带结晶水的Gromacs模拟后结晶水断键的问题

uenh1998

   老师们好，近一段时间在研究带结晶水的蛋白配体相互作用的动力学模拟问题，结晶水涉及到与配体 蛋白的氢键问题故保留。蛋白结晶水一起用pdb2gmx生成拓扑文件，配体用acpype生成拓扑文件，同时生成配体限制势并将Multiwfn拟合的RESP电荷放了进去。力场选择是蛋白结晶水AMBER94+配体GAFF。   水的拓扑文件通过力场自带的spc.itp改名为spc1.itp并修改分子名得到，同时对氧施加位置限制，分子、原子数目都已修改正确，能量最小化前都能正常进行。但是能量最小化步骤结束的很快，且原子受力最后依然很大。将能量最小化后的em.gro导入VMD查看结晶水结构发现氢氧键断开且严重跑散。
   跟社长交流后，改正意见是检查top文件问题，以及top文件，gro文件原子顺序是否对应。但我修改后确保两者顺序均为：配体CHT，蛋白质protein，结晶水FIX，溶剂SOL，离子完全对应。但是能量最小化依然结束很快，受力情况依然不稳定，最后仍然很大。如图1所示。


VMD打开输出结构em.gro并查看结晶水构象，如图2所示，比之前的构象（图3）好了一些，但是结晶水还是有断键。请问老师这是怎么回事呢？
这里做能量最小化步骤的相关输入输出文件以及结晶水的文件都已上传，请问各位老师我该如何修改文件内容呢？

lujuju

NicoleDH 发表于 2021-12-3 20:03
我也觉得有可能。我最近也在做保留结晶水的模拟，我也是像上面那样做的，能量最小化后没有问题。

请教 ...

前辈，您好。我最近也想做一个结晶水-蛋白-配体复合物的gromacs模拟。蛋白和配体的top文件和限制势文件我都已经获得了。我也出现了楼主同样的问题，可以把求您之前的水的限制势文件和用来做模拟的top文件吗？非常感谢您。

yuyin

请问小姐姐的结晶水氧原子的氢原子以哪种方式添加的呀

NicoleDH

uenh1998 发表于 2021-12-3 20:12
我认为预平衡阶段，到成品MD模拟前，都需要带着。成品模拟时去掉限制。之前做没结晶水的研究时，是这么做 ...

我看过你的文件，除了和你的顺序不一样以外都是差不多的。我私发给你

uenh1998

NicoleDH 发表于 2021-12-3 20:03
我也觉得有可能。我最近也在做保留结晶水的模拟，我也是像上面那样做的，能量最小化后没有问题。

请教 ...

我认为预平衡阶段，到成品MD模拟前，都需要带着。成品模拟时去掉限制。之前做没结晶水的研究时，是这么做的

顺便能否求一份你的带结晶水的.gro与.top文件，我想看看你怎么写的

uenh1998

牧生 发表于 2021-12-3 19:58
如社长所说的，极大概率(我认为可能有99.9%)是.top文件和.gro文件里面include的itp顺序对不上。数量也不多 ...

刚又重新看了一下，.top与.gro两者顺序确实是对得上的。都是配体，蛋白，结晶水，溶剂SOL，离子。

实在是整不明白了
数目也能对得上。但他就是出错

NicoleDH

牧生 发表于 2021-12-3 19:58
如社长所说的，极大概率(我认为可能有99.9%)是.top文件和.gro文件里面include的itp顺序对不上。数量也不多 ...

我也觉得有可能。我最近也在做保留结晶水的模拟，我也是像上面那样做的，能量最小化后没有问题。

请教下，保留结晶水，能量最小化后的NVT平衡需要再对保留的水分子做限制吗？还是说只限制配体就行了？

牧生

如社长所说的，极大概率(我认为可能有99.9%)是.top文件和.gro文件里面include的itp顺序对不上。数量也不多，就两个

如果.gro里面的顺序是ABCBCA，那么.top里面最好也依次写为ABCBCA，并写上正确的个数，

uenh1998

牧生 发表于 2021-12-3 14:23
VMD打开输出结构em.gro并查看结晶水构象，，这一步，有没有unusual 之类的提示？

有的。但是是什么原因，怎么解决呢，一直没懂

牧生

VMD打开输出结构em.gro并查看结晶水构象，，这一步，有没有unusual 之类的提示？

sobereva

我实在没时间细看，建议你把问题反复简化、对比。比如先不考虑结晶水，看跑得怎么样，确信没问题了，再把结晶水带上去。或者比如先不考虑限制势，跑跑看是否断键，等等。反复检查总能找到原因。大概率就是拓扑文件有问题，或者和结构文件里原子顺序对应有问题，导致参数错乱之类