请教利用CP2K输出的.bs文件绘制能带图

玉米猫 · 发表于 Post on 2021-8-27 22:43:17

最近在学习用CP2K计算材料的能带，看了官网的练习后，现在已经得到了输出的.bs文件，但卡在了绘制能带图这一步，按照练习的操作得到的都是直线。我去google的cp2k group里检索了一下，发现基本上都是这个流程：将.bs文件转换为.csv文件，然后用matlab/gnuplot/自己写的脚本绘制能带图，但不同版本的输出文件内容格式应该是不一样的（我的.bs文件内容格式跟官网练习给出的格式就很不同，我的cp2k是8.1版本的，官网的练习是17年的），不知道会不会导致官方提供的python脚本转换出的.csv文件出现问题。希望有经验的老师能够不吝赐教。

PS：希望Multiwfn将来能有利用.bs文件直接绘制能带图的功能！

于浩 · 发表于 Post on 2024-8-28 11:00:19

玉米猫发表于 2021-9-4 08:52
谢谢回复，我在谷歌论坛上查阅了他们的讨论。现在CP2K应该是只支持纯泛函计算band structure的，因为CP2K ...

我现在得到了一个高对称点路径的文件完全不知道如何标注他们写的我看不懂用的是官网的方法

于浩 · 发表于 Post on 2024-8-28 10:59:30

玉米猫发表于 2021-9-4 08:52
谢谢回复，我在谷歌论坛上查阅了他们的讨论。现在CP2K应该是只支持纯泛函计算band structure的，因为CP2K ...

我现在得到了一个高对称点路径的文件完全不知道如何标注他们写的我看不懂用的是官网的方法

logzzz · 发表于 Post on 2024-5-17 15:37:46

chenguang 发表于 2024-5-17 11:01
我也遇到了费米能级的问题，请问如何扣除费米能级

http://bbs.keinsci.com/thread-44474-1-1.html

chenguang · 发表于 Post on 2024-5-17 11:01:33

玉米猫发表于 2021-8-28 07:50
我又摸索了一下，现在已经用gnuplot做出了能带图，形状和练习里给的差不多，但纵坐标的值有差别，我查了查 ...

我也遇到了费米能级的问题，请问如何扣除费米能级

renj864878110 · 发表于 Post on 2024-1-25 16:38:03

丁越发表于 2021-9-3 17:10
官网给的这个WO3的例子是立方晶系的，我用origin画了一个四方晶系的WO3能带。大概流程是这样的：
1.把晶 ...

我用python cp2k-bs.py WO3.bs时，什么也没得到呢？没有产生出WO3.bs.set-1.csv.请问这是怎么回事？

renj864878110 · 发表于 Post on 2024-1-25 16:37:10

我用python cp2k-bs.py WO3.bs时，什么也没得到呢？没有产生出WO3.bs.set-1.csv.请问这是怎么回事？

Doria · 发表于 Post on 2022-9-29 17:31:35

taoyanxi 发表于 2022-6-29 16:27
请问一下，下载官方给的脚本后执行python cp2k_bs2csv.py WO3.bs命令.发现并未报错，但一直找不到输出的.cs ...

我最开始也是这样，你可以尝试pip install cp2k-output-tools后直接运行cp2k_bs2csv FileName.bs就可以了

taoyanxi · 发表于 Post on 2022-6-29 16:27:00

请问一下，下载官方给的脚本后执行python cp2k_bs2csv.py WO3.bs命令.发现并未报错，但一直找不到输出的.csv文件，这是哪里出现问题？

卡开发发 · 发表于 Post on 2022-3-3 08:55:25

madhatter 发表于 2022-3-3 00:27
所以现在cp2k下，超胞结构的能带还能算吗？在有ms的前提下。是不是还是用ms比较好

算肯定可以算，前后处理需要想一些办法。MS的话看模块，算能带的话通常要多个k点，且对固体的晶格参数还是比较敏感的，个别体系还需要DFT+U，这样看DMol3未必是好的选择，CASTEP能满足这些点，从Delta测试集的结果看CASTEP的赝势确实也要更可靠一些，ONETEP用的是超胞法，反折叠这些工作搞不好得自己写程序折腾，但具体我不大了解。用什么其实无所谓，既然有版权找顺手的，解决问题效率高的都没什么问题。

madhatter · 发表于 Post on 2022-3-3 00:27:03

所以现在cp2k下，超胞结构的能带还能算吗？在有ms的前提下。是不是还是用ms比较好

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-9-4 12:41:32

玉米猫发表于 2021-9-4 08:52
谢谢回复，我在谷歌论坛上查阅了他们的讨论。现在CP2K应该是只支持纯泛函计算band structure的，因为CP2K ...

MS的点可能是对的，但是path不太好。vasp对大体系是不快，但实在不行比如DFT-1/2或MBJ泛函可以试试，个别体系有奇效。

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-9-4 12:39:17

丁越发表于 2021-9-3 17:10
官网给的这个WO3的例子是立方晶系的，我用origin画了一个四方晶系的WO3能带。大概流程是这样的：
1.把晶 ...

0、按道理这些长度是按照倒空间的长度来定的，你计算一个长度肯定是通过Cartesian坐标去算，而这里给的是分数坐标，按道理要通过倒格矢G去换算，也就是kpoint_cart=dot(kpoint_frac,G)。
1、unfolding的部分我其实不是很熟悉算法，vaspkit我也不怎么用。其实可以提供文献来研究下或者你也可以根据vaspkit输入的需求自己写程序将cp2k的结果fake成vasp的输出。
2、应该犯不上用seekpath找，ase里面的dft.kpoints类其实很有用，不过我不怎么用cp2k，所以转换格式的话你可以自己研究下，有问题欢迎讨论。

玉米猫 · 发表于 Post on 2021-9-4 08:54:38

Aridea 发表于 2021-9-3 21:29
才看到，bs文件格式被开发者更新了，你直接pip install cp2k-output-tools 就行，里面有最新封包的bs2csv的 ...

谢谢回复，我就是按照你说的方法进行的，目前也都没问题了。现在发现CP2K计算band structure只支持纯泛函，所以打算尝试一下VASP。

玉米猫 · 发表于 Post on 2021-9-4 08:52:16

本帖最后由玉米猫于 2021-9-4 09:05 编辑

丁越发表于 2021-9-3 17:10
官网给的这个WO3的例子是立方晶系的，我用origin画了一个四方晶系的WO3能带。大概流程是这样的：
1.把晶 ...

谢谢回复，我在谷歌论坛上查阅了他们的讨论。现在CP2K应该是只支持纯泛函计算band structure的，因为CP2K目前杂化泛函/ADMM还都不支持K点。对于某些体系纯泛函PBE会显著低估band gap，而目前band structure计算常用的是精度更高的杂化泛函HSE06。CP2K还在快速发展阶段，也是最近的版本才支持K点计算，我认为现阶段band structure计算还是用VASP比较好，也期待CP2K的进一步发展。

对于你的问题，我认为可以用MS的CASTEP生成高对称点路径来计算（就是用MS来代替seekpath）

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