genion中和体系时，提示“在top中未找到SOL”

Lily好难

同学们，老师好！
我首先用packmol建立了一个含水体系，带正电。之后通过grompp命令顺利得到tpr，最后用genion命令使体系电中性。选择组1还是2，运行报错如下：
命令行:
  gmx genion -s em.tpr -p mix1.top -o EM.gro -pname NA -nname CL -neutral

Reading file em.tpr, VERSION 5.1.5 (single precision)
Will try to add 0 NA ions and 67 CL ions.
Select a continuous group of solvent molecules
Group     0 (         System) has 29845 elements
Group     1 (          Water) has 27000 elements
Group     2 (            SOL) has 27000 elements
Group     3 (      non-Water) has  2845 elements
Group     4 (          Other) has  2845 elements
Group     5 (            MOL) has   233 elements
Group     6 (             AA) has   612 elements
Group     7 (             IN) has  2000 elements

Select a group: 2
Selected 2: 'SOL'
Number of (3-atomic)溶剂分子：9000
报错↓
No line with moleculetype 'SOL' found the [ molecules ] section of file 'mix1.top'
找了一天也没有找到解决方法，将顶附上来，麻烦大家帮忙看看如何解决，不胜感激！ [附上]1898[/附上]
----------------------------------------------
更：已找到解决方法，分享一下~
问题在于我的top是自己在windows下写的，而Linux和windows换行符是不同的，Windows格式文件的换行符为\r\n ，而Unix&Linux文件的换行符为\n。这容易导致Linux识别不出来。我在Linux输入命令：cat -v mix1.top回车，出现^M，说明我的mix1.top文件确实是dos格式，linux识别不了。
解决方法：在windows上下载了一个Notepad++，将top中的内容粘贴进去，先显示所有字符，然后利用搜索-查找功能将\r\n替换为空格，执行genion命令即成功。（尝试了替换为\n，仍报错，再将\n替换为空格才成功）
也可以用dos2unix工具进行top的转换，但在我们的服务器上安装需要权限。。

Lily好难

牧生 发表于 2021-11-23 18:30
如果linux下不能替换，在win下试试，替换离子后再拷过去。
如果这样操作可以，本质原因是win和linux下编 ...

确实是这个问题，已解决！谢谢

牧生

如果linux下不能替换，在win下试试，替换离子后再拷过去。
如果这样操作可以，本质原因是win和linux下编码问题，可以使用dos2unix命令把top转化一下。