求助：在gromacs中如何实现用deform拉伸时，总体积基本不变？

wwj · 发表于 Post on 2021-8-30 10:53:09

我现在用deform命令使盒子在z方向伸长，速率为0.1 nm/ns；而x和y方向通过berendsen法控压，耦合时间常数为0.5 ps，可压缩系数为4.5e-5，设定压强为1 bar；但在拉伸过程中密度还是不断下降。所以在这里想问一下各位老师，是否有更好的办法解决这个问题？

gkg · 发表于 Post on 2022-4-12 21:26:12

@wwj 你好，可以看一下你的沿z轴方向拉伸的.mdp文件吗，初学还不知道如何实现这个模拟。

sidongqing · 发表于 Post on 2022-2-18 10:40:57

@wwj 您好，想请教一下，deform使盒子在z方向伸长，而x,y方向通过berendsen控压，我在手册上看到Deformation can be used together with semiisotropic or anisotropic pressure coupling when the appropriate compressibilities are set to zero.我想要用deform做剪切，设置了deform选项berendsen控压并semiisotropic而压缩系数不设为零（压缩系数设为零会出错），会出警告this might lead to spurious periodicity effects。请问这个您是怎么处理的？

ZZU_SCU · 发表于 Post on 2021-8-30 16:54:14

wwj 发表于 2021-8-30 15:08
lammps的话倒是可以，fix deform后面可以接volume关键词，可以保证体积不变

谢谢你！我去试一下

wwj · 发表于 Post on 2021-8-30 15:08:18

ZZU_SCU 发表于 2021-8-30 12:10
我在lammps中做deform拉伸，调整了拉伸速度和步长，使用NVT拉伸依旧出现拉伸横截面积基本不变，拉伸方向变 ...

lammps的话倒是可以，fix deform后面可以接volume关键词，可以保证体积不变

wwj · 发表于 Post on 2021-8-30 15:00:27

ZZU_SCU 发表于 2021-8-30 12:10
我在lammps中做deform拉伸，调整了拉伸速度和步长，使用NVT拉伸依旧出现拉伸横截面积基本不变，拉伸方向变 ...

好的，谢谢老师的回答

ZZU_SCU · 发表于 Post on 2021-8-30 12:10:32

我在lammps中做deform拉伸，调整了拉伸速度和步长，使用NVT拉伸依旧出现拉伸横截面积基本不变，拉伸方向变长，总体积变大。也尝试过升高温度拉伸，好像也不行额。我在考虑是不是方法本身就有问题？等待一个有缘人的解答

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-30 11:58:01

拉得尽量慢一些、压浴时间常数设小一些试试

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[GROMACS] 求助：在gromacs中如何实现用deform拉伸时，总体积基本不变？

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