooenbabel里的Confab进行构象搜索,每次都显示0个分子,试了好几种分子,包括一些柔性分子。

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发表于 Post on 2023-6-21 14:17:06 | 只看该作者 Only view this author
xuhj199508 发表于 2023-6-20 11:18
应该是confab使用的MMFF94力场没有包含你分子中的某些原子。

我尝试了有机物DMT(C5H12NO3PS2)与结构很像的OMT(C5H12NO4PS),其中OMT只是将DMT中的一个双键S替换为了双键O,就导致DMT无法计算,而OMT计算正常。所以原子种类似乎也不是原因所在

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发表于 Post on 2023-6-20 11:18:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xuhj199508 于 2023-6-20 15:50 编辑
Mr.zhen 发表于 2023-6-20 10:42
不知楼主的问题已经解决了没有,我也遇到了类似问题,我试了二十几种有机分子,大多数都能正常运算,只有两 ...

应该是confab使用的MMFF94力场没有包含你分子中的某些原子。

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发表于 Post on 2023-6-20 10:42:20 | 只看该作者 Only view this author
不知楼主的问题已经解决了没有,我也遇到了类似问题,我试了二十几种有机分子,大多数都能正常运算,只有两个显示Cannot set up forcefield for this molecule,但不知其原因,尝试将报错的分子的某个原子替换一下就又正常了

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发表于 Post on 2021-8-12 22:33:28 | 只看该作者 Only view this author
zhouwenhao 发表于 2021-8-12 14:23
**Molecule 1
..title = Actos.pdb
..number of rotatable bonds = 7

没有叫chemdra3D的程序。
和chem3D里是否做优化毫无直接联系
应当是安装问题。重装再试,并且最好换个目录
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-8-12 17:45:11 | 只看该作者 Only view this author
刚才测试了一下OpenBabel-3.1.1-x64 window版本confab是可以用的,可能是原来的命令自己用错了,另外 sob老师在博文中提到“Confab无法产生环的不同构象,产生的构象中环的结构和输入的结构相同。如果环的构象很关键的话,应当用前述的分子动力学的方式产生给molclus用的traj.xyz。”,天然有机分子基本都是多环体系,这样的话就不能用confab直接搜构象了,那用分子动力学能保证搜全多环体系的多数低能构象吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 17:06:21 | 只看该作者 Only view this author
xuhj199508 发表于 2021-8-12 16:20
我用Openbabel把你的结构转成3D后,再用Confab模块正常生成了包含7个构象的traj.xyz。
或许你可以试一下 ...

Openbabel里的Confab?我用这个它得到的traj.xyz文件是空的。然后用系统命令模式可以搜到591个构象。

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发表于 Post on 2021-8-12 16:20:40 | 只看该作者 Only view this author
zhouwenhao 发表于 2021-8-12 14:23
**Molecule 1
..title = Actos.pdb
..number of rotatable bonds = 7

我用Openbabel把你的结构转成3D后,再用Confab模块正常生成了包含7个构象的traj.xyz。
或许你可以试一下直接用Gaussview画出结构再进行构象搜索。

traj.xyz

5.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 14:23:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zhouwenhao 于 2021-8-12 14:32 编辑
sobereva 发表于 2021-8-12 01:59
别管提示什么,就看产生的结构文件对不对

**Molecule 1
..title = Actos.pdb
..number of rotatable bonds = 7
==============================
*** Open Babel Error  in OpenBabel::OBForceFieldMMFF94::ParseParamFile
  Cannot open parameter file
!!Cannot set up forcefield for this molecule
!!Skipping

这是啥意思?我设置力场了?我就用chemdra3D里的MMFF94优化一下结构
还有一个错误C:\Users\ASUS>obabel 123.mol2 -O traj.xyz --confab --verbose --conf 10000
==============================
*** Open Babel Error  in OpenBabel::OBConversion::OpenAndSetFormat
  Cannot open 123.mol2
0 molecules converted


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 11:07:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-12 02:00
那叫gjf

把这些都认真仔细看了,包括里面引的其它相关博文,仔细一个字一个字看过就不会再有任何相关 ...

好的,谢谢Sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 11:07:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-11 21:21
选能量最低的构象是一种近似,正规的方法是取最低的若干个构象分别计算,再做Boltzmann平均。仅当最低的 ...

学习了,谢谢大佬

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发表于 Post on 2021-8-12 02:00:54 | 只看该作者 Only view this author
zhouwenhao 发表于 2021-8-11 20:16
really?我就是想做个ECD和核磁计算辅助一下,想求一个高斯输入GIF文件的模板!

那叫gjf

把这些都认真仔细看了,包括里面引的其它相关博文,仔细一个字一个字看过就不会再有任何相关疑问
使用Multiwfn绘制NMR谱
http://sobereva.com/565http://bbs.keinsci.com/thread-19711-1-1.html
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383http://bbs.keinsci.com/thread-6186-1-1.html
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zhouwenhao 发表于 2021-8-11 20:03
molclus联合confab对Actos.pdb做了构象搜索,也搜出来了591个构象,但最后一行有显示 0 moleclues conver ...

别管提示什么,就看产生的结构文件对不对
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gzcnp_yp 发表于 2021-8-11 16:59
Ooenbabel使用构象搜索功能时,需要安装Eigen2 or Eigen3库,不然用不了conformers和confab功能。官方的win ...

是Openbabel
我就是直接用的官网上的windows版OpenBabel-3.0.0-x86.exe,没安装任何额外的库,使用正常。
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发表于 Post on 2021-8-11 21:21:07 | 只看该作者 Only view this author
zhouwenhao 发表于 2021-8-11 13:41
sob老师,我是新手,还想问一个问题。生成的traj.xyz要通过Molclus调用高斯进行优化,为什莫不把这个traj ...

选能量最低的构象是一种近似,正规的方法是取最低的若干个构象分别计算,再做Boltzmann平均。仅当最低的构象比第二低的构象低很多(比如至少低2kcal/mol),或预期最低的几个构象计算结果差别不大时(比如一个刚性色素连一个柔性烷基链,你要算这个体系的UV-Vis,烷基链虽然可以取很多构象,但是不管取什么构象算出来的UV-Vis都不会有什么差别,此时可以不对烷基链的构象做平均),才可以只取最低的那个构象
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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