求助 有机物和金属络合优化问题

WXX_STUDENT

老师，您好，我现在初次接触金属络合物优化问题
上图是我的初猜结构，实验上给出的示意图是Cu2+和羟基中的O原子以及C=O中的氧进行配位
但是目前提交到服务器中一直进行优化中，一直没有出结果，目前大概已经运行五天，运行的核数为8.通过Gaussian 16进行运算的
我想问老师的是，是否是我的Cu2+位置不太对？导致我的结构一致没有出结果呢？

WXX_STUDENT

北大-陶豫 发表于 2021-11-15 15:10
给你演示了如何预优化。给你结构调整了一些关键词，写入 JT_Complex_1114_PM7.gjf，优化后取各结构中能量最 ...

谢谢您，谢谢。

北大-陶豫

给你演示了如何预优化。给你结构调整了一些关键词，写入 JT_Complex_1114_PM7.gjf，优化后取各结构中能量最小的一个，存入 JT_Complex_1114_PBE0.gjf，之后可以用DFT优化这一结构了。

喵星大佬

苯酚这种弱场配体配位的Cu2+怎么会变成平面形状的嘛。。。。d9的八面体场分裂能不够大还不如是四面体

当然你可以分别算下哪个稳定，当然按8面体算的话上下要补上显式溶剂

WXX_STUDENT

北大-陶豫 发表于 2021-11-14 19:58
还是有不少地方明显不合理的，比如 H50-H102距离只有1.50埃，明显小于范德华半径之和；有个酚羟基氧的键 ...

好的老师，谢谢您，我先去粗略优化一下。

北大-陶豫

WXX_STUDENT 发表于 2021-11-14 19:27
嗯嗯，好的老师，我下次注意，老师我在乐平老师的建议下重新改了一下初猜结构，您帮我看一下这个结构可以 ...

还是有不少地方明显不合理的，比如 H50-H102距离只有1.50埃，明显小于范德华半径之和；有个酚羟基氧的键角居然才85°。从化学直觉来看，或许可以固定Cu-O键长、先用PM7等快速的方法粗略优化一下，再用DFT优化。手动搭的结构比较烂是正常的，粗略优化一下就会好很多。

WXX_STUDENT

北大-陶豫 发表于 2021-11-14 19:20
发文件就直接在帖子里加附件就行，太大的话可以打包
为什么我极度鄙视和厌恶百毒http://sobereva.com/45 ...

嗯嗯，好的老师，我下次注意，老师我在乐平老师的建议下重新改了一下初猜结构，您帮我看一下这个结构可以嘛？

WXX_STUDENT

嗯嗯。好的老师下次我注意。@北大-陶豫

北大-陶豫

WXX_STUDENT 发表于 2021-11-14 15:24
老师，您好，这是我的输入输出文件。
我想先得到金属有机络合物优化的结构。
但是一直也没优化出来。@北 ...

发文件就直接在帖子里加附件就行，太大的话可以打包
为什么我极度鄙视和厌恶百毒http://sobereva.com/450

WXX_STUDENT

乐平 发表于 2021-11-14 16:17
能量不能说明全部的问题，你看看你优化的结构，已经分成两部分了，完全不是金属络合物应该有的样子。赶紧 ...

谢谢老师，太感谢了，我现在就停下来，重新进行优化，谢谢您的回复。

乐平

WXX_STUDENT 发表于 2021-11-14 04:16
谢谢老师的回复，老师现在已经走了30步了。

能量不能说明全部的问题，你看看你优化的结构，已经分成两部分了，完全不是金属络合物应该有的样子。赶紧停下来，重新建模，不要用这个模型优化过程中的任何结构。

建模的思路可以参考我前面的回复。

乐平

你的初始猜测的结构很不理想，所以基本上很难获得好的结果。
你可以量一下 Cu 和 O 的距离，就可以发现远超了 3 Å，优化的结果更是越来越偏，还是停下来别继续了。

关于初始结构，你可以看看 Cu 的四配位，然后接上一个 O 量一下距离，会发现模型给的是 1.8 Å，可以估计 Cu ··· O 距离在 2 Å 到 2.5  Å 是比较合理的。另外，你给的反应示意图中，络合物画着是平面的，但是不要相信纸上画的结构就是你要的结构，很可能两边的 HQj1 相互之间有倾角。

建模的时候先画一边，看看 Cu ··· O 距离是否合适，再复制结构粘贴到另一边，调整相互之间的距离和角度。

WXX_STUDENT

老师，您好，这是我的输入输出文件。
我想先得到金属有机络合物优化的结构。
但是一直也没优化出来。@北大-陶豫
https://pan.baidu.com/s/1N87ugukbh_D-7vIzc6BPLQ
提取码：r328
谢谢老师

喵星大佬

你这个初始结构简直不忍直视

北大-陶豫

“Cu2+和羟基中的O原子以及C=O中的氧进行配位”，附图根本没有和羰基氧进行配位，到底想算什么呢？另外建议贴输入输出文件。