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[CASTEP/Dmol3/MS] 求助 关于DMOl3做吸附模拟底层结构问题

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我用DMol3做了一个吸附模拟发现当底层TiO2为两层是吸附模型不能收敛而当我把TiO2底层变为三层是却收敛了这是为什么?

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发表于 Post on 2022-7-14 22:28:41 | 只看该作者 Only view this author
请问一下这类二维材料超胞模型结构优化时必须要固定底层吗,我是做MoS2吸附气体方面的。

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发表于 Post on 2021-11-1 10:22:48 | 只看该作者 Only view this author
愤怒的小y 发表于 2021-10-31 19:45
那请问厚度按整数切是什么意思没看懂

切面的时候有个thickness的值设置为整数,不要用分数的,这表示你的晶面原子数是晶胞的几倍。

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发表于 Post on 2021-10-31 20:13:32 | 只看该作者 Only view this author
愤怒的小y 发表于 2021-10-31 12:45
那请问厚度按整数切是什么意思没看懂

切的时候保证切出来的slab里面Ti和O的比例刚好是1:2
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-31 19:49:36 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2021-10-31 17:22
确实不互斥,主要lz模型的问题实在太多了,比如迄今看不懂lz要做个什么反应,会不会这个过程就不合理之类 ...

我是想做一个so2氧化成so3的过程我看有个文献里用了这个模型,想试试看行不行,因为我看文献中这种模型可以使co氧化成co2,所以我想试试so2行不行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-31 19:45:20 | 只看该作者 Only view this author

那请问厚度按整数切是什么意思没看懂

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发表于 Post on 2021-10-31 17:22:34 | 只看该作者 Only view this author
AaronO_o 发表于 2021-10-29 16:43
我认为有可能是这样,沉积在Absorb Location那个模块里面遇到过吸附到上一层的问题。
我个人认为z轴真空 ...

确实不互斥,主要lz模型的问题实在太多了,比如迄今看不懂lz要做个什么反应,会不会这个过程就不合理之类。一样样慢慢来吧。
另外,DMol3的算法计算量不大依赖真空尺寸,可以放心往上加。
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发表于 Post on 2021-10-31 17:19:01 | 只看该作者 Only view this author
愤怒的小y 发表于 2021-10-29 14:30
发发大神请问什么叫按整数切是厚度0.752就就用0.8切吗

自然数?
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发表于 Post on 2021-10-29 16:43:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 AaronO_o 于 2021-10-29 16:45 编辑

我认为有可能是这样,沉积在Absorb Location那个模块里面遇到过吸附到上一层的问题。
我个人认为z轴真空层太小不能有效消除掉z方向周期性,导致SO3在两层之间有个能量极小值点,几何优化时候在这个位置附近震荡了。

一个简单的验证方法是:右键display,第二个选项卡中把z轴周期性改成2,看看那个SO3有没有吸附到上一层。就您的截图来看,我认为是吸附到上一层了。
另外真空层与其他老师所说的基底厚度等思路不互斥,都有必要谨慎的讨论。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-29 14:53:22 | 只看该作者 Only view this author
Aridea 发表于 2021-10-29 14:52
基底要保持一致,才能模拟bulk表面吧。多试试看几层看收敛就用几层。这方面我没做过

好的谢谢大神

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发表于 Post on 2021-10-29 14:52:12 | 只看该作者 Only view this author
基底要保持一致,才能模拟bulk表面吧。多试试看几层看收敛就用几层。这方面我没做过

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-29 14:49:58 | 只看该作者 Only view this author
Aridea 发表于 2021-10-29 14:26
底层可能需要多给几层,然后固定基底。具体可以参考别人文献

相同的基地但是吸附不同是不是基地所需要的层数就不同是吗?是要一层一层的去试对吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-29 14:30:33 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2021-10-29 09:35
模型不符合计量比收敛就是有可能会比较困难一些,所以建议厚度按整数切。

发发大神请问什么叫按整数切是厚度0.752就就用0.8切吗

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发表于 Post on 2021-10-29 14:26:10 | 只看该作者 Only view this author
底层可能需要多给几层,然后固定基底。具体可以参考别人文献

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-29 14:16:26 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2021-10-29 09:35
模型不符合计量比收敛就是有可能会比较困难一些,所以建议厚度按整数切。

好的谢谢大神

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