为什么用同样的分子结构产生xyz和pdb文件用xtb计算单点结果稍有不同

WaterMirror · 发表于 Post on 2021-12-26 00:55:38

本帖最后由 WaterMirror 于 2021-12-26 00:58 编辑

尊敬的老师：
我在G16中随便用默认的模板（一个七元环），确保是相同坐标，生成了一个xyz文件和一个pdb文件，分别调用xtb计算单点，但是结果却稍有不同，请问这是什么原因呢？

谢谢各位老师！

WaterMirror · 发表于 Post on 2021-12-26 10:29:29

snljty 发表于 2021-12-26 05:56
不要用pdb格式结构做量化计算，坐标可能精度不够。

哦哦好的谢谢老师

snljty · 发表于 Post on 2021-12-26 05:56:04

WaterMirror 发表于 2021-12-26 01:41
哦哦好的谢谢卢老师！那每一批计算应该都严格保证都用相同格式（后缀名）的文件了！

不要用pdb格式结构做量化计算，坐标可能精度不够。

WaterMirror · 发表于 Post on 2021-12-26 01:41:49

sobereva 发表于 2021-12-26 01:35
pdb文件里坐标只保留三位小数。由于收敛限不可能无穷严，显然初始结构轻微偏差会影响计算结果

哦哦好的谢谢卢老师！那每一批计算应该都严格保证都用相同格式（后缀名）的文件了！

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-26 01:35:54

pdb文件里坐标只保留三位小数。由于收敛限不可能无穷严，显然初始结构轻微偏差会影响计算结果

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