求助，关于自行添加小分子力场后报错问题

不知去向的小狼 · 发表于 Post on 2021-10-12 21:14:56

研究需要在gromacs里模拟对接核酸和小分子，所以在amber99sb-ildn.ff力场文件夹中添加了自己用acpype做的小分子力场.itp,并修改了residuetype.dat使得残基能被识别，原子数据也录入了aminoacids.rtp和ffnonbonded.itp，录入内容如附件

到这一步我觉得小分子力场文件已经很完备了，于是我将小分子和核酸的pdb使用pdb2gmx转化：gmx pdb2gmx -f 1.pdb -o processed.gro -water spce -missing

但是发生了诡异的报错：

Fatal error:
Atom OXT in residue GYM 1 was not found in rtp entry GYM with 38 atoms
while sorting atoms.

在我的pdb中并没有一个叫做OXT的原子，rtp中没有指令这样的原子，我也确认了行列间没有多余或缺少字符

不知去向的小狼 · 发表于 Post on 2021-10-14 08:53:26

问题最终解决了，在arn文件里补充将O提前转化为OS，就不会变为OXT了

不知去向的小狼 · 发表于 Post on 2021-10-13 18:33:16

sobereva 发表于 2021-10-13 02:07
看看.tdb文件，弄清楚OXT是不是对末端残基自动加的原子

诡异的是，tdb文件n端和c端的内容都是empty，按理来说不应该自动补残基？

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-13 02:07:42

看看.tdb文件，弄清楚OXT是不是对末端残基自动加的原子

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