gmx solvate可以将水分子填充到盒子指定区域吗

UPC-Ning

Sob老师，各位老师好，我首先用packmol创建了一个立方体盒子，盒子的中心位置再空出一个小立方体空间，其余位置填充了其他分子，想使用spc水模型在小立方体空间内进行填充 gmx solvate 命令中 -box只能设置填充的大小 想请问
1.是否有指令可以将水填充到指定的盒子区域内，具体怎么操作呢？

2.如果不可以的话是否可以分别单独创建水盒子与溶剂盒子 再将两个盒子组装在一起呢？
谢谢各位老师的教导！

UPC-Ning

sobereva 发表于 2021-8-25 10:46
直接用packmol设置填充方式就完了
gmx solvate 没法指定填充区域，所有空白区域都会被填充。如果你希望靠g ...

谢谢sob老师

sobereva

直接用packmol设置填充方式就完了
gmx solvate 没法指定填充区域，所有空白区域都会被填充。如果你希望靠gmx solvate来填充得比packmol更致密，先用packmol把其它分子填充到恰当区域，再用gmx solvate填充水到空白区域

UPC-Ning

牧生 发表于 2021-8-25 07:03
http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

这个帖子一定可以帮你。

这个贴子和昨晚问您的那个贴子意思其实表达的一样 就是如何使用spc水模型 如何在top文件中进行更改

牧生

http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

这个帖子一定可以帮你。