求助 LigParGen产生力场参数文件失败

晓滨MD · 发表于 Post on 2021-11-24 15:16:39

求助一下各位老师，我在用LigParGen在线网站（LigParGen Server (yale.edu)）产生OPLS-AA力场阴离子的参数文件一直失败，我看页面上说分子必须包含所有的氢，但是加上氢之后还是失败（molecule charge 选-1），想请教一下怎么解决，或者还有没有别的办法产生OPLS-AA力场参数。

chenzikang715 · 发表于 Post on 2023-1-11 17:53:38

您好，请问解决了吗

晓滨MD · 发表于 Post on 2021-11-25 14:10:04

牧生发表于 2021-11-24 19:24
你给N设定的多少电荷？
好好检查分子结构式

电荷设置-1，分子结构没问题啊，用gview画的

牧生 · 发表于 Post on 2021-11-24 19:24:11

你给N设定的多少电荷？
好好检查分子结构式

naoki · 发表于 Post on 2021-11-24 18:40:04

ligpargen估计处理不了你这个分子，非要用oplsaa的话建议文献里拿参数

hhhnano · 发表于 Post on 2021-11-24 15:56:29

用CGFEE或者Charm GUI吧，Ligpara产生的参数文件有时无法使用。

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[GROMACS] 求助 LigParGen产生力场参数文件失败