请问这样MD配置是否合理

benjaminzhen

求助，服务器小白，预算5-6w，想配一台做分子模拟（主要是gromacs、amber、autodock vina等）中等偏上的服务器，主要做的是大分子如淀粉蛋白脂质等之间的相互作用，想缩短跑完一个体系的时间，老师咨询了一家公司，也私下谈了下，请问这样的配置合理吗？显卡有必要3090吗，3080ti是否就足够，还有哪方面可以提升下，谢谢各位专家指点。

牧生

Entropy.S.I 发表于 2021-12-22 14:16
我发现100以上速度提升没那么明显，我的任务轨迹长度是200ns，现在用nstcalcenergy=50。
有些量波动特别 ...

谢谢，我之所以把这个值设的很大，是因为想要让产生的轨迹体积小一点。我以前从来没考虑过这个值对某些量（如压强）的影响。
我试了一下，设置1000，或者设置10000，或者更大，速度没有什么变化，预计产生轨迹的体积也没有明显变化。但是设置为200，或者500，预计产生的轨迹体积就明显大多了。。

我以后会注意设定一个合理的值，既不太大，也不太小。

Entropy.S.I

牧生 发表于 2021-12-22 14:06
因为nsteps为1000000000步，所以，nstcalcenergy设置为100000，也是可以的吧。

我发现100以上速度提升没那么明显，我的任务轨迹长度是200ns，现在用nstcalcenergy=50。
有些量波动特别大，例如压强，这类量需要非常大的采样数，否则统计误差极大，我觉得10万有点过了。。你这2μ秒，可以用500

牧生

Entropy.S.I 发表于 2021-12-22 13:50
10万。。。你的任务不需要用gmx energy吗……

因为nsteps为1000000000步，所以，nstcalcenergy设置为100000，也是可以的吧。

Entropy.S.I

牧生 发表于 2021-12-22 13:42
我的nstcalcenergy设置为100000，体系共93884个原子，188 ns/day，GPU利用率70%左右

10万。。。你的任务不需要用gmx energy吗……

牧生

Entropy.S.I 发表于 2021-12-22 13:31
我也发现把nstcalcenergy设置大一些可以显著提升速度。以前为了尽可能算准压力相关的量，设置了nstcalcen ...

我的nstcalcenergy设置为100000，体系共93884个原子，188 ns/day，GPU利用率70%左右

Entropy.S.I

牧生 发表于 2021-12-22 12:29
今天发现了只能10线程的问题，因为装了xtb，在bashrc里面写上了OMP_NUM_THREADS=10，如果改成16，gromacs ...

我也发现把nstcalcenergy设置大一些可以显著提升速度。以前为了尽可能算准压力相关的量，设置了nstcalcenergy=5，gmx手册上说计算能量需要全局通信，高并行下会影响速度，这个参数缺省值是100。我测试了nstcalcenergy=50，5950X(PBO) & 3080Ti(max 400W) & 2*DDR4 3200MHz，对于30w原子体系，速度提升近15%，达到53-54ns/d，GPU占用率从68%左右提升到76%左右。18w原子体系，速度达到92ns/d

牧生

Entropy.S.I 发表于 2021-11-29 10:06
跨了CPU速度却没有下降，这有点奇怪，会不会是因为你的3090没有插在CPU0引出的PCIE插槽上？
另外，强烈 ...

今天发现了只能10线程的问题，因为装了xtb，在bashrc里面写上了OMP_NUM_THREADS=10，如果改成16，gromacs就能16线程了。

测试发现，10线程时，3090利用率约60%，  12线程，3090利用率64%，14线程，3090利用率67%，16线程，3090利用率70%。如果超过16线程（无论是否开启超线程），利用率还是70%。

所以我认为我这个6149的U，对3090利用率最高就是70%。

sss668800

gauss98 发表于 2021-11-30 12:07
做计算是看专有软件效率，不是测评分数的

比如gauss，特点是并行效率在总的 32核以下高，64和以上低， ...

但是你前提假设散热跟得上，二者完全释放全部功耗。
我装工作站实在做不到这个条件，如果将8375C的功耗限制到210w，则全核睿频降为2.7G。


反之，如果散热功耗能达到300w，通过bios刷微码把8347C刷成8373C达到全核3.4G甚至更高也是可以的。

gauss98

sss668800 发表于 2021-11-29 18:21
(1) 我是工作站放办公室，需要静音。

做计算是看专有软件效率，不是测评分数的

比如gauss，特点是并行效率在总的 32核以下高，64和以上低，支持AVX2，频率看全核睿频，速度基本与频率成正比
所以，计算效率基本上，32核以下可以接近于核数成正比，32核到64核接近5折，64核以上低于5折，而与频率基本成正比，
然后根据预算，综合考虑内存（与核数成正比），主板机箱（选择多大集成度）选择合适的CPU
当然，做动力学需要显卡。

8375c 全核睿频 3.5， 比 8347 的2.7高了 30%， 而8347的核数值比8375 高 12%，加上并行效率，核数增加的效率不足 5%，说 8375c高一大截不为过，

当然，你要考虑静音是另外一个问题。比如考虑水冷机箱？

benjaminzhen

Entropy.S.I 发表于 2021-11-27 23:15
3090不合适，除非你们组以后要搞机器学习方向。双路CPU带一块显卡完全是浪费，GMX这种软件在用GPU加速时如 ...

感谢大佬回复

sss668800

Entropy.S.I 发表于 2021-11-29 17:21
8347C性能弱一大截啊。tb有卖能压300W的LGA4189 4U散热器，这点功耗不用怕，带来的性能提升很值。如果打 ...

(1) 我是工作站放办公室，需要静音。


(2) 你说的弱一大截，到底是多少？由于8375C少了4个核心，尽管高频，实际8347c的R20差距3%，R23差距4.5%，但是功耗提升40%，噪音也提升：
这个差距刚好是8375C让1个核心，我认为可以接受，不算是差一大截。

dingniu2

dell 真的可以配到8255C的CPU吗？

Entropy.S.I

sss668800 发表于 2021-11-29 16:59
我们走政采云，没有办法买到秒杀价。

8347C性能弱一大截啊。tb有卖能压300W的LGA4189 4U散热器，这点功耗不用怕，带来的性能提升很值。如果打算放办公室用，那没办法。
3175X超频功耗才夸张呢，轻松冲上500W。

sss668800

Entropy.S.I 发表于 2021-11-29 16:05
8347C是啥，不存在的吧。8375C挺好的。
现在买卡怎么说也不划算，双十一那会很便宜，JD自营3060Ti魔龙只 ...

我们走政采云，没有办法买到秒杀价。


8347C参数在最后一行，优势是功耗仅需210w，8375C的功耗300w用风冷很难压：