求助：癸酸-水两相体系NPT模拟和成品模拟区别

xjtu_zk

想模拟不同温度条件下，癸酸-水两相体系的互溶特性。
看文献中对模拟步骤有这样的表述：

(5) An equilibrium run is performed in NPT ensemble for 5ns.
(6) A production run is then performed at 350 K in NPTensembles for at 500 ns.

既然这两步都是NPT系综模拟，那么mdp的文件里的定义是否是一样的？
若一样，那第(5)步的意义是什么？直接进行第(6)步是否可行？

有些疑惑，希望各位帮忙解答下。谢谢！

sobereva

5、6没必要特意分开，不要教条。直接跑一段长时间的MD，检验平衡状态，取平衡后的部分分析统计就完了。
刻意分成两步也不是不可以，但是(5)如果时间短了，体系还没平衡；如果时间太长，又会浪费一段本来能用与统计数据的模拟时间。
如果需要切换压浴，是必须得分成这么两步。但实际上Berendsen对于一般问题的模拟没什么问题，全都用Berendsen完全可以，PR压浴对产生相模拟也并没什么明显好处，但总有审稿人在这点上较真。

牧生

sun666 发表于 2021-9-29 08:52
如果我初始结构是混合状态，要看两相分离时间。此时还能先预平衡吗

能量最小化以后，如果直接使用Parrinello-Rahman不报错，就可以直接跑产生相，不需要预平衡。如果报错，只用Berendsen跑产生相也并非不可以。。

换言之，预平衡并不是必须的。虽然Berendsen不如P-R那么好，但也不差劲。

sun666

snljty 发表于 2021-9-28 20:26
平衡相模拟一般用于体系刚做过能量极小化还离平衡很远的时候，此时直接用Parrinello-Rahman压浴容易崩，可 ...

如果我初始结构是混合状态，要看两相分离时间。此时还能先预平衡吗

snljty

平衡相模拟一般用于体系刚做过能量极小化还离平衡很远的时候，此时直接用Parrinello-Rahman压浴容易崩，可以用不严格NPT系综的Berendsen压浴跑到体系已经平衡，再切换PR压浴跑产生相用来采样分析数据。

nianbin

没有区别，也没有说非要第五步。。