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[综合交流] 下载的pdb文件里面,如何加氢

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给dalao们倒茶

从PDB数据库里下载的pdb文件里缺少H原子,不知道如何加进去。尝试了一些方法,比如本论坛里的倒入GaussView中,但是并没有显示出H原子,采用软件DS加H是好使,但是感觉加完H原子的结构,有些奇怪(化学直觉告诉我有些地方不太合理),所以加完了我也不太相信,而且那么大的结构去用Gaussian优化也不现实。不知道各位老师有什么好的方法为pdb文件加氢原子?烦劳知道的老师,不吝惜赐教。
附件为下载的pdb文件。

1hbv.pdb

157.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

淡泊以明志,宁静以致远。

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发表于 Post on 2021-7-19 11:04:29 | 只看该作者 Only view this author
amber或者其他动力学软件都可以有模块自动补氢的

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发表于 Post on 2021-7-19 10:24:01 | 只看该作者 Only view this author
naoki 发表于 2021-7-19 08:09
用M$的Select功能选中所有目标键统一修改键长

好的 谢谢你

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发表于 Post on 2021-7-19 10:23:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-19 02:27
你这种体系程序根本不知道怎么加氢,什么程序加氢功能都不是万能的、碰见稀奇古怪的体系都能按你希望的方 ...

好的 谢谢sob老师

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truffle

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发表于 Post on 2021-7-19 08:09:52 | 只看该作者 Only view this author
zzxxcc 发表于 2021-7-18 15:44
好的 谢谢!我之前在MS软件里自动加氢后拖进高斯,测量加氢的键长是1.53998,但是我需要的氢键键长是1.47 ...

用M$的Select功能选中所有目标键统一修改键长
No problem is insoluble in all conceivable circumstances.

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发表于 Post on 2021-7-19 02:27:51 | 只看该作者 Only view this author
zzxxcc 发表于 2021-7-18 09:51
sob 老师,我按照这样来操作,还是没有加上H,该怎么办呢?

你这种体系程序根本不知道怎么加氢,什么程序加氢功能都不是万能的、碰见稀奇古怪的体系都能按你希望的方式加氢。只有成键方式普通的有机体系通常各个程序才能正常加氢。
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发表于 Post on 2021-7-18 15:44:05 | 只看该作者 Only view this author
zsu007 发表于 2021-7-18 14:13
这些专业软件,都可以解决你面临的问题。

好的 谢谢!我之前在MS软件里自动加氢后拖进高斯,测量加氢的键长是1.53998,但是我需要的氢键键长是1.47,我应该怎么处理呢?

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发表于 Post on 2021-7-18 14:13:53 | 只看该作者 Only view this author
zzxxcc 发表于 2021-7-18 14:08
好的 谢谢!  我的mol2格式的文件拖到Gauss View里也是无法自动加氢,也可以用这几种方式来解决吗?

这些专业软件,都可以解决你面临的问题。

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发表于 Post on 2021-7-18 14:08:45 | 只看该作者 Only view this author
zsu007 发表于 2021-7-18 11:17
可以用药物设计软件(比如MOE、Sybyl、DS等软件)打开pdb,自动加氢、处理残基等问题。

好的 谢谢!  我的mol2格式的文件拖到Gauss View里也是无法自动加氢,也可以用这几种方式来解决吗?

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发表于 Post on 2021-7-18 11:17:52 | 只看该作者 Only view this author
可以用药物设计软件(比如MOE、Sybyl、DS等软件)打开pdb,自动加氢、处理残基等问题。

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发表于 Post on 2021-7-18 09:51:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-17 18:31
Tools - Atom list,然后Edit - Add hydrogens to all atoms

sob 老师,我按照这样来操作,还是没有加上H,该怎么办呢?

202107180950133570..png (147.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 58)

202107180950133570..png

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发表于 Post on 2021-7-17 18:31:20 | 只看该作者 Only view this author
zzxxcc 发表于 2021-7-17 16:23
sob老师 我按照您的方法 选择了YES选项 但是还是没有自动加氢 应该怎么办?

Tools - Atom list,然后Edit - Add hydrogens to all atoms
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sobereva 发表于 2016-2-3 20:51
gview打开时把这个选上

sob老师 我按照您的方法 选择了YES选项 但是还是没有自动加氢 应该怎么办?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-2-4 10:04:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-2-3 22:09
如果你的目的是做动力学,到时候一优化自动就平了

是的,就是做动力学。谢谢sob老师指导。
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发表于 Post on 2016-2-3 22:09:22 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2016-2-3 22:07
这个方法好使(PS:先前看见论坛里类似的,此功能也试了,但没选yes,以为if presents就可以),不过sob ...

如果你的目的是做动力学,到时候一优化自动就平了

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