计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 15237|回复 Reply: 19
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[波函数分析求助] 对于层状化合物,可以分层做ELF分析吗?

[复制链接 Copy URL]

538

帖子

2

威望

2482

eV
积分
3060

Level 5 (御坂)

老师:您好!请问对于层状化合物,我们可以分层做ELF分析吗?例如:对于附件中的这种化合物,我们可以像截取一层的坐标,用截取的坐标,然后分别做ELF图,请问这样可以吗?

1.PNG (42.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 78)

1.PNG

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2016-1-17 10:13:40 | 只看该作者 Only view this author
若你截取一层计算波函数然后做ELF分析的话,层间相互作用对每层的电子结构的影响就体现不出来了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

538

帖子

2

威望

2482

eV
积分
3060

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-20 19:40:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-17 10:13
若你截取一层计算波函数然后做ELF分析的话,层间相互作用对每层的电子结构的影响就体现不出来了

老师:您好!对于ELF图和LOL分析,颜色对应数字,数值越大,定域性越强,可是老师:请问怎样看成键区域,孤对电子,区域呢?对应的刻度是否有一定的范围呢?比如:成键区域的数字大概是多少,故对电子大概是多少,这些··谢谢老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2016-1-20 20:13:43 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2016-1-20 19:40
老师:您好!对于ELF图和LOL分析,颜色对应数字,数值越大,定域性越强,可是老师:请问怎样看成键区域, ...


没有确切的数值范围,从等值面图形、出现的区域结合化学直接来判断。
怎么图形考察这里已经介绍了,也给了例子
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
在Chimera中用不同的颜色显示不同的等值面
http://sobereva.com/168
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

538

帖子

2

威望

2482

eV
积分
3060

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-20 21:01:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2016-1-20 21:24 编辑
sobereva 发表于 2016-1-20 20:13
没有确切的数值范围,从等值面图形、出现的区域结合化学直接来判断。
怎么图形考察这里已经介绍了,也 ...

老师:您好!在做ELF(LOL)图中“input Y(Z/X) value”,这个地方,设置的值得依据是什么呢?对于三维立体的结构来说,需不需要用multwfn中看分子轨道那的坐标图(或者是其他的坐标图)看看,来进行设定呢?老师:您好! 像这样没把原子显示完全,该怎样设置呢?我是通过指定了3个原子得到的平面,然后就这样了,

DISLIN_1.PNG (188.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 88)

DISLIN_1.PNG

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2016-1-21 05:27:07 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2016-1-20 21:01
老师:您好!在做ELF(LOL)图中“input Y(Z/X) value”,这个地方,设置的值得依据是什么呢?对于三维 ...


你想考察哪个平面X/Y/Z就设多少。
比如苯体系,分子恰在Z=0的XY平面上,你想考察分子平面上的函数图形就作XY平面图并选Z=0,你若考察分子平面上方1埃的函数图形就作XY平面图并选Z=1埃。

我不知道你说的坐标图是什么。反正得搞清楚分子朝向、位置和笛卡尔坐标轴的关系。

不知道你说的显示完全是什么意思。如果是这张图显示的范围太小,设定作图平面那一步选0:Set extension distance for plane type 1~5,把延展距离设大一些。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

538

帖子

2

威望

2482

eV
积分
3060

Level 5 (御坂)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-21 11:14:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-21 05:27
你想考察哪个平面X/Y/Z就设多少。
比如苯体系,分子恰在Z=0的XY平面上,你想考察分子平面上的函数图形 ...

老师:您好!对于如图片所示的化合物,他在高斯中的朝向和坐标轴(原点在Pd环的中间位置,图片稍微有些抽象,抱歉)的位置如图所示,这样的话1)如果要考察最上面的苯环的ELF(LOL),选择的平面应该是xy,  z值是否应该设置为中间金属环和最上面环的垂直距离(假设苯环是上的原子共平面)
2),如果我考察的是中间金属环,选择xy面,z值是否应该设置为0?

3)如果考察的是侧面例如:C1-C7-Pd1(想考察金属和非金属的作用),我可以选择5(考察自定义的3个原子(C1-C7-Pd1)所在的平面),然后z值得设置为0
请问老师,是这样的吗?谢谢
老师:对于该化合物还有一个关于芳香性的问题
1)考察该化合物的芳香性的时候,分别在三个环(如果是Dh构型的)的中心位置(假设中心位置和质心位置一样)环上方1埃的地方放置虚原子来考察,这样可以吗?
2)如果中间金属环为反芳香性,他会对上面的苯环芳香性产生影响,是吗?如果是,这样作用的影响,可以通过哪些指标来考察呢?我的想法是,算单独苯环的芳香性,然后和化合物中苯环所表现出的NICS作比较,看他减少(增加)了多少,这样来看,可以吗?同理算单独Pd3环的芳香性NICS值,然后和该化合物中的Pd3环的NICS值做比较,考察苯环对Pd3环芳香性的影响,是吗?
3)对于算单独pd3环(苯环)的NICS, 是否需要重新单独优化ph3环(苯环),还是直接取出pd3环(苯环)的片段,来单独算他的NICS值呢?
对于这以上问题,请问老师,您怎么看?谢谢!
PS:在考察芳香性的时候,不考虑图片中羰基对Pd3环(苯环)的影响

无标题.png (56.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 80)

无标题.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2016-1-21 12:19:02 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2016-1-21 11:14
老师:您好!对于如图片所示的化合物,他在高斯中的朝向和坐标轴(原点在Pd环的中间位置,图片稍微有些抽 ...

1 对
2 对
3 应该选4,这才是用三个原子来定义。平面已经唯一地定义了,自然不需要再输入其它的了。


1 可以
2 影响不到那里,只能说影响金属和苯环之间的区域的NICS等特征。就用多中心键级考察就行。可以比较
3 看以什么状态为参照,都可以。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

538

帖子

2

威望

2482

eV
积分
3060

Level 5 (御坂)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-21 12:33:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 风飞 于 2016-1-21 15:56 编辑
sobereva 发表于 2016-1-21 12:19
1 对
2 对
3 应该选4,这才是用三个原子来定义。平面已经唯一地定义了,自然不需要再输入其它的了。

老师:您好!首先很感谢老师的耐心详细解答,可是还有如下不明之处:1)在您说的Z值得设定那块,例如上面的问题1,我说是否是垂直距离那,z的设定就是垂直距离。在高斯中的距离的单位是埃,您的例子举了一个”-1.6a"这个“-”表示的是xy下方1.6a处,而“1.6a”表示的是xy平面上方"1.6a"处是吗?所以这个正负号分别表示的是Z轴正半轴和负半轴,是吗?
2)假如设置的Z为  2.86a, 然后会成功的输出一张默认色彩刻度的ELF(LOL)图,我退出图片模式后,输入1,重新定义色彩刻度,这时出现了如下选项”input lower & upper limit of  Z<e.g. -0.3,0.3),老师请问这是重新定义Z吗?难道表示的是通过控制Z的值来调节色彩的刻度吗?可以如果这样,感觉不对,因为z值变了,反映的平面不也就变了吗?
3)对于您说的芳香性那,您说可以用多中心键来考察,您帖子你说,多中心键只能考察芳香性,不能考察反芳香性,因此不能区别反芳香性和弱芳香性,我曾经试过,发现值有些小,请问这个值得大小是否有一定的标准,例如:小于多少可以视为弱芳香性,大于多少可以视为强芳香性呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2016-1-21 17:07:50 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2016-1-21 12:33
老师:您好!首先很感谢老师的耐心详细解答,可是还有如下不明之处:1)在您说的Z值得设定那块,例如上面 ...

1 是
2 这个Z是指色彩刻度,和你定义作图平面的那个Z没关系。
3 多中心键级没法考察反芳香性,反芳香性和非芳香性体系的多中心键级都是接近0的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

538

帖子

2

威望

2482

eV
积分
3060

Level 5 (御坂)

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-21 22:46:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-21 12:19
1 对
2 对
3 应该选4,这才是用三个原子来定义。平面已经唯一地定义了,自然不需要再输入其它的了。

老师:您好!您在群里说,单独的ELF图是没有意义的,必须配上等值面图,才有意义,我现在把填色图做出来了,请问怎样把等值面图给加上去了,是用PS吗?
我做等值面图的步骤如图所示,请问这个线条太密,然后怎样把它和填色图结合呢?谢谢!

DISLIN_1.PNG (81.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 77)

DISLIN_1.PNG

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

12#
发表于 Post on 2016-1-22 05:02:27 | 只看该作者 Only view this author
我并没有说过的单独的ELF图没意义

填色图做完之后后处理菜单选2 Enable showing contour lines就会把等值线也显示在上面

至于线条太密,是默认的等值线设定的事,你在后处理菜单选3 Change contour line setting可以进入调节等值线设定的界面。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

538

帖子

2

威望

2482

eV
积分
3060

Level 5 (御坂)

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-22 08:57:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-22 05:02
我并没有说过的单独的ELF图没意义

填色图做完之后后处理菜单选2 Enable showing contour lines就会把等 ...

谢谢老师····

538

帖子

2

威望

2482

eV
积分
3060

Level 5 (御坂)

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-1-26 16:22:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-1-22 05:02
我并没有说过的单独的ELF图没意义

填色图做完之后后处理菜单选2 Enable showing contour lines就会把等 ...

老师:您好!看了您的关于电子定域图形分析的帖子,有如下疑问:图片LOL分析:
您说:两个F-F之间高定域性比C-F的要弱是因为F-F图中红色圆圈中所对应的值比CH3F 的值要小,是吗?由已知的知识,知道F-F之间的成键是电荷转移,请问老师:不同的键大概所对应的值是多少呢?请问有一定的标准吗?
图片2中:
您说哦从图中可以看出Li成三中心键,请问这个是怎么看的呢?
  谢谢!

LOL.png (355.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 80)

LOL.png

LOL-1.png (248.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 77)

LOL-1.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

15#
发表于 Post on 2016-1-26 17:13:56 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2016-1-26 16:22
老师:您好!看了您的关于电子定域图形分析的帖子,有如下疑问:图片LOL分析:
您说:两个F-F之间高定域 ...


1 是的。没有大概的数值范围,凭化学直觉结合图像判断。电荷转移键不像共价键那样在中间有显著的电子共享,所以F-F之间的ELF数值比一般共价键低得多。

2 三个Li之间有红色区域,ELF数值高,电子在那里定域性强,这是典型多中心键特征。此文也有讨论
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 16:16 , Processed in 0.192525 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list