求助GROMACS如何模拟真空沉积过程脚本

飒飒萨达

老师们好，最近刚开始研究OLED方面，想通过重复别人发表的文献做一遍来学习一下，当我看到真空沉积过程时（Vapor deposition process）十分迷惑对于该步骤”One host or emitter molecule was deposited every 100 ps within a 2 nm height from the top of the relaxed substrate or previously deposited molecules“ 对于这种每100ps 放一个的做法肯定要脚本来实现，然后我也尝试了包括找了很多篇做这个方向的文章，但都不会提供方法。。。尝试联系作者也无果，所以想问下有没有老师或者同学有这个现成的脚本啊，本人编程真的很烂，先谢谢各位了

mwx

让你变成回忆 发表于 2021-9-3 15:50
群里应该有人写过这个脚本，比如武汉大学钟成老师那肯定就写过，我见过他们发表在Sci. Adv上的文章，里面的 ...

请问钟成老师的ID是？

让你变成回忆

snljty 发表于 2021-9-3 19:57
看着标题觉得眼熟就点进来了

snljty

让你变成回忆 发表于 2021-9-3 16:38
钟成老师已经在论坛里发过很多自己写的code，所以你能联系上他估计能解决这个问题。

PS：你上面提到的 ...

看着标题觉得眼熟就点进来了

飒飒萨达

让你变成回忆 发表于 2021-9-3 16:38
钟成老师已经在论坛里发过很多自己写的code，所以你能联系上他估计能解决这个问题。

PS：你上面提到的 ...

我的天啊。。。感谢老师，您的这篇文章我已经仔仔细细研究了两个月了，对我真的帮助很大，希望能通过您的文章我自己做很多东西，我现在只能期待一下通讯作者同意，然后我尽量联系下钟老师。。感谢老师。。。震惊

让你变成回忆

飒飒萨达 发表于 2021-9-3 16:36
感谢感谢大佬又帮我解决问题，我申请加群去看看，然后我也搜一下这个老师的文章，谢谢拉

钟成老师已经在论坛里发过很多自己写的code，所以你能联系上他估计能解决这个问题。

PS：你上面提到的这篇文章应该是我的，但是里面的code不是我原创的，我做过一定修改。不然我也直接就在论坛力发帖共享了。不过如果是文章的通讯作者同意，我可以分享。

飒飒萨达

pepper 发表于 2021-9-3 16:28
薛定谔有专门的Deposition模块你可以试试

啊。。。能在具体说说嘛，小白太无知了

飒飒萨达

让你变成回忆 发表于 2021-9-3 15:50
群里应该有人写过这个脚本，比如武汉大学钟成老师那肯定就写过，我见过他们发表在Sci. Adv上的文章，里面的 ...

感谢感谢大佬又帮我解决问题，我申请加群去看看，然后我也搜一下这个老师的文章，谢谢拉

pepper

薛定谔有专门的Deposition模块你可以试试

让你变成回忆

群里应该有人写过这个脚本，比如武汉大学钟成老师那肯定就写过，我见过他们发表在Sci. Adv上的文章，里面的模拟部分就是钟老师做的。

飒飒萨达

sobereva 发表于 2021-9-3 12:58
建议你把此文看了，里面有很多脚本编写的入门知识
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http:/ ...

感谢老师的帮忙解答，我去学习一下

sobereva

建议你把此文看了，里面有很多脚本编写的入门知识
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

无非就是做循环。其中运行mdrun，改写得到的gro文件末尾加入新粒子的坐标（连同期望的初速度），重新调用grompp生成tpr，然后下一轮循环。基本上你把上文看明白了，再通过google补充其它琐碎知识，自然也就知道怎么做了。