关于ONIOM模型，进行QMMM计算中极化作用的咨询

fcb0310

各位老师好，我遇到一个审稿人意见，不是很确定，前来咨询一下老师的指点，谢谢各位提供意见。
背景：用QMMM计算了一个晶体，主要是研究QM计算的中心分子的发光性质和质子转移势能曲线，然后通过MM把固相下，分子周围环境的影响考虑进来。力场为UFF，电荷为qeq
审稿人意见：The UFF method was combined with TD-DFT, are there any polarization effects between low and high layers included?
我不确定高斯在进行QMMM计算时，使用UFF力场，电荷为qeq。里面包不包含QM部分（高层）和MM部分（低层）之间的极化作用。

fcb0310

sobereva 发表于 2021-12-19 18:16
别光靠猜，先搞懂我说的电子嵌入是什么、在Gaussian里怎么设置，否则都是瞎算，我博文里都明确说了。
我 ...

好的，谢谢老师，我会再学习博文

sobereva

fcb0310 发表于 2021-12-19 09:26
老师，您给我发的‘’基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱‘’，我有测试过，因为我有涉及到几何 ...

别光靠猜，先搞懂我说的电子嵌入是什么、在Gaussian里怎么设置，否则都是瞎算，我博文里都明确说了。
我让你好好读我的博文了解基本知识，不是让你在没有基础背景知识的前提下各种瞎测试。

fcb0310

sobereva 发表于 2021-12-18 22:30
注意看此文，弄清楚低层的原子电荷是怎么影响高层的，必须文章里说清楚。如果光写个qeq而没指定成电子嵌入 ...

老师，您给我发的‘’基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱‘’，我有测试过，因为我有涉及到几何构型优化，并且加入qeq的吸收和发射波长与实验符合较好，因此直接用qeq电荷。
我首先按照2层的老师的建议检查了输出文件，结果表明赋予了原子电荷，另外与没加qeq电荷比较，计算得到的能量也有变化。因此认为有对高层有影响。
上面的老师说这含有静电作用，是没有极化作用吗

sobereva

注意看此文，弄清楚低层的原子电荷是怎么影响高层的，必须文章里说清楚。如果光写个qeq而没指定成电子嵌入，根本对高层无影响
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579（http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html）

让你变成回忆

（1）首先你需要去log文件检查一下MM部分的电荷是否有，且不为0；不排除你使用了QEQ电荷，但是实际上并没有赋予原子电荷；
（2）如果（1）中的电荷存在且不为0，那么此时的ONIOM模型可以认为考虑了静电相互作用；但是也仅仅是静电作用，没有包括诱导。一般说的polarization可能重点指的是诱导。