NAMD 能把全部的离子选中进行周期性边界条件吗

wangzhan1998 · 发表于 Post on 2021-12-22 11:56:44

请问各位老师，我这个只是WARP WATER ，我不想用warpall的命令，怎么才能让离子留在水盒子里面进行NPT呢？

s99r · 发表于 Post on 2022-6-9 09:05:00

wangzhan1998 发表于 2021-12-22 15:41
那请问老师我不想用周期性边界条件，想用非周期性的，可以吗？这个命令除了把这个周期性的命令删掉，还需 ...

请问楼主有尝试过非周期性边界条件吗？我在使用非周期性边界条件时，出现了dG=9999999.99的问题，感觉是边界条件没设置好

wangzhan1998 · 发表于 Post on 2021-12-22 15:41:35

fhh2626 发表于 2021-12-22 14:46
不管是wrapwater还是wrapall都仅影响显示方式，不影响结果，你现在离子还是在水盒子当中的

那请问老师我不想用周期性边界条件，想用非周期性的，可以吗？这个命令除了把这个周期性的命令删掉，还需要什么命令吗？我只删掉的话，一直说cutoff too small,改了也不行，谢谢您的指点

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-12-22 14:46:47

不管是wrapwater还是wrapall都仅影响显示方式，不影响结果，你现在离子还是在水盒子当中的

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