求助：正常二面角在残基中的归类

1971806673 · 发表于 Post on 2021-8-19 18:40:51

本帖最后由 1971806673 于 2021-8-19 18:46 编辑

老师您好，我想问一下对于PVDF的rtp文件书写中，PVDF结构如下图所示，1-6的原子是中间部分[ETH]，7-13的原子是头基[ETHB]，14-20的原子是尾基[ETHE]，我想问一下1 11 7 8、1 11 7 9、 1 11 7 10我写入头基，18 17 14 4、19 17 14 4、20 17 14 4写入尾基，2 1 4 14、3 1 4 14、5 4 1 11、 6 4 1 11写入中间部分，这样是正确的吗？
还有就是对于2个原子在头基，2个原子在中间部分的二面角，例如：2 1 11 12、5 4 14 15，这类二面角应该写入那部分残基呢？还有11 1 4 14，这种一个原子在头基，2个原子在中间部分，1个原子在尾基，又写入那个残基呢？困扰好几天了，感谢老师能详细解答一下，谢谢老师了。

1971806673 · 发表于 Post on 2021-8-20 09:58:55

本帖最后由 1971806673 于 2021-8-20 10:00 编辑

谢谢老师的帮助，top文件可以生成了，但是还有一个小问题就是您给我说把11 1 4 14写入中间部分，然后我用一个三个单体的pvdf跑了一下生成top，但是C原子链多了一个相同的异面角，不知道是哪里出了问题。这个异面角对应的就是残基定义的11 1 4 14的位置

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-20 07:21:13

11 1 4 14显然写在中间部分，毕竟中间两个原子1 4都在中间部分
2 1 11 12写在头基也行写在中间也行

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