Rosetta中的常见问题汇总（持续更新）

wendao · 发表于 Post on 2021-10-13 21:02:33

1. Rosetta无法正确读入PDB结构

当PDB文件occupy一列为0，Rosetta默认会忽略该氨基酸，可以通过在命令行添加

-ignore_zero_occupancy false

复制代码

参数强制程序读入，occupy列后面的一列B-factor对Rosetta使用可以认为没有影响。

当PDB中存在未定义残基，早期版本Rosetta可通过添加

-ignore_unrecognized_res

复制代码

参数忽略，新版本的Rosetta会根据其原子连接自动进行参数化，残基名添加“pdb_”（为了得到更准确的建模需要自行建立params）。

hanlan8702 · 发表于 Post on 2025-1-8 10:47:42

请问已经使用-ignore_zero_occupancy false，依旧还是报ERROR: Cannot compute center of mass of zero residues!这个错误。有什么方法解决吗？使用的是rosetta 371这个版本的程序，进行docking_prepack_protocol的时候出现这个错误。谢谢。

hanlan8702 · 发表于 Post on 2025-1-8 10:43:52

Lyueyang2020 发表于 2024-6-27 12:15
在使用【Cartesian_ddG】运行 cartesian_ddg.static.linuxgccrelease 时报错“ERROR: Scorefunction not se ...

使用带cart的权重，如ref2015_cart，-score:weights ref2015_cart

Lyueyang2020 · 发表于 Post on 2024-6-27 12:15:56

在使用【Cartesian_ddG】运行 cartesian_ddg.static.linuxgccrelease 时报错“ERROR: Scorefunction not set up for nonideal/Cartesian scoring”，命令行为“cartesian_ddg.static.linuxgccrelease -s ../lowest_energy.pdb -ddg:mut_file ../test1.mutfile -interface_ddg 1 -extra_res_fa ../LIG.params -score:extra_improper_file ../LIG.tors -optimization:default_max_cycles 20”。请求指教！！感谢

TMULYU · 发表于 Post on 2024-3-21 15:23:39

Error: (0) [ ERROR ] ERROR: Exception caught by JobDistributor while trying to get pose from job 'A_crystal_0001'
Error: (0) [ ERROR ] Treating failure as bad input; canceling similar jobs

[ ERROR ]: Caught exception:

你好，在relax的时候出现再个错误是因为什么

shiyunfan · 发表于 Post on 2023-7-14 15:58:16

wendao 发表于 2023-7-10 13:23
报错很清楚就是打不开那个文件，我没看懂你到底是有那个文件还是没有，有的话需要检查路径或者权限哪里错 ...

谢谢，是我搞错了路径

wendao · 发表于 Post on 2023-7-10 13:23:43

shiyunfan 发表于 2023-7-6 18:09
您好，在用Rosetta的fragment_picker模块时遇到了如下图所示的问题

输入数据库文件为$Rosetta/tools/fra ...

报错很清楚就是打不开那个文件，我没看懂你到底是有那个文件还是没有，有的话需要检查路径或者权限哪里错了
另外fragments不需要自己生成，这里有在线的服务
http://old.robetta.org/fragmentsubmit.jsp

shiyunfan · 发表于 Post on 2023-7-6 18:09:06

您好，在用Rosetta的fragment_picker模块时遇到了如下图所示的问题

4a408ea9f472551c3ce7b6e248c7e44.zip (4.08 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)
输入数据库文件为$Rosetta/tools/fragment_tools/vall.jul19.2011.gz
请问您知道如何解决嘛

hanlan8702 · 发表于 Post on 2023-6-8 11:35:22

mengskl 发表于 2022-3-8 13:07
你好
我在设备上已经编译好了openmpi，在编译mpi版rosetta后，已经有了对应的XXX.mpi.linuxgccrelease文件 ...

请教一下，这个问题您解决了吗？我也遇到了同样的问题。

wendao · 发表于 Post on 2023-1-31 18:18:09

Norreland 发表于 2023-1-23 22:00
你好，最近在用Rosetta做蛋白-蛋白对接，每一次都是运行了几秒报错：
Cannot compute center of mass of z ...

可能是链的occ列是0，参考一楼的操作

wendao · 发表于 Post on 2023-1-31 18:17:06

冷血发表于 2022-7-19 13:58
请问，这个问题咋解决呀？重新安装也无效。

需要准备一个比较干净的环境，没有各个版本的c++，openmpi
其实有多个版本也不要紧，但你要搞清楚每一步调用的是哪个，这些都有环境变量控制或者参考
https://new.rosettacommons.org/d ... Build-Documentation
重装而不做任何改变无效很正常

Norreland · 发表于 Post on 2023-1-23 22:00:52

你好，最近在用Rosetta做蛋白-蛋白对接，每一次都是运行了几秒报错：
Cannot compute center of mass of zero residues
怀疑可能是我有一个蛋白是多链造成，就把无关的一些链全删了，但依旧会如此报错，想问问原因和解决方式，谢谢！

冷血 · 发表于 Post on 2022-7-19 13:58:43

wendao 发表于 2022-3-11 11:38
这种情况一般是编译环境和运行环境不一致导致的

请问，这个问题咋解决呀？重新安装也无效。

wendao · 发表于 Post on 2022-3-11 11:38:31

mengskl 发表于 2022-3-8 13:07
你好
我在设备上已经编译好了openmpi，在编译mpi版rosetta后，已经有了对应的XXX.mpi.linuxgccrelease文件 ...

这种情况一般是编译环境和运行环境不一致导致的

mengskl · 发表于 Post on 2022-3-8 13:07:23

你好
我在设备上已经编译好了openmpi，在编译mpi版rosetta后，已经有了对应的XXX.mpi.linuxgccrelease文件了，但是用mpirun来进行并行或者单独运行XXX.mpi.linuxgccrelease时，会提示
antibody.mpi.linuxgccrelease: symbol lookup error: /software/rosetta_bin_linux_2021.16.61629_bundle/main/source/build/src/release/linux/4.14/64/x86/gcc/4.8/mpi/libcore.2.so: undefined symbol: _ZN9CifString12UnknownValueE
请问这该如何处理呢

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[蛋白质建模] Rosetta中的常见问题汇总（持续更新）

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