计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 3932|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 试图寻找过硫酸和一价铜的过渡态出现优化过程中键的断裂以及不是想要的振动方式

[复制链接 Copy URL]

4

帖子

0

威望

69

eV
积分
73

Level 2 能力者

本帖最后由 guanweiting 于 2021-11-23 21:31 编辑

本人新手小白,试图计算不同过渡金属活化过硫酸的反应能垒(试算),然而在寻找过渡态的时候发现过渡态优化过程中,出现的问题如下:1 过硫酸氧氧键断裂,即使缩短其键长,优化过程中还是会逐渐延长直至断裂。

2 在上述问题存在的情况下,优化完毕后振动方向不是想要的结果。

求求大佬们 看看有什么解决方法 感激不尽

202111232125345592..png (42.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

问题描述

问题描述

4306DDCE1A0BC477AC7827B9C2316472.jpg (122.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

推测的反应方程

推测的反应方程

PMS11.out

493.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

输出文件

PMS11.gjf

712 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5

输入文件

1万

帖子

0

威望

9871

eV
积分
22113

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2021-11-24 21:12:58 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-11-24 13:59
谢谢老师,由于我对化学反应的了解并不深入想请教您这三种机理。以上述取代水的过程为例,先加成后消除是 ...

差不多,不过因为你取代两个水分子,又多了一种可能——可能只脱掉一个水分子,和L结合以后再脱第二个水分子
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

226

帖子

0

威望

878

eV
积分
1104

Level 4 (黑子)

10#
发表于 Post on 2021-11-24 20:59:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-24 15:57
不要问某某反应是否有过渡态,而应该问如何从计算上判断一个反应是否有过渡态。很多情况下没有人能不做计 ...

谢谢老师,由于我对化学反应的了解并不深入想请教您这三种机理。以上述取代水的过程为例,先加成后消除是指萃取剂分子与Ni(H2O)6形成[Ni(H2O)6]2+---L-的中间体;先消除再加成是指[Ni(H2O)6]2+先脱去两个水变为[Ni(H2O)4]2+,再形成[Ni(H2O)4]2+---L-的中间体吗。

1万

帖子

0

威望

9871

eV
积分
22113

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2021-11-24 15:57:41 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-11-24 07:10
问一下老师类似问题。在萃取过程中。[Ni(H2O)6]2+离子与萃取剂反应分为两步:(1)萃取剂取代两个水形成[Ni ...

不要问某某反应是否有过渡态,而应该问如何从计算上判断一个反应是否有过渡态。很多情况下没有人能不做计算就拍着胸脯保证某个反应没有过渡态。
配体取代反应无非3类机理,先加成再消除、先消除再加成、加成和消除协同进行。分别找过渡态,取活化自由能最低的就行了。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

226

帖子

0

威望

878

eV
积分
1104

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2021-11-24 14:10:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-23 23:38
这个反应需要做broken symmetry计算,直接设自旋多重度为1来算是不行的。参见http://sobereva.com/82
你计 ...

问一下老师类似问题。在萃取过程中。[Ni(H2O)6]2+离子与萃取剂反应分为两步:(1)萃取剂取代两个水形成[NiL(H2O)4]+;  (2)萃取剂再取代两个水形成NiL2(H2O)2
请问老师这个取代水的过程是否有过渡态,如何做动力学分析,找到决速步。

4

帖子

0

威望

69

eV
积分
73

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-24 10:25:03 | 只看该作者 Only view this author
WaterMirror 发表于 2021-11-24 06:21
OH自由基取代Cu+和Cu+取代OH自由基是一个过渡态

对的 对的 后面还有CU+断裂的 只是我没拍出来

200

帖子

1

威望

1325

eV
积分
1545

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2021-11-24 06:21:42 | 只看该作者 Only view this author
OH自由基取代Cu+和Cu+取代OH自由基是一个过渡态
计算小白 水平很菜
随时可喷 万望指点

4

帖子

0

威望

69

eV
积分
73

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-24 00:26:31 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-23 23:38
这个反应需要做broken symmetry计算,直接设自旋多重度为1来算是不行的。参见http://sobereva.com/82
你计 ...

好的 明天我再试试 因为是小白 所以懂得不太多 谢谢大佬指导

4

帖子

0

威望

69

eV
积分
73

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-24 00:25:43 | 只看该作者 Only view this author
dnlx 发表于 2021-11-23 22:32
我也是量化新手,化学上我不懂你为什么用过硫酸,而不是过硫酸根、或者过硫酸氢根。如果把过氧键氧原子上面 ...

好的 谢谢指导 我试过用过硫酸氢钾 发现收敛都挺困难,而且K离子成键也不正确 所以想着先用过硫酸去试一试

1万

帖子

0

威望

9871

eV
积分
22113

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2021-11-23 23:38:47 | 只看该作者 Only view this author
这个反应需要做broken symmetry计算,直接设自旋多重度为1来算是不行的。参见http://sobereva.com/82
你计算的反应应该是在水溶液里进行的,如果是的话,必须加溶剂模型,且对K+和Cu+(尤其是后者)做显式溶剂化处理
B3LYP不是太适合算过渡金属,建议按http://sobereva.com/272重新选择泛函
至于断键的问题,参见http://sobereva.com/414

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +4 收起 理由
Reason
dnlx + 4 谢谢,关于broken symmetry和自旋多重度,.

查看全部评分 View all ratings

Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

312

帖子

0

威望

2274

eV
积分
2586

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2021-11-23 22:32:04 | 只看该作者 Only view this author
我也是量化新手,化学上我不懂你为什么用过硫酸,而不是过硫酸根、或者过硫酸氢根。如果把过氧键氧原子上面的氢离子拿掉,亚铜离子去进攻过氧键是不是容易些,像你纸上画的那样。

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 01:20 , Processed in 0.199620 second(s), 31 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list