对于层状化合物，可以分层做ELF分析吗？

风飞

老师：您好！请问对于层状化合物，我们可以分层做ELF分析吗？例如：对于附件中的这种化合物，我们可以像截取一层的坐标，用截取的坐标，然后分别做ELF图，请问这样可以吗？

sobereva

my_aman 发表于 2018-5-9 18:48
请问Sob老师：
帖子上说ClF3分子再YZ平面，但是我从坐标看是XZ平面呢？

Gaussian默认会调整体系到标准朝向，Multiwfn里进主功能0一看便知

my_aman

sobereva 发表于 2016-1-21 12:19
1 对
2 对
3 应该选4，这才是用三个原子来定义。平面已经唯一地定义了，自然不需要再输入其它的了。

请问Sob老师：
帖子上说ClF3分子再YZ平面，但是我从坐标看是XZ平面呢？

风飞

sobereva 发表于 2016-1-27 19:07
1 Sb-Sb有强共价键没错。孤对电子你最好作等值面图来考察（虽然从ELF的第三张图上也能看出，往外鼓出一块 ...

谢谢老师！

sobereva

风飞 发表于 2016-1-26 19:19
老师：您好！这是我所作出的ELF和LOL图，我得出的结论如下可以麻烦您看看对吗？谢谢
结论1:3个Sb原子之 ...

1 Sb-Sb有强共价键没错。孤对电子你最好作等值面图来考察（虽然从ELF的第三张图上也能看出，往外鼓出一块）

2 没法简单说Au-Au共价键弱。因为Au的半径很大，原子半径很大的时候成键区域的体积也大，在图上就会把定域性特征给“摊开”，显得ELF/LOL数值不大。若通过键级或者变形密度图来考察，还是会发现共享电子是挺多的。

3 并没法说Au-Sb是离子键。从LOL图上看，Au-Sb之间还是有电子高定域性区域的，所以有明显的共价特征

风飞

sobereva 发表于 2016-1-26 17:13
1 是的。没有大概的数值范围，凭化学直觉结合图像判断。电荷转移键不像共价键那样在中间有显著的电子共 ...

老师：您好！这是我所作出的ELF和LOL图，我得出的结论如下可以麻烦您看看对吗？谢谢
结论1:3个Sb原子之间存在强的共价键，且每个原子上都有一对孤对电子，是2中心键，
结论2:3个Au之间的共价键很弱，
结论3：Sb和Au有离子键的作用，
对于更具图片对于上述三个结论您的看法是？或者您的觉得从这个图中您看出什么呢？谢谢！

sobereva

风飞 发表于 2016-1-26 16:22
老师:您好！看了您的关于电子定域图形分析的帖子，有如下疑问：图片LOL分析：
您说：两个F-F之间高定域 ...

1 是的。没有大概的数值范围，凭化学直觉结合图像判断。电荷转移键不像共价键那样在中间有显著的电子共享，所以F-F之间的ELF数值比一般共价键低得多。

2 三个Li之间有红色区域，ELF数值高，电子在那里定域性强，这是典型多中心键特征。此文也有讨论
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138

风飞

sobereva 发表于 2016-1-22 05:02
我并没有说过的单独的ELF图没意义

填色图做完之后后处理菜单选2 Enable showing contour lines就会把等 ...

老师:您好！看了您的关于电子定域图形分析的帖子，有如下疑问：图片LOL分析：
您说：两个F-F之间高定域性比C-F的要弱是因为F-F图中红色圆圈中所对应的值比CH3F 的值要小，是吗?由已知的知识，知道F-F之间的成键是电荷转移，请问老师：不同的键大概所对应的值是多少呢？请问有一定的标准吗？
图片2中：
您说哦从图中可以看出Li成三中心键，请问这个是怎么看的呢？
  谢谢！

风飞

sobereva 发表于 2016-1-22 05:02
我并没有说过的单独的ELF图没意义

填色图做完之后后处理菜单选2 Enable showing contour lines就会把等 ...

谢谢老师····

sobereva

我并没有说过的单独的ELF图没意义

填色图做完之后后处理菜单选2 Enable showing contour lines就会把等值线也显示在上面

至于线条太密，是默认的等值线设定的事，你在后处理菜单选3 Change contour line setting可以进入调节等值线设定的界面。

风飞

sobereva 发表于 2016-1-21 12:19
1 对
2 对
3 应该选4，这才是用三个原子来定义。平面已经唯一地定义了，自然不需要再输入其它的了。

老师：您好！您在群里说，单独的ELF图是没有意义的，必须配上等值面图，才有意义，我现在把填色图做出来了，请问怎样把等值面图给加上去了，是用PS吗?
我做等值面图的步骤如图所示，请问这个线条太密，然后怎样把它和填色图结合呢？谢谢！

sobereva

风飞 发表于 2016-1-21 12:33
老师：您好！首先很感谢老师的耐心详细解答，可是还有如下不明之处：1）在您说的Z值得设定那块，例如上面 ...

1 是
2 这个Z是指色彩刻度，和你定义作图平面的那个Z没关系。
3 多中心键级没法考察反芳香性，反芳香性和非芳香性体系的多中心键级都是接近0的。

风飞

sobereva 发表于 2016-1-21 12:19
1 对
2 对
3 应该选4，这才是用三个原子来定义。平面已经唯一地定义了，自然不需要再输入其它的了。

老师：您好！首先很感谢老师的耐心详细解答，可是还有如下不明之处：1）在您说的Z值得设定那块，例如上面的问题1，我说是否是垂直距离那，z的设定就是垂直距离。在高斯中的距离的单位是埃，您的例子举了一个”-1.6a"这个“-”表示的是xy下方1.6a处，而“1.6a”表示的是xy平面上方"1.6a"处是吗？所以这个正负号分别表示的是Z轴正半轴和负半轴，是吗？
2）假如设置的Z为  2.86a, 然后会成功的输出一张默认色彩刻度的ELF（LOL）图，我退出图片模式后，输入1，重新定义色彩刻度，这时出现了如下选项”input lower & upper limit of  Z<e.g. -0.3,0.3),老师请问这是重新定义Z吗？难道表示的是通过控制Z的值来调节色彩的刻度吗？可以如果这样，感觉不对，因为z值变了，反映的平面不也就变了吗？
3）对于您说的芳香性那，您说可以用多中心键来考察，您帖子你说，多中心键只能考察芳香性，不能考察反芳香性，因此不能区别反芳香性和弱芳香性，我曾经试过，发现值有些小，请问这个值得大小是否有一定的标准，例如：小于多少可以视为弱芳香性，大于多少可以视为强芳香性呢？

sobereva

风飞 发表于 2016-1-21 11:14
老师：您好！对于如图片所示的化合物，他在高斯中的朝向和坐标轴（原点在Pd环的中间位置,图片稍微有些抽 ...

1 对
2 对
3 应该选4，这才是用三个原子来定义。平面已经唯一地定义了，自然不需要再输入其它的了。


1 可以
2 影响不到那里，只能说影响金属和苯环之间的区域的NICS等特征。就用多中心键级考察就行。可以比较
3 看以什么状态为参照，都可以。

风飞

sobereva 发表于 2016-1-21 05:27
你想考察哪个平面X/Y/Z就设多少。
比如苯体系，分子恰在Z=0的XY平面上，你想考察分子平面上的函数图形 ...

老师：您好！对于如图片所示的化合物，他在高斯中的朝向和坐标轴（原点在Pd环的中间位置,图片稍微有些抽象，抱歉）的位置如图所示，这样的话1）如果要考察最上面的苯环的ELF（LOL),选择的平面应该是xy,  z值是否应该设置为中间金属环和最上面环的垂直距离（假设苯环是上的原子共平面）
2），如果我考察的是中间金属环，选择xy面，z值是否应该设置为0？

3）如果考察的是侧面例如：C1-C7-Pd1（想考察金属和非金属的作用），我可以选择5（考察自定义的3个原子(C1-C7-Pd1)所在的平面），然后z值得设置为0
请问老师，是这样的吗？谢谢
老师：对于该化合物还有一个关于芳香性的问题
1）考察该化合物的芳香性的时候，分别在三个环（如果是Dh构型的）的中心位置（假设中心位置和质心位置一样）和环上方1埃的地方放置虚原子来考察，这样可以吗？
2）如果中间金属环为反芳香性，他会对上面的苯环芳香性产生影响，是吗？如果是，这样作用的影响，可以通过哪些指标来考察呢？我的想法是，算单独苯环的芳香性，然后和化合物中苯环所表现出的NICS作比较，看他减少（增加）了多少，这样来看，可以吗？同理算单独Pd3环的芳香性NICS值，然后和该化合物中的Pd3环的NICS值做比较，考察苯环对Pd3环芳香性的影响，是吗？
3）对于算单独pd3环（苯环）的NICS， 是否需要重新单独优化ph3环（苯环），还是直接取出pd3环（苯环）的片段，来单独算他的NICS值呢？
对于这以上问题，请问老师，您怎么看？谢谢！
PS:在考察芳香性的时候，不考虑图片中羰基对Pd3环（苯环）的影响。